El sentido de la existencia
Este es el tema central de la obra y de la vida del protagonista, Andrés Hurtado, tal vez por la angustia que le provoca vivir: "La vida en general, y sobre todo la suya, le parecía una cosa fea, turbia, dolorosa e indomable" (62). Así, el personaje se representa como un ser que no puede adaptarse a su contexto social e histórico, e intenta constantemente encontrarle sentido a la vida, tanto cuando lee literatura ―"Hurtado imitaba a los héroes de las novelas leídas por él, y reflexionaba acerca de la vida y de la muerte" (p. 57)― como cuando decide inscribirse en la carrera de Medicina ― y exhibe una gran "curiosidad por sorprender la vida" (p. 57)―. Sin embargo, al darse cuenta de que no son los conocimientos médicos los que le van a brindar la verdad sobre este misterio ―"Era imposible que con aquel texto y aquel profesor llegara nadie a sentir el deseo de penetrar en la ciencia de la vida" (pp. 64-65)―, emprende una búsqueda filosófica.
En este punto cobran relevancia en la trama sus lecturas de los filósofos alemanes Kant y Schopenhauer, y las largas conversaciones que tiene con su tío, el doctor Iturrioz, con el que discute sus ideas sobre el mundo. La búsqueda de sentido de la vida es, entonces, una búsqueda filosófica. Con Kant comprende cómo el sujeto construye conocimiento. Schopenhauer le muestra que el camino hacia el mismo no es un proceso placentero, sino de profunda angustia, dado que adquirir conocimiento también aumenta las preocupaciones y dolores, porque el hombre comienza a entender sus alcances. Siguiendo las teorías de Schopenhauer, la única salida para el hombre sabio es la contemplación y la espera. El momento en el que más se acerca a lograr su cometido es cuando está próximo a la ataraxia, como se llama en la doctrina del filósofo griego Epicuro al estado de imperturbabilidad del alma.
Andrés alcanza un estado semejante cuando decanta por la vida contemplativa y se halla dominado por la indiferencia, la inactividad y la tranquilidad de su hogar. Sin embargo, y como augura el propio Schopenhauer en sus teorías, ese estado dura muy poco: Andrés no puede quedarse como un observador pasivo, porque nuevamente cae preso de la angustia existencial y se suicida para acabar con su sufrimiento debido al sinsentido que lo rodea tras la muerte de su esposa.
La situación española
La acción de la novela transcurre en España durante los últimos doce o trece años del siglo XIX. Baroja, quien la publica en 1911, es un integrante de la generación del 98, un movimiento de escritores que intenta manifestar a través de sus obras el pesimismo que siente con respecto a la situación española tras la pérdida de las últimas colonias a fines de siglo. La incertidumbre con respecto al futuro se manifiesta en la forma pesimista en la que aparece representada esa España finisecular.
De acuerdo con el narrador y el protagonista de la novela, España se muestra como un lugar atrasado y culturalmente decadente: "En un ambiente de ficciones, residuo de un pragmatismo viejo y sin renovación vivía el Madrid de hace años" (40). Se representa, además, como un lugar donde abundan los seres petulantes e ignorantes: "España entera, y Madrid sobre todo, vivía en un ambiente de optimismo absurdo. Todo lo español era lo mejor. Esa tendencia natural a la mentira, a la ilusión del país pobre que se aísla, contribuía al estancamiento, a la fosilificación de las ideas" (41). En esa ilusión, los ciudadanos viven ajenos a lo que sucede, y por eso el protagonista se sorprende cuando los observa despreocupados por las calles o indiferentes a situaciones como la derrota bélica.
La situación decadente española se puede ver reflejada también en las cátedras universitarias, conformadas por profesores que están allí por sus influencias y no por sus méritos o formación; en los estudiantes, que tienen conductas vulgares e irrespetuosas; y en la calidad de los contenidos dictados en las materias. En lugar de ser un sitio que simboliza el progreso, la vida universitaria sirve de imagen metonímica de la situación española en relación con la ciencia. La cuestión del atraso de la ciencia también se evidencia en que el protagonista se queja de la ausencia de laboratorios en España. Además, hacia el final de la novela, Andrés se dedica a la traducción de textos científicos y a producir otros originales basados en investigaciones extranjeras: estas prácticas laborales del protagonista sugieren que no hay investigación nacional y que los españoles deben recurrir a lo producido en otros países.
