Le roman commence avec le beau et jeune marin Edmond Dantès. Il vient juste de revenir d’un voyage à bord du Pharaon. L’armateur du Pharaon, M. Morrel, se précipite pour accueillir le navire. Il découvre que le capitaine est mort lors de la traversée, et que Dantès a prouvé ses compétences admirablement en assumant le poste. Il projette donc de nommer Dantès officiellement prochain capitaine du navire.
Le futur de Dantès est donc très prometteur. La situation financière de son père ainsi que la sienne seront ainsi bien meilleures. De plus, Dantès projette de se marier avec la belle Mercedes qui a attendu son retour du grand large avec anxiété et amour.
Dantès n’aura pas la chance de voir son avenir brillant se réaliser. Son succès lui a coûté la coalition de trois ennemis. Ils écrivent une lettre l’incriminant faussement dans un complot bonapartiste (les royalistes sont au pouvoir à ce moment-là). Il s’agit de Danglars, Fernand Mondego et Caderousse. Danglars deviendra capitaine du Pharaon une fois que Dantès aura été évincé, Fernand aspire à conquérir l’amour de Mercédès, et Caderousse est un voisin jaloux de Dantès.
Il est fort probable que la conspiration n’aurait pas été tant réussie si la dénonciation n’était pas tombée dans les mains du procureur du roi, Monsieur de Villefort. Cet homme n’a rien de personnel contre Dantès, pourtant c’est lui qui le fait incarcérer comme dangereux criminel. Sa politique contre les bonapartistes doit se réaliser de manière extrêmement vigilante pour contrer la réputation de son père. Son père est un bonapartiste notoire, et Villefort est obsédé par le fait que cela pourrait compromettre sa carrière parmi les royalistes. Ainsi il envoie Dantès, un homme innocent, au Château D’If.
Les régimes politiques changent, et Dantès est oublié. Les tentatives de M. Morrel de le libérer sont toujours vaines. En prison, Dantès perd espoir et décide de s’affamer pour mourir. Heureusement, son voisin de cellule a créé un passage souterrain pour s’échapper. Ses mauvais calculs mènent l’abbé Faria dans la cellule de Dantès au lieu de la sortie vers la liberté. Entre eux se noue une amitié, et l’abbé érudit enseigne à Dantès toutes ses connaissances en littérature, sciences et langues. L’abbé lui révèle la localisation d’un immense trésor sur l’Ile de Monte Cristo. Il espère que Dantès retrouvera ce trésor s’il réussit à s’évader. Quand l’abbé meurt, Dantès remplace le corps de l’abbé par le sien. Le sac contenant son corps est jeté à la mer. Il est enfin libre, après quatorze années d’emprisonnement. Il est sauvé des flots par des contrebandiers italiens.
L’unique raison de vivre pour Dantès à présent est de se venger sur ceux qui lui ont volé sa vie. Il devient contrebandier pour un temps, et finalement a l’opportunité de récupérer le trésor dont parlait l’abbé Faria. Il utilisera ce trésor pour fomenter la chute des quatre hommes qui l’ont fait emprisonner. Dantès, maintenant Comte de Monte Cristo, échafaudera sa vengeance sur les dix prochaines années. Il a déjà attendu quatorze ans, donc il a appris les vertus de la patience. Ces hommes méritent de souffrir. Leur chute sera davantage destructrice si la vengeance n’est pas précipitée mais calculée. Durant les dix années suivantes, Monte Cristo se met en condition, et se renseigne sur tous les détails du passé de ses ennemis. Il rassemble un cercle de serviteurs qui lui sont redevables pour toujours. Utilisant cette immense fortune, il achète la liberté des hommes tels que Peppino. Luigi Vampa, le grand bandit italien est également redevable envers le Comte. Ces hommes lui doivent leur vie, et ils se trouveront indispensables dans les projets de vengeance du Comte.
Avant d’exercer sa vengeance, le Comte récompense une famille qui lui est toujours restée fidèle. Il sauve l’entreprise de Morrel d’une catastrophe financière en offrant anonymement un diamant et un nouveau navire à la famille.
Le Comte est maintenant prêt à exercer sa vengeance. Il perçoit sa mission comme un acte de justice divine. Il s’arrange pour entrer en contact avec Albert de Morcef pour pouvoir intégrer la société parisienne et détruire ses ennemis. Albert est le fils de Fernand Mondego, celui qui avait comploté contre Dantès, maintenant connu sous le nouveau titre de Comte de Morcef. En gagnant la confiance d’Albert, Monte Cristo est introduit à tous ses anciens ennemis, dont Danglars, le Comte de Morcef et Monsieur de Villefort. Ces hommes sont au centre de la vie sociale et politique de Paris et sont très riches. L’arrivée de Monte Cristo à Paris provoque un grand remue-ménage, tant sa fortune est immense. Aucun de ses ennemis ne le reconnaît néanmoins. En fait, ils sont tous enclins à s’associer à ce grand homme. Mercédès, maintenant Comtesse de Morcef, le reconnait bien qu’elle ne révèle son identité à personne.
