La cabra montés (símbolo)
El gran macho cabrío es un poderoso símbolo de las estructuras sociales patriarcales y opresivas de la sociedad española. El macho cabrío es descrito como "el gran macho, el gran macho cabrío, el chivo expiatorio, el macho cabrío hispano bien hecho", considerándolo un signo de "gloriosa dominación fálica". En la novela, la cabra aparece en un cuadro de Goya, Sábado de brujas, que Pedro y Matías contemplan en la habitación de Matías. El símbolo de la cabra también sirve para representar los sentimientos de impotencia de Pedro en la sociedad española.
San Lorenzo (símbolo)
El símbolo de San Lorenzo sirve para representar el sentimiento de resignación de Pedro ante su destino. Como patrón de El Escorial, San Lorenzo encarna la aceptación silenciosa de Pedro del martirio de su propia vida. Pedro se asa metafóricamente en el fuego de sus circunstancias, con la inevitable conclusión de que será castrado por la sociedad. En la novela, Pedro acepta en silencio su castigo, como hizo San Lorenzo cuando fue asado vivo por los paganos. Se identifica aún más con San Lorenzo cuando comenta que todo lo que dijo fue: "Dadme la vuelta, porque estoy acabado por este lado", una frase que sirve como metáfora de la resignación de Pedro a su destino. Al relacionarse con San Lorenzo, Pedro es capaz de dar sentido a su sufrimiento, lo que en última instancia es un signo de su fuerza silenciosa y su perseverancia.
El Escorial (símbolo)
El Escorial es un símbolo de la sociedad española de la época, una sociedad que seguía sometida a una monarquía patriarcal y cuyas rígidas estructuras eran opresivas e ineludibles. El palacio es una representación del poder de la clase dominante, que subyugaba y oprimía a las clases inferiores. El palacio se utiliza además para simbolizar las divisiones sociales de España, con el sótano sirviendo como salón de baile para los trabajadores, el piso principal como sala de conferencias para las clases más adineradas, y el escenario, como un trono, teniendo "sólo una existencia virtual o alegórica hasta el preciso momento de la aparición del Maestro en su pináculo doctoral".
Divisiones sociales (motivo)
Las divisiones sociales se ponen de relieve por el contraste entre la riqueza y los privilegios de Matías, el amigo de clase alta de Pedro, y la pobreza y desesperación de Muecas y su familia en los barrios bajos de Vallecas. El narrador también utiliza símbolos para enfatizar la división entre las clases, como el cuadro de Goya de La gran cabra montés, que sirve como metáfora de la sociedad española patriarcal y dominada por los hombres, basada en la dominación sexual y que se extiende a la vida intelectual. El Teatro Barceló también se utiliza como símbolo para representar las divisiones sociales en España, siendo el sótano la sala de baile para los trabajadores, la planta principal la sala de conferencias para las clases más adineradas, y el escenario teniendo "sólo una existencia virtual o alegórica hasta el preciso momento de la aparición del Maestro en su pináculo doctoral", una referencia burlona a la filosofía elitista. Por último, el monólogo interior de Pedro de resignación ante su destino cuando abandona Madrid para ejercer la medicina en provincias sirve de recordatorio de las divisiones sociales y la impotencia de las clases bajas.
El martirio (motivo)
Pedro, el protagonista, es presentado como una figura martirial que es inocente y, sin embargo, es perseguido por la sociedad. Se le acusa injustamente de la muerte de Florita, se le encarcela y sufre las consecuencias. También se ve obligado a abandonar su cómoda vida en Madrid y dirigirse a un oscuro pueblo de provincias. En su monólogo interior, Pedro compara su apatía y la aceptación de su destino con el martirio del santo San Lorenzo, que fue asado vivo por los paganos. Esta comparación sirve para subrayar la gravedad de la situación de Pedro y su sentimiento de resignación. El motivo del martirio también está presente en el personaje de Florita, la joven que sufre un aborto chapucero y muere. Se la presenta como mártir de una sociedad machista y patriarcal que ve el cuerpo de la mujer como un objeto que hay que controlar y explotar. Por último, el motivo del martirio está presente en la figura de Ricarda, la mujer de Muecas, que a pesar de su sufrimiento está dispuesta a arriesgar su vida para salvar a Pedro. De este modo, Santos da a entender que el martirio también puede verse como una forma de heroísmo y redención.