El zorro de arriba y el zorro de abajo es una obra que combina textos muy diversos e intercala la ficción con pasajes autobiográficos. Está compuesta por una decena de apartados heterogéneos organizados en dos partes y un epílogo. En la Primera Parte encontramos un Primer diario y los Capítulos I y II de la ficción propiamente dicha. Luego del Segundo diario avanzan los Capítulos III y IV de la ficción. En el Tercer diario volvemos a encontrar exclusivamente la voz del autor, que le da cierre a esta Primera Parte. La Segunda Parte integra un extenso apartado ficcional sin división en capítulos y un ¿Último diario?. Finalmente, se incluyen una serie de cartas, notas e instrucciones que Arguedas deja al suicidarse, antes de haber publicado esta obra.
En los diarios y en el epílogo encontramos la voz del autor, que entremezