En El zorro de arriba y el zorro de abajo, como en toda la producción arguediana, la naturaleza no es un simple escenario. Por el contrario, el paisaje, la flora y la fauna son percibidos desde una visión animista, propia de las culturas originarias andinas. En cierto sentido la naturaleza funciona como personaje o como una serie de personajes. Ahora bien, en esta novela, los animales tienen una centralidad absoluta, hay muchísimas referencias, comparaciones, metáforas y diálogos con diversos animales a lo largo de toda la narración.
En primer lugar, se destaca la presencia de los zorros que Arguedas retoma de la mitología. Estos zorros no tienen una referencia clara y unívoca, sino que condensan muchos posibles significados y valores. A veces son personajes y en sus diálogos transmiten los relatos mitológicos de Pariacaca y sus hijos. Otras veces representan a los personajes, que se dividen en serranos y costeños.
Por otra parte, los personajes humanos conviven permanentemente con animales en todos los escenarios. Por ejemplo, en la vida activa de los mercados hay cuyes, gallinas y perros entremezclados con las personas y los alimentos que allí se venden. Los movimientos y sonidos de esos animales suman a la representación de este espacio como veloz y abigarrado.
A su vez, ciertos personajes son identificados con algún animal en particular. Braschi es comparado muchas veces con un águila por su capacidad de controlarlo todo desde arriba; la metáfora del ave de rapiña es una gran caracterización del patrón industrial: está por encima de los demás y los controla, pero también se alimenta de ellos, de sus cadáveres. Esteban de la Cruz, por su parte, siente una gran afinidad por los sapos.
Hay un animal especialmente significativo porque es el centro de un breve pasaje casi mágico de la narración. Se lo describe en un fragmento muy breve, que puede pasar desapercibido, pero que guarda una gran potencia. El chanchito Chuspi, criado por Esmeralda, la segunda esposa del chanchero Gregorio Bazalar, está personificado, es como un bebé humano. Ella lo carga en sus brazos y hasta le ha dado de mamar. La comunión con este animal es total; incluso Bazalar decide que no lo matará para vender su carne: Chuspi es un cristiano más. Este es uno de los pasajes que reflejan de manera poderosa la visión andina de la naturaleza y de los animales, que no son ni opuestos ni objetos de los humanos.
Esta relación con los animales no es exclusiva de los procedimientos literarios ficcionales. Es, más bien, constitutiva del pensamiento de Arguedas como individuo serrano. Es por ello que también se manifiesta en los trechos autobiográficos de los diarios, como, por ejemplo, cuando se compara con los perros y dice que puede jugar con ellos como si fuera un perro más, o cuando contempla la belleza de ciertas aves, como la pariwana, que tiene los colores de la bandera peruana. En este sentido, se puede retomar una frase que el propio autor menciona en su Primer diario al recordar su relación con los chilenos Nicanor y Roberto Parra: "Me contaba cosas de los prostíbulos y yo, cuentos de animales y condenados, que es mi fuerte" (27). Esta cita hace explícita la importancia de los animales para todo el proyecto intelectual y literario de Arguedas; su fuerte son las historias sobre los individuos oprimidos del Perú y las historias sobre animales.