Tanto en la ciudad como en los pueblos por los que pasa el personaje, el atraso social se hace evidente. En Madrid, por ejemplo, se aprecia claramente en la corrupción política, las estafas, las apuestas o el regenteo de burdeles. Sin embargo, la decadencia no solo se observa en las ciudades, sino que también se evidencia en los pueblos por la forma en la que son tratadas las mujeres, la ignorancia de los habitantes, el caciquismo político, la inmovilidad e incapacidad que tienen para progresar económicamente.
La denuncia social
El personaje juzga moralmente ciertas conductas de sus coetáneos en la novela y, al hacerlo, realiza una serie de denuncias sociales: "Espectador de la iniquidad social, Andrés reflexionaba acerca de los mecanismos que van produciendo esas lacras: el presidio, la miseria, la prostitución" (267). De acuerdo con el personaje, los poderosos se encuentran en dicha posición gracias al sometimiento de los más vulnerables: "La casta burguesa se iba preparando para someter a la casta pobre y hacerla su esclava" (Ibid.).
Entre las denuncias que la novela realiza, la primera tiene que ver con la corrupción en las instituciones, como la universidad, la iglesia o los hospitales. En el ámbito universitario, se refiere al hecho de que haya profesores que no deben sus cargos a sus títulos o saberes, sino a sus influencias. En el ámbito religioso, se destaca la hipocresía de sus miembros, que no cumplen con los preceptos que ellos mismos imponen desde su rol y con su doctrina. En el ámbito hospitalario, se indigna con los maltratos que reciben los que están en una situación vulnerable en un espacio cuya función debería ser el cuidado. Además, allí es testigo de la inmoralidad de las autoridades:
Desde los administradores de la Diputación provincial hasta una sociedad de internos que vendía la quinina del hospital en boticas de la calle de Atocha, había seguramente todas las formas de la filtración. En las guardias, los internos y los señores capellanes se dedicaban a jugar al monte, y en el Arsenal funcionaba casi constantemente una timba en la que la postura menor era una perra gorda (87).
Así, tanto los médicos como los curas participan en juegos de azar con los internos.
Otra de las fuertes críticas que se hacen en la novela es a la trata de mujeres con fines de explotación sexual. Las prostitutas que atiende Andrés, cuando es médico higienista, y las que están bajo el negociado de doña Virginia, en la segunda parte de la novela, son víctimas de personas que lucran con ellas y que, además, las obligan a vivir en condiciones de hacinamiento, falta de higiene y hambre: "Las llaman como quieren; todas responden a nombres falsos: Blanca, Marina, Estrella, África... En cambio, las celestinas y los matones están protegidos por la Policía, formada por chulos y por criados de políticos" (272).
El determinismo
Una de las doctrinas filosóficas que más relevancia tiene en la novela es la del determinismo. Esta corriente postula que todo está prefijado por las circunstancias en las que se produce, es decir, por una consecución de causas y consecuencias que hacen que las cosas y los seres sean del modo en que lo son. Así, habría ciertas leyes naturales y condiciones previas que causan un estado de las cosas que, a su vez, determina lo que supone el futuro. Cabe mencionar que esta corriente de pensamiento es muy popular en el ámbito académico durante el siglo XIX y principios del siglo XX, pero luego cae en desuso con la Segunda Guerra Mundial dado que configura ideas racistas y xenófobas.
En la novela encontramos las ideas del determinismo social y racial o étnico. Los personajes protagónicos mantienen conversaciones en las que se sugiere que ciertas determinaciones biológicas y caracteres psicológicos dados en la sociedad son efecto de las influencias del medio, el territorio o la sociedad. Por supuesto, esto resulta en ciertos presupuestos racistas. Por ejemplo, Iturrioz afirma que los españoles podrían dividirse entre aquellos en los que predomina el tipo ibérico y aquellos en los que predomina el tipo semita según su ascendencia biológica. De esta forma, asigna conductas a un tipo y a otro al estereotipar a las personas según criterios que tienen que ver con el lugar de nacimiento de sus ancestros.
En este punto, Iturrioz sigue la doctrina del filósofo Thomas Hobbes, que postula, a partir de su idea de determinismo social, que la sociedad se rige por leyes para contener el caos que podría desatarse si todos los miembros de la población siguieran sus deseos individuales, los que impone su propia naturaleza. La idea de supervivencia del más hábil y el más fuerte, que trabaja Darwin en sus tratados sobre la evolución de las especies, se traslada aquí al ámbito de lo social.
La ciencia y el conocimiento
El siglo XIX se conoce como un periodo fundamental para el desarrollo científico. Aquí se asientan las bases de la ciencia moderna y hay grandes descubrimientos que cambian la vida social de un modo nunca antes visto. La ciencia se transforma en un motivo de veneración porque se cree que está íntimamente ligada con el progreso y a la salvación humana.
