Colonización
La narración se adentra en la colonización de la Amazonia ecuatoriana por parte de los misioneros españoles en el siglo XVII. Sigue al padre Gabriel, un sacerdote jesuita que dirige un grupo de misioneros en la selva para evangelizar a los indígenas. La novela narra las pruebas y tribulaciones de los misioneros en su intento de establecer una misión en un entorno hostil. Los misioneros españoles se proponen convertir a los indígenas al cristianismo, pero pronto se dan cuenta de que no es una tarea fácil. Se enfrentan a muchos retos, como enfermedades, hambre y ataques de tribus hostiles. A pesar de todos estos obstáculos, el padre Gabriel y sus compañeros misioneros perseveran en sus esfuerzos por evangelizar al pueblo amazónico. Al hacerlo, deben superar sus miedos y prejuicios, así como los de las personas que intentan convertir. En definitiva, la historia muestra que el colonialismo es un proceso complejo y a menudo difícil. No se trata simplemente de una religión impuesta o de una dominación cultural, sino de una compleja interacción entre pueblos y culturas diferentes.
Amor
La historia de Cumandá es una historia de amor en sus múltiples formas y de pérdida. La joven heroína, Cumandá, se enamora de un soldado español, pero se ve obligada a casarse con un hombre mayor y rico. Al final huye con su amante, pero éste muere en una pelea. Cumandá se queda sola y embarazada. Regresa a su casa, donde da a luz a un hijo. La novela termina con la muerte de Cumandá, que deja a su hijo a merced del mundo. Está el amor entre Cumandá y su amante soldado, que está prohibido y conduce a la tragedia. Está el amor entre Cumandá y su hijo, que los sostiene a ambos en los momentos difíciles. Y está el amor de Cumandá, una planta que tiene propiedades medicinales y se dice que tiene el poder de curar los corazones rotos. Al final, es este último tipo de amor el que prevalece, ya que el hijo de Cumandá encuentra consuelo después de su muerte.
Traición
El tema de la traición pone de relieve la importancia de la confianza en las relaciones y las comunidades y muestra cómo puede conducir a la tragedia cuando se viola. Hay varios casos en los que los personajes se ven perjudicados o dañados por la traición. A lo largo de la novela, Cumandá es traicionada por quienes se supone que la protegen. En primer lugar, la traiciona su pueblo, que la vende como esclava. Luego la traicionan los soldados españoles que la sacan de su casa. Y, por último, la traiciona Don Domingo, que la viola. Cada una de estas traiciones hace que Cumandá se sienta impotente y fuera de control. Este tema es significativo porque refleja los peligros de confiar en los demás con demasiada facilidad. Muestra que la traición puede ser muy dañina tanto emocional como psicológicamente. La novela también cuenta la historia del jefe amazónico, que es traicionado por su pueblo y abandonado a su suerte. Este suceso desencadena una reacción en cadena que lleva al caos y al desastre a la tribu.
Familia
La novela explora el tema de la familia a través de la relación entre Cumandá y la familia con la que vive. Cumandá no está emparentada con ninguno de ellos, pero aun así los considera su familia. Les es leal y siente una profunda conexión con ellos, aunque no sean perfectos. La novela también explora el tema de la pérdida a través de la experiencia de Cumandá de perder a sus padres y su hogar. Esta pérdida la hace sentir desarraigada y perdida, pero también le da un sentido de fortaleza cuando aprende a sobrevivir por su cuenta en la selva. Cumandá tiene que enfrentarse a quién es y a dónde pertenece. Ya no forma parte de su pueblo ni de su cultura. Al final acaba aceptando que es diferente a ambas comunidades y que tiene que abrirse camino en el mundo por sí misma.