John Kennedy Toole nace el 17 de diciembre de 1937 y crece en Nueva Orleans, Luisiana. El padre de Toole trabaja como vendedor de automóviles y mecánico antes de que la sordera y los problemas de salud lo obliguen a jubilarse. Su madre, Thelma Ducoing Toole, es una mujer dominante que, convencida de que su hijo es un genio, le exige y lo protege.
Toole se matricula en la Universidad de Tulane para estudiar ingeniería, pero se gradúa con una licenciatura en inglés. Después de graduarse, trabaja brevemente en una fábrica de ropa para hombres. Más tarde cursa una maestría en la Universidad de Columbia. Pasa un tiempo enseñando, primero como profesor asistente de inglés en la Universidad de Southwestern Louisiana y luego en Nueva York como profesor en Hunter College. Comienza su doctorado en Columbia, pero es reclutado por el ejército en 1961, antes de poder terminar sus estudios.
Toole sirve en el ejército durante dos años en Fort Buchanan, Puerto Rico, enseñando inglés a reclutas de habla hispana. Las tareas relativamente ligeras de este trabajo le dejan mucho tiempo libre y allí logra escribir un borrador de La conjura de los necios.
Después de su servicio militar, Toole regresa a Nueva Orleans a vivir con sus padres. Comienza a enseñar en Dominican College, una escuela de mujeres católicas. Pasa su tiempo en Nueva Orleans dando vueltas en el Barrio Francés con músicos y, al menos en una ocasión, vende tamales en un carrito.
Luego de completar su manuscrito de la novela, envía una copia a la editorial Simon y Schuster para su publicación. Aunque el editor inicialmente se entusiasma con la novela, finalmente rechaza el libro. Su fracaso con la publicación, junto con su creciente frustración por vivir con sus padres, provoca un colapso depresivo en el escritor, que se deteriora rápidamente. Comienza a beber mucho, se vuelve cada vez más excéntrico y pronto los estudiantes comienzan a quejarse de su comportamiento. El 26 de marzo de 1969, en su hogar en Nueva Orleans, John Kennedy Toole se suicida.
Después del suicidio, su madre busca al autor Walker Percy y le insiste para que lea La conjura de los necios. Percy se enamora del libro y lo publica en 1980. En 1981, Toole recibe póstumamente el Premio Pulitzer.