Le Comte de Monte Cristo se déguise en abbé et retourne trouver Caderousse, toujours aussi pauvre. Il lui donne un diamant mais il sait que cela ne lui apportera pas le bonheur. Caderousse est un homme bien trop cupide. Le diamant fait partie de sa punition. D’abord, Caderousse tue le bijoutier, sa femme, puis il est jeté en prison. Le Comte déguisé en Lord Wilmore l’aidera plus tard à s’échapper de prison. Caderousse tentera de voler le Comte, en ignorant toujours qu’il est Dantès. Durant le cambriolage, Caderousse est assassiné par son complice, Benedetto. Le Comte chuchote à Caderousse agonisant sa véritable identité. Il implore Dieu.
Fernand Mondego devient un héros militaire et se marie avec Mercédès qui a abandonné tout espoir de revoir Dantès. Elle ignorait la trahison de son mari. Ils ont une fortune, et un rang dans la société parisienne comme Comte et Comtesse de Morcef. Le Comte détruit Morcef en révélant sa trahison militaire à toute la société parisienne. Monte Cristo avait acheté Haydée comme esclave. Cette jeune fille était la fille d’Ali Pasha qui a été trahi par Morcef. Elle témoigne que le Comte l’a vendu comme esclave. Son père a été le bienfaiteur du Comte de Morcef. Celui-ci a tué son père, livrant la cité Grecque de son père aux Turcs, et vendant sa femme et sa fille en tant qu’esclaves. Quand cette nouvelle est révélée à Paris, le Comte de Morcef est détruit. Sa femme et son fils s’enfuient, et il se tire une balle.
Monsieur de Villefort s’est marié deux fois. Il a une fille d’un premier lit et un fils du second. Valentine est sa fille. Le Comte détruit Villefort en introduisant Andrea Calvacanti dans son cercle. Benedetto, alias Calvacanti, est le fils de Monsieur de Villefort et de Madame Danglars. Longtemps auparavant, Villefort a tenté d’enterrer vivant un nouveau-né, mais Bertuccio, à présent serviteur de Monte Cristo, a déterré l’enfant et l’a sauvé. Le crime de Villefort est révélé à la cour de justice, pendant le procès de Calvacanti, criminel évadé. Villefort est ainsi détruit. Sa femme tout autant coupable que lui a aussi empoisonné le reste de sa famille. Elle avait comme motivation d’appréhender une fortune pour son fils. Le Comte quant à lui a sauvé la vie de Valentine, puisque Maximilien Morrel, le fils de M. Morrel était amoureux d’elle. Villefort devient fou.
Danglars est devenu un riche banquier. Il a une femme et une fille. Sa femme est de naissance noble mais sa réputation est suspecte, et Danglars l’épouse. Le Comte détruit Danglars en ouvrant un crédit de six millions de francs. Dès que Danglars a besoin de cet argent, le Comte lui remet également un reçu de cinq millions de francs à encaisser. Danglars ne peut plus maintenir son entreprise. Monte Cristo suit Danglars en Italie dès que ce dernier quitte Paris. (Danglars a été assujetti à sa femme pendant des années, et sa fille s’enfuit après l’échec du contrat de mariage avec Andrea Calvacanti. Monte Cristo s’est aussi arrangé pour mettre l’entreprise en faillite. Danglars n’a donc plus de raison de rester à Paris). Il essaye de récupérer ses cinq millions de francs de l’entreprise de Monte Cristo en Italie. Une fois fait, les bandits alliés de Monte Cristo le poursuivent, et le ruinent en le tenant captif et en exigeant de lui des sommes pharamineuses pour subvenir à ses besoins alimentaires. Danglars n’a plus rien et ses cheveux blanchissent pendant sa brève captivité avec les bandits de Monte Cristo. Ce dernier ne manque pas de l’informer de sa véritable identité.
Ainsi, la vengeance du Comte est maintenant achevée. Il a réussi dans sa mission de vengeance lente. Ses ennemis ont souffert pour leurs péchés. Il rencontre une dernière fois Mercédès. Elle finira sa vie en prière dans un couvent, pendant que son fils reconstruit la sienne dans l’armée.
Le Comte de Monte Cristo a assumé le rôle de la Providence en détruisant tout ce qui avait été édifié par ses ennemis durant ses longues années d’emprisonnement. Il doit maintenant partir. Après avoir laissé beaucoup de ses biens à Maximilien Morrel et Valentine, auxquels il souhaite un amour et un bonheur éternel, il s’en va à bord d’un navire avec Haydée, son nouvel amour.
