Le roman Madame Bovary s’ouvre sur l’enfance de Charles Bovary. Nouveau venu dans son école, Charles s’adapte difficilement, et souffre des moqueries. Plus il avance en âge, plus on s’aperçoit que c’est un homme médiocre qui n’excelle pas dans sa profession, la médecine. Charles devient un piteux docteur sans grand succès auprès de ses collègues. La forte influence de sa mère sur les grandes décisions qu’il doit prendre, perdure tout au long de sa vie ; elle le pousse à faire médecine et le persuade de sa marier à une veuve. Cette dame meurt peu de temps après leur mariage, en laissant derrière moins d’argent qu’escompté.
Peu après la mort de sa femme, Charles tombe amoureux d’Emma, la fille d’un de ses patients. Après un certain temps, il lui demande enfin sa main. Une cérémonie digne de cet événement se met en place. Après le mariage, Charles et Emma déménagent à Tostes, où Charles installe son modeste cabinet. Malheureusement, Emma est désillusionnée par la vie à la campagne, aspirant à plus de romance et de luxe. Après que Charles et Emma se soient rendus au bal organisé par un noble fortuné, celle-ci devient obnubilée par l’idée de mener une existence plus sophistiquée. Finalement, son obsession la submerge jusqu’à sombrer dans un état dépressif. C’est au cours de cette affection qu’Emma tombe enceinte. Charles décide de déménager dans un nouvel endroit avec l’espoir d’améliorer la santé d’Emma, propice à un avenir meilleur pour sa famille.
Charles déplace son cabinet à Yonville. Homais, le pharmacien de la ville, se croit expert sur tous les sujets et adore débattre à l’excès. Emma et Charles rencontrent aussi Léon, un clerc qui s’ennuie à la campagne. Emma se trouve des affinités avec Léon, préfigurant leur éventuelle liaison. A Yonville, Emma donne naissance à une fille, Berthe. Elle aurait préféré un garçon, et sa tristesse perdure. En même temps, des sentiments se développent entre elle et Léon, mais dès qu’elle s’en rend compte, Emma ressent un fort sentiment de culpabilité. Pour contrecarrer ce débordement émotionnel, elle se voue au rôle de mère et épouse parfaite. En constatant ces efforts, Léon désespère que leur amour ne soit jamais partagé, donc il s’en va à Paris pour étudier le droit. Avec ce départ, Emma retombe dans la dépression.
Quelque temps après le départ de Léon, Emma et Charles se rendent à une foire agricole où Rodolphe, un voisin fortuné, déclare son amour à Emma dans le simple but de la séduire. Les deux commencent une relation passionnée, et Emma à un comportement imprudent. Pour autant, Charles ne suspecte rien, se croyant aimé tendrement par sa femme, tandis que celle-ci est dégoutée par son manque de classe et de succès. Dans l’optique de relancer sa réputation professionnelle, Charles et Homais tentent une expérimentation chirurgicale pour soigner le pied bot d’Hippolyte. Emma encourage ce projet, croyant que cela amènera Charles à la gloire et donc à une vie plus luxueuse et extravagante. Mais l’opération s’avère désastreuse et, malheureusement, un autre docteur doit intervenir pour amputer la jambe. Entraînée dans les échecs constants et la médiocrité de Charles, Emma retombe dans sa passion pour Rodolphe, allant jusqu’à s’endetter en lui faisant des cadeaux somptueux. Après un certain temps, Emma suggère qu’ils démarrent ensemble une nouvelle vie, mais Rodolphe ne l’a jamais vue autrement qu’une conquête et un amusement. Ainsi donc, dans une lettre reçue le jour prévu de leur rendez-vous, il refuse de s’enfuir et met fin à leur relation. Le cœur brisé, alors qu’elle croyait que Rodolphe l’aimait sincèrement, Emma tombe gravement malade, et échappe de peu à la mort.
En espérant guérir Emma de sa mystérieuse maladie et de payer ses dettes, Charles se retrouve dans des difficultés financières. En dépit des frais, il emmène Emma à l’Opéra à Rouen, une ville voisine, en espérant que le voyage lui rendra de l’énergie. A Rouen, Emma et Charles rencontrent Léon par hasard. Les sentiments amoureux passés d’Emma et Léon sont vite ravivés, suite à son expérience avec Rodolphe, ainsi Emma commence une nouvelle liaison avec Léon. Sous prétexte de prendre des leçons de piano, Emma se rend très souvent à Rouen pour le rencontrer. Pendant ce temps-là, elle se retrouve profondément endettée auprès du créancier Llheureux et plonge sans précaution dans un comportement adultère au point d’être presque découverte de nombreuses fois.
Peu après Emma s’ennuie avec Léon car il tarde par lâcheté à lui dévoiler son amour. Emma devient de plus en plus demandeuse ; pendant ce temps, les dettes augmentent. Llheureux ordonne vite une saisie sur la propriété d’Emma qui, terrifiée que Charles découvre ses secrets, s’affole. Elle sollicite tous ceux auxquels elle peut penser pour emprunter, dont Léon, l’homme d’affaire de la ville, et même Rodolphe. Malgré sa proposition de prostitution, Rodolphe refuse de l’aider, et Emma se mortifie littéralement de plus en plus. Consciente des révélations imminentes sur son comportement malhonnête, Emma ne voit pas d’autre solution que de se retirer du monde. Elle se suicide en avalant de l’arsenic, mourant et agonisant dans d’atroces souffrances.
