El almuerzo desnudo es una narración posmoderna y el primer intento de Burroughs de utilizar una trama no lineal. Muy inspirado en la "técnica del corte" de Brion Gynsin, en la que el texto se corta y se reorganiza para crear nuevas frases, Burroughs afirmó que El almuerzo desnudo podía "cortarse en cualquier punto". El resultado final es una obra maestra oscura, prolija y francamente confusa que ha sido aclamada como "uno de los libros más importantes del siglo XX".
El libro comienza con las aventuras de William Lee, un alter ego del autor. Su viaje comienza en Estados Unidos, donde huye de la policía en busca de su próxima dosis. Hay capítulos cortos en los que se describen los distintos personajes con los que viaja y a los que conoce por el camino.
Finalmente, llega a México, donde le asignan al Dr. Benway; no se le dice para qué. Benway aparece y cuenta sus anteriores hazañas en Annexia como "Desmoralizador Total". La historia se traslada entonces a un estado llamado Freeland, una especie de limbo, donde nos enteramos de la existencia de Islam Inc, y donde también se presenta a los personajes nuevos de Clem, Carl y Joselito.
A continuación, una breve sección salta en el espacio y el tiempo hasta un mercado. Aquí se vende la Carne Negra y se compara con la "basura", es decir, la heroína. La acción vuelve al hospital, donde Benway se revela como un sádico manipulador.
El tiempo y el espacio vuelven a trasladar la narración a un lugar conocido como Interzone. Hassan, uno de los personajes notables del libro y "un notorio licuefaccionista", está celebrando una violenta orgía. AJ se cuela en la fiesta y causa estragos, decapitando a la gente e imitando a un pirata. Hassan se enfurece y le dice a AJ que no vuelva jamás, llamándole "zorra factualista", término que se amplía mucho más tarde cuando se describen las facciones políticas aparentemente "enfrentadas" dentro de Interzone. Entre ellas están los licuefaccionistas, los remitentes, los factualistas y los divisionistas (que ocupan "una posición intermedia"). Una breve sección descriptiva habla de la Universidad de Interzona, donde un profesor y sus alumnos son ridiculizados; el libro pasa a una orgía que organiza AJ.
A continuación, el libro vuelve al mercado y a una descripción del gobierno totalitario de Annexia. Los personajes se esbozan a través de diálogos intensos y sus propias historias secundarias.
Tras la descripción de los cuatro partidos de Interzone, se nos cuentan más historias sobre AJ. Tras describir brevemente Interzone, la novela se divide en subhistorias y pasajes muy recortados e influenciados.
En un repentino retorno a lo que parece ser la realidad de Lee, dos agentes de policía, Hauser y O'Brien, alcanzan a Lee, que los mata a ambos. Lee sale entonces a una cabina telefónica callejera y llama a la Brigada de Estupefacientes, diciendo que quiere hablar con O'Brien. Al otro lado de la línea, el teniente Gonzales afirma que no hay nadie llamado O'Brien en sus registros. Lee cuelga el teléfono y vuelve a huir. El libro se vuelve cada vez más inconexo e impresionista, y finalmente se detiene.
