Los tiburones que aparecen a las cinco de la tarde (Motivo)
Desde el primer día que pasa en el mar a la deriva, a las cinco de la tarde los tiburones rodean la balsa de Velasco y se quedan allí hasta la puesta del sol. Esta presencia constituye un leitmotiv dentro de la obra, al punto de que Velasco se refiere a ellos capítulo tras capítulo y termina por considerar a los tiburones como su compañía. Si bien en un principio simplemente parecen escoltar la balsa, cuando Velasco captura un pez y desgarra su carne con los dedos, los tiburones se excitan con la sangre que caen al mar y embisten la pequeña embarcación. Para salvar su vida, Velasco llega a atacar a uno de ellos con un remo, aunque solo consigue que el tiburón destruya tan preciada herramienta. Luego de ese episodio, el náufrago se cuida de no molestar a aquellas bestias.
Las gaviotas (Motivo)
Al igual que los tiburones, que aparecen siempre a las cinco de la tarde, las gaviotas también componen un leitmotiv que se repite a lo largo de todo el relato. La primera bandada de gaviotas aparece al quinto día, y Velasco se alegra al verlas, puesto que son un indicio de que la tierra se encuentra cerca. Sin embargo, cuando a los días siguientes ve al mismo grupo que vuela de un lado a otro, comienza a pensar que se trata de un grupo de gaviotas perdidas, que esperan encontrar algún barco para seguirlo hasta hallar nuevamente la tierra. Finalmente, al octavo día, a la balsa se acerca una gaviota vieja y solitaria, y su presencia anuncia al marino que, efectivamente, la costa está cerca.
El marinero que sobrevive al naufragio (Motivo)
Este es un motivo muy común en la literatura occidental, desde Robinson Crusoe hasta nuestros días. Se trata del marinero que sobrevive al naufragio mientras el resto de la tripulación perece. En el caso de Relato de un náufrago, son ocho los marineros que caen al mar debido a la dificultad que tiene el buque para maniobrar, y de todos ellos, el único que se salva es Luis Alejandro Velasco. Mientras que en muchas historias los náufragos llegan a islas desiertas y deben sobrevivir hasta que son rescatados, Velasco permanece diez días sin comer ni beber, solo en su balsa, a la deriva.
La medalla de la Virgen del Carmen (Símbolo)
Velasco lleva al cuello una cadena con una medalla de la Virgen del Carmen, una representación de la Virgen María como patrona del mar y protectora de los marineros. Para el náufrago, la medalla es un símbolo de la protección divina y, aunque no suele rezar ni suplicar su auxilio, en más de una ocasión Velasco menciona que la medalla es uno de sus objetos preciados.
La dictadura militar que censura parte de la historia (Motivo)
Se trata de un motivo muy común en la literatura latinoamericana. Muchas novelas famosas de escritores latinoamericanos están ambientadas durante dictaduras militares, tanto reales como reconstruidas desde la ficción. En Relato de un náufrago, la influencia del gobierno militar sobre el relato de Velasco pertenece al orden de lo real: en primera instancia, el gobierno del dictador Rojas Pinilla prohíbe al náufrago que cuente la verdadera historia del accidente del "Caldas" e inventa una nueva versión, la versión "oficial", según la cual los marineros cayeron al mar en medio de una terrible tormenta. Cuando Velasco acude a García Márquez, se rebela contra esta historia inventada y cuenta la verdad: no hubo ninguna tormenta, sino que el accidente se produjo debido al exceso de carga de contrabando que transportaba el buque militar. Con ello, la censura y la represión propias de un gobierno de facto se convierten en el importante trasfondo de la historia de Velasco.