Es por esto que Andrés Hurtado, el protagonista de la novela, elige seguir la carrera de Medicina, ya que considera que el conocimiento científico le va a servir para develar el sentido de la vida. Por ello se ilusiona tanto cuando comienzan las clases del profesor Letamendi, puesto que conocer la teoría que el catedrático llama "fórmula de la vida" se le ofrece como una respuesta a sus interrogantes existenciales. Andrés, quien considera que es posible encontrar allí las respuestas que busca, se desilusiona profundamente cuando repara en que esas ideas no tiene asidero científico.
En esta línea, la universidad, en cuanto casa de resguardo de la ciencia, se presenta como un espacio degradado, algo que se extiende por todo el país. En España, transmite esta novela, no parece haber interés en cuidar la ciencia, y eso se hace evidente en la ausencia de laboratorios de investigación y en la calidad de los conocimientos impartidos en las casas de estudio. Para el personaje, el conocimiento no es tratado con el respeto que merece: "Su preparación para la Ciencia no podía ser más desdichada" (43).
Como el protagonista no consigue develar esos misterios sobre la vida en los estudios universitarios de su carrera, se inclina por el estudio autodidacta de la filosofía. Así, cree ver en las teorías filosóficas de Kant y de Schopenhauer un posible camino hacia el conocimiento.
El amor
Si no fuera por el modo en que finaliza la novela, el amor romántico o de pareja no parecería ser un tema central en ella ni de especial relevancia para el protagonista. Los personajes que mantienen relaciones matrimoniales no son referidos por sus vínculos amorosos y, por lo general, los sufren más que disfrutarlos: la esposa de Alejandro, el hermano de Andrés, es caracterizada como un ser infeliz; su madre "fue una víctima; pasó la existencia creyendo que sufrir era el destino natural de la mujer" (45); Dorotea tiene un esposo grosero y ella acaba por serle infiel; la esposa de Garrota es maltratada por este, a tal punto que, cuando muere, todas las sospechas recaen sobre él; además, las parejas de jóvenes se conforman por interés antes que por amor.
Más aún, en el último capítulo de la penúltima parte, Andrés define el amor de la siguiente manera antes de casarse: "Pues el amor, y le voy a parecer a usted un pedante, es la confluencia del instinto fetichista y del instinto sexual" (281). Sus palabras evidencian que no tiene una concepción sentimental del vínculo, sino una práctica en la que la atracción y el sexo sirven para lograr un fin: la procreación. El amor, por tanto, es un velo, "un engaño como la misma vida" (282) construido por la biología para continuar la especie humana.
Sin embargo, su posición cambia radicalmente en la última parte de la novela, lo cual revela la importancia del tema del amor en la misma y, sobre todo, de su poder transformador. Así, a pesar de su concepción fría y pragmática acerca de este sentimiento, Andrés termina por darse cuenta de su enamoramiento por Lulú y le declara su amor, justamente, cuando reconoce que se siente celoso. Ella, a su vez, le dice que ha estado enamorada de él desde siempre.
Luego, durante el periodo en que están casados, la idea del amor como un velo se modifica en el personaje: "Hemos llegado a querernos de verdad —decía Andrés—, porque no teníamos interés en mentir" (295). Sin embargo, la pareja termina haciendo confluir el instinto fetichista (ambos se ven más guapos) con el instinto sexual reproductivo (ella ansía el hijo), lo cual modifica de un modo significativo su relación: "Ahora era un amor animal. La naturaleza recobraba sus derechos" (299).
La muerte
El tema de la muerte es transversal a la historia narrada en El árbol de la ciencia. En algunos casos, la muerte causa una gran conmoción en el personaje, sobre todo cuando está relacionada con sus seres queridos; en otros momentos, la muerte es un medio para ejercer el método científico y aplicar el raciocinio.
En todo caso, la muerte siempre expresa un lugar central: es la muerte materna la que despierta la tristeza que acompaña al personaje durante todo el resto de su vida; la de su hermano la que lo deja atónito y reflexivo; la de su esposa y su hijo la que lo conduce al suicidio; y, en suma, el vehículo que encuentra para terminar con su mundo y con su sufrimiento en línea con las ideas filosóficas en las que cree.
Como estudiante de Medicina y como médico, el personaje tiene contacto directo con la muerte. Mientras estudia, disecciona cadáveres con "un instinto de inquisición tan humano" (57) como la curiosidad por los misterios que entrañan los cuerpos que ya no están vivos. De hecho, cuando está recibido y trabaja en Alcolea del Campo, pone en práctica sus conocimientos al realizar la autopsia sobre el cuerpo de la difunta esposa del tío Garrota.
