Le Horla est l’histoire d’un homme qui relate, sous forme de journal intime, les événements surnaturels auxquels il est confronté. Le récit commence le huit mai alors que le narrateur admire de la fenêtre de sa maison normande, les bateaux qui naviguent sur la Seine dont un trois-mâts brésilien qu’il salue. Quatre jours plus tard, le narrateur écrit qu’il est fiévreux et que son humeur s’assombrit chaque jour un peu plus, sans toutefois en connaitre la raison. Il se questionne sur l’existence d’un monde invisible à ses sens qui pourrait expliquer sa tristesse. Plus les jours passent, plus la fièvre augmente et plus le narrateur pressent qu’un danger mortel plane sur lui. Il se rend chez son médecin qui lui prescrit un traitement pour l’apaiser. Malheureusement, rien n’y fait et le narrateur raconte que son état ne s’améliore pas. Il constate qu’à l’approche du soir, il est envahi par une incompréhensible peur d’aller se coucher et que lorsqu’il parvient enfin à s’endormir, il rêve que quelqu’un l’étrangle sans qu’il puisse crier ou se défendre. Il se réveille alors en sursaut, pour découvrir qu’il est pourtant bien seul dans sa chambre. Les jours passent et son état continue de s’aggraver. Le narrateur dit qu’il se sent suivi et épié. Il finit par décider de partir quelques semaines en voyage. Au cours de son périple, il rencontre un moine qui lui confie croire en l’existence sur la terre d’autres êtres invisibles aux yeux des hommes ; croyance que le narrateur partage.
De retour chez lui, alors qu’il se pense guéri, le narrateur est de nouveau assailli par un cauchemar dans lequel il lui semble sentir quelqu’un aspirer sa vie. Le cinq juillet, il raconte que durant la nuit, il s’est réveillé pour boire et a constaté que la carafe pleine d’eau qu’il avait posée la veille sur sa table était, au matin, vide. Totalement effaré, il parvient à se persuader qu’il est probablement somnambule. Pour en avoir le cœur net, il décide, quelques nuits plus tard, de mener une expérience, mais son stratagème démontre au contraire qu’il ne peut pas être à l’origine de la disparition de l’eau de la bouteille. Terrorisé, il décide de partir pour Paris où il retrouve un peu de joie et de sérénité. Un soir, alors qu’il est invité à dîner chez sa cousine, il est témoin d’une séance d’hypnose et de suggestion pratiquée par un des convives, médecin, sur leur hôtesse. Dubitatif sur la sincérité et la véracité de ce qu’il vient de voir, le narrateur voit tous ses doutes se dissiper le lendemain matin lorsque sa cousine vient lui emprunter de l’argent comme cela lui avait suggéré par le docteur pendant la séance d’hypnose. Stupéfait par le pouvoir de la suggestion sur l’esprit humain, le narrateur ressort bouleversé de cette expérience. Pourtant, quelques jours plus tard, il se remet déjà à douter de ce qu’il a vu.
De retour chez lui à la fin du mois de juillet, le narrateur écrit qu’il passe des journées paisibles. Il relate une dispute entre les domestiques, les uns accusant les autres de casser des verres, la nuit, dans les armoires. Malheureusement, sa sérénité est de courte durée. Le six août, il raconte avoir été témoin dans son jardin d’un phénomène qui ne lui laisse plus aucun doute sur le fait qu’un être invisible vit sous son toit, boit son eau et peut déplacer des objets. Les jours qui suivent, il couche sur papier toutes ses réflexions sur sa capacité à raisonner et sur la folie, avançant des explications plausibles, scientifiques, à son incapacité à contrôler l’irréalité de ses hallucinations. Sa peur et son angoisse croissent au fil des jours. Le narrateur dit qu’il veut partir de sa maison, mais constate qu’il n’arrive pas à le faire. Il explique qu’il se sent dénué de toute volonté comme s’il obéissait à quelqu’un qui décide de tout à sa place. Ce sentiment d’impuissance s’accroit peu à peu en lui et il demande à ce qu’on le sauve de cette souffrance et de cette torture. Il compare son état à celui d’une personne sous hypnose. Il dit qu’il est sous l’emprise d’un être invisible dont personne, depuis la nuit des temps, ne soupçonne l’existence.
Le seize août, le narrateur raconte qu’il a réussi à s’échapper de la maison pour se rendre à la bibliothèque de Rouen. Au retour, malgré son désir profond de fuir loin de sa maison, il ordonne, contre son gré, au cocher de le ramener chez lui au lieu de l’emmener à la gare. L’angoisse et l’affolement qui l’étreignent vont s’accentuer lorsqu’une nuit, il est réveillé par un sentiment bizarre. Il constate qu’une page de son livre, resté ouvert, vient de tourner toute seule comme si une main invisible feuilletait l’ouvrage. Il réalise alors que l’être invisible est assis dans son fauteuil et lit son livre. Se précipitant vers lui, il réussit à le faire fuir et reprend alors espoir : il lui semble qu’il pourra un jour se libérer de cette emprise.
À partir de ce jour, le narrateur décide d’attendre patiemment et docilement le jour où il pourra agir contre l’être invisible. Le dix-neuf août, le narrateur annonce qu’il a enfin tout compris grâce à un article scientifique relatant une sorte d’épidémie de folie ayant frappé une région du Brésil et ressemblant en tous points à ce qu’il vit depuis plusieurs mois. Le narrateur établit alors un lien avec le trois-mâts brésilien qu’il a salué en mai et sur lequel l’être invisible devait se trouver avant de sauter pour prendre possession de sa vie. En proie au délire, le narrateur clame que cet être supérieur est venu prendre possession de la race humaine et que les médecins qui pratiquent le magnétisme ou hypnose jouent en réalité avec cette force dangereuse et mystérieuse. Puis il croit entendre le nom de cet être : le Horla. Il se lance dans une succession de questionnements et suppositions délirantes sur la nature de cet être supérieur. Lorsqu’il reprend un peu ses esprits, il déclare qu’il tuera le Horla et décide de lui tendre un piège afin de voir à quoi il ressemble et tenter de le saisir pour l’anéantir. Il s’installe, dos au miroir de son armoire, fait semblant d’écrire et attend de sentir la présence du Horla lire par-dessus son épaule. Il se retourne alors brusquement face au miroir, prêt à attraper la présence, et constate avec effroi qu’il ne voit plus son propre reflet dans la glace. Il comprend que la présence du Horla devant le miroir l’empêche de se voir.
Deux jours après cette épouvantable expérience, il commande l’installation de persiennes en métal et d’une porte en fer pour sa chambre. Une fois les travaux réalisés, le narrateur met un piège au point. Un soir, faisant semblant de se préparer pour la nuit, il clôt les persiennes, verrouille sa porte et ferme la fenêtre au moyen d’un cadenas dont il glisse la clef dans sa poche. Sentant, que le Horla s’agite autour de lui, le narrateur raconte qu’il ne lui cède pas et, au contraire, parvient à enfermer l’être invisible dans la chambre avant de mettre le feu à la pièce et quitter la maison. Caché au fond du jardin, le narrateur décrit les flammes qui dévorent le bâtiment et les cris atroces de ses domestiques piégés dans les mansardes en feu. Pendant que le bâtiment se transforme en un immense brasier, le narrateur s’interroge : s’il est certain que les hommes sont morts dans cet incendie, qu’en est-il du Horla ? Ses réflexions l’amènent à la conclusion que cet être supérieur en tout chose ne peut avoir succombé dans les flammes et que le seul moyen d’en venir à bout est de mettre fin à sa propre vie.