A través de la historia de la familia Yupanqui, Matto de Turner expone las injusticias y la opresión que sufre la población nativa a manos de las autoridades y sus representantes. Retrata las duras realidades de sus vidas, como los trabajos forzados y la corrupción moral de las instituciones religiosas. Con ello, Matto de Turner pone de relieve la impotencia de los indígenas y su falta de derechos civiles. Además, saca a la luz la hipocresía de los sacerdotes y su comportamiento autoindulgente.
La novela narra la historia de una relación amorosa entre un hombre blanco y una mujer indígena. También habla de la inmoralidad de la Iglesia de la época y de cómo los nativos eran oprimidos por ella. La novela también destaca la difícil situación de Marcela Yupanqui, que ha sido llamada a la "mita", una forma de esclavitud impuesta a las mujeres nativas por las autoridades. Teme que su marido se vuelva loco y muera a causa de la injusticia y la opresión de la Iglesia y otras autoridades. Los sacerdotes de la novela son retratados como hombres codiciosos y corruptos que explotan a los indios para su propio beneficio. Esto se ve en el personaje del Padre Antonio, que es un sacerdote corrupto que está dispuesto a usar su poder para manipular a la familia Yupanqui.
La novela es una poderosa crítica de la dinámica de poder entre los colonialistas españoles, los indígenas y la Iglesia católica en Perú durante este periodo. Matto de Turner expone la hipocresía de la Iglesia católica, que se suponía que era una fuerza del bien, pero en cambio era tan corrupta que incluso permitía a los sacerdotes tener hijos con sus feligreses. También pone de relieve las estructuras de poder opresivas e injustas que mantenían a los indígenas subyugados y despojados de sus derechos.
