La Virgen de los Sicarios se publica por primera vez en 1994 bajo el sello editorial Alfaguara. Esta novela es, sin duda, una de las obras más famosas de Fernando Vallejo. En ella podemos encontrar varios de los temas distintivos de su obra, como la violencia, la muerte, el amor homosexual y la religión católica. Al mismo tiempo, La Virgen de los Sicarios constituye un excelente ejemplo del estilo poco ortodoxo, plagado de cinismo, frontal y, por momentos, lúdico de Vallejo. En relación con esto, vale la pena mencionar que, justamente, a raíz de sus temáticas y de ese estilo áspero y vigoroso, el autor ha sido objeto de fuertes críticas; la mayoría de ellas relacionadas con un supuesto rencor hacia su Colombia natal y su aversión por la religión católica.
La Virgen de los Sicarios narra la historia de amor entre Fernando, el narrador, y Alexis, un joven sicario proveniente de uno de los barrios humildes de Medellín. Fernando es un gramático de más de cincuenta años que vuelve a su Medellín natal después de varios años en el exilio. En ese sentido, está claro que el narrador posee varios aspectos biográficos del propio Vallejo; sin ir más lejos, su nombre de pila. Narrada en primera persona, la novela es una gran diatriba contra la religión católica, los políticos colombianos y la violencia que se respira en las calles de esta nueva Medellín, que ya nada tiene que ver con la ciudad de su infancia. Al mismo tiempo, la historia exhibe el mundo del sicariato, es decir, de esa organización informal de jóvenes pertenecientes a la clase baja que asesina por encargo. En los recorridos que realizan Fernando y Alexis por la ciudad de Medellín, el joven sicario asesina a una gran cantidad de personas por los motivos más banales. La impasibilidad con la que el narrador va contando estas muertes pretende dar cuenta de la naturalización de la violencia que existe en Colombia.
Al mismo tiempo, la historia se desarrolla en la década del 90, un momento particularmente difícil para Colombia, ya que el país se encuentra en plena guerra contra las mafias del narcotráfico, especialmente contra el Cartel de Medellín, liderado por Pablo Escobar. Escobar es asesinado por las Fuerzas Militares y la Policía Nacional de Colombia el 2 de diciembre de 1993, es decir, un año antes de que se publique La Virgen de los Sicarios. En relación con esto, cabe mencionar que la novela de Vallejo retrata este nuevo grupo social, el de los sicarios, derivado directamente de la problemática del narcotráfico y sus grupos de poder. Por otra parte, la muerte de Pablo Escobar produce una fuerte crisis interna en el Cartel de Medellín, lo que lleva a que el ejército de sicarios del cartel se fragmente en diversas pandillas, y que estas den comienzo a una auténtica guerra urbana en la que luchan entre sí para disputarse territorios. En medio de esta guerra se sitúa la historia de La Virgen de los Sicarios. A propósito de esto, cabe señalar que Alexis pertenece a una de las pandillas del barrio Santo Domingo Savio, que está en guerra con las de La Francia, barrio del que proviene Wílmar, el nuevo amante de Fernando tras la muerte de Alexis.
La Virgen de los Sicarios fue sin duda una de las obras de Fernando Vallejo que más interés despertó tanto en los especialistas como en el público en general, ya que ofrece un acercamiento crítico a la historia reciente colombiana. Al mismo tiempo, algunas personas la juzgan negativamente por considerar que posee un discurso cargado de un profundo "neo-fascismo", sobre todo en relación con el tratamiento que Vallejo le da al tema de la pobreza.
La novela fue llevada al cine por el director francés Barbet Schroeder en 2000, y fue galardonada en el Festival de Venecia como la mejor película latinoamericana. Asimismo, esta producción despertó duras críticas por parte de los sectores más conservadores de Colombia, que la consideraban ofensiva contra todo lo colombiano. Así y todo, también hubo gente que reconoció en la película una forma de denuncia respecto de problemas latentes que existían en los barrios marginales de Medellín.
Más allá de los sentimientos encontrados que genera La Virgen de los Sicarios, sin lugar a duda estamos frente a una novela impetuosa y punzante, que refleja en buena medida el estilo de Vallejo, uno de los autores colombianos más relevantes de los últimos tiempos.