La novela narra la historia de un pequeño pueblo del sur de México, Ixtepec, en el marco histórico posterior a la Revolución Mexicana de 1910 y la Guerra Cristera que le sucedió.
El relato de los acontecimientos se despliega a través de un narrador testigo y protagonista que es la voz del propio pueblo, Ixtepec, personificado. A esta voz conductora, la de Ixtepec que relata en primera persona, se suman las de los habitantes del pueblo, quienes en diversas oportunidades hablan por sí mismos para contar sus opiniones, tristezas, anhelos y pensamientos. Las historias personales se entrelazan con los sucesos históricos, dando cuenta así del destino trágico de un pueblo y de toda una nación.
El libro tiene una estructura de dos partes: la primera, de 14 capítulos y, la segunda, de 16. En la primera parte se presenta a los personajes a través del recuerdo del propio pueblo, quien, sentado sobre una “piedra aparente” va vislumbrando las casas y las calles abandonadas, y dando vida a sus antiguos habitantes, a través de su relato. Así, desde ese presente impreciso, se traslada a los lectores a los tiempos de la ocupación militar en Ixtepec y la regencia de Francisco Rosas, un sanguinario general, que asume el gobierno del pueblo de manera tiránica. Los militares que ocupan el Gobierno tienen, además, sus “queridas”, un grupo de muchachas que están cautivas (según se sabe más adelante) en el “Hotel Jardín”, dentro del pueblo. Esto es muy importante, ya que luego, en la segunda parte, será la obsesión y el despecho de Rosas por el amor de Julia Andrade el detonante de la tragedia desatada sobre toda la comunidad.
Por otro lado, entre los pobladores de Ixtepec que se presentan en esta primera parte, tienen un rol protagónico los miembros de la familia Moncada: Ana, Martín y sus tres hijos: Isabel, Juan y Nicolás.
Primera parte
Felipe Hurtado es un forastero que arriba misteriosamente y solicita una habitación en el Hotel Jardín, hogar de las “queridas”. Mientras tanto, habla con Julia un largo rato, aunque no se descubre en qué consiste esa conversación. Eso desata la intriga de los habitantes y los celos irrefrenables del general Rosas.
El extranjero luego se topa con Juan Cariño, el loco del pueblo, a quien le llaman el Presidente, ya que actúa como tal. Finalmente, llega al hogar de Matilde (hermana de Don Martín Moncada) y su esposo Joaquín Meléndez, quienes se compadecen y le dan refugio.
Hurtado es un personaje que fascina a todos los vecinos rápidamente. Primero, con recelo (sospechan de sus intenciones), pero luego con entusiasmo y simpatía gracias a sus ideas, como la de organizar un teatro para devolver al pueblo la ilusión, rompiendo con la monotonía y la tristeza de sus habitantes.
Sin embargo, la alegría no dura demasiado (ni siquiera llegan a organizar la primera función de la obra de teatro). Rosas está cada vez más obsesionado con Julia, quien se muestra sumamente fría y distante con él, y este se enferma de celos. Esto se traduce en mayor violencia y crueldad en su ejercicio del poder, de su parte y de sus segundos. Así ocurre el asesinato de Ignacio, uno de los vecinos, a manos de los pistoleros de Rodolfo Goríbar (un matón que es protegido por los militares), quien lo asesina simplemente por haber dicho algo que no le gustó. Luego es asesinado el capitán Damián Álvarez a manos de sus superiores en un confuso episodio.
Eventualmente Rosas, carcomido por sus sospechas, decide ir a buscar a Hurtado a casa de don Joaquín y doña Matilde para asesinarlo. Julia se escapa del hotel para advertirle, acto que confirma que ya se conocían y eran, efectivamente, amantes. Joaquín y Matilde intentan convencer a Felipe de que escape, pero este se rehúsa a dejar el pueblo sin Julia. Finalmente, irrumpe Rosas con su ejército. Sin embargo, en la puerta de la casa, el tiempo se detiene y los amantes desaparecen. Al final de esta primera parte, se cuenta que se vio a los amantes irse del pueblo, aunque circulan diferentes versiones.
Segunda parte
Se narra el vacío que la desaparición de Felipe y Julia, fuentes de novedad y misterio, generan en el pueblo, que vuelve al silencio y la monotonía. Además, los habitantes, temen las represalias que tomará Rosas contra ellos. Mientras tanto, Rosas se muestra en decadencia, despechado, resentido y cada vez más miserable. La tensión crece, generando una guerra silenciosa entre los militares y los habitantes del pueblo.
Las tensiones aumentan con la noticia de la prohibición de la libertad de culto y la orden de cerrar la iglesia, centro vital de la comunidad. Además, Rosas manda a matar clandestinamente al sacristán don Roque y al Padre Beltrán. Luego de una feroz represión, don Roque y el padre Beltrán desaparecen. Esto genera sospechas en el General Rosas, cada vez más convencido de que el pueblo conspira en su contra y protege a los hombres del clero, lo que agrava su resentimiento y crueldad.
Todo esto ocurre mientras crecen los rumores del avance de un levantamiento en la sierra, liderado por Abacuc, líder de “los cristeros”. Este argumento tiene una referencia histórica concreta, la “Guerra de los Cristeros”, que consistió en una guerra civil entre el Gobierno y milicias de religiosos católicos que se resistían el intento de control del culto religioso en toda la nación.
Ante el avance de los levantamientos de Abacuc en las inmediaciones y el creciente descontento del pueblo (expresado en pintadas, gritos y otras manifestaciones de sublevación), llega a Ixtepec un nuevo ejército a poner orden, liderado por Joaquín Amaro, un originario a quien los lugareños llaman enseguida “indio traidor”.
Ante la creciente violencia, doña Carmen Arrieta (la esposa del doctor del pueblo), doña Ana Moncada y doña Elvira Montúfar (vecina, viuda de don Justino Montúfar y madre de Conchita) se dirigen a la Comandancia a proponer una fiesta en honor a Rosas, como ofrenda de paz.
En la fiesta la tensión crece y se revela el plan de los lugareños: la fuga del padre Beltrán, que está escondido en la casa de las "cuscas", junto a Juan Cariño. Pero los militares los descubren y los detienen. Después de obligarlos a pasar la noche despiertos y encerrados en el lugar de la fiesta, vuelven para apresar a todos los involucrados en el plan. Se cuenta luego que, al impedir la fuga, los militares asesinan a La Luchi, una de las prostitutas que colabora con el escape, y a Juan, el menor de los Moncada.
Isabel Moncada, mientras tanto, se va inesperadamente al hotel con Rosas, con quien entabla un vínculo turbulento.
Posteriormente, se condena a muerte a todos los involucrados, excepto a Juan Cariño, Carmen B. de Arrieta y Rosario Cuellar, a quienes dan penas menores. El día de los fusilamientos, sin embargo, Rosas da la orden de dejar escapar a Nicolás y matar a un delincuente cualquiera en su lugar, ya que se lo había prometido a Isabel. Sin embargo, Nicolás, orgulloso, no huye: regresa para enfrentar su destino y es ejecutado.
La novela se cierra en el mismo lugar donde comienza, en la colina desde donde Ixtepec contempla y narra su pasado. Allí se revela a los lectores que la “piedra aparente” del principio no es otra que Isabel Moncada, quien, desahuciada por la destrucción de su familia y por la culpa de haberse ido con al asesino de sus hermanos, se convierte en roca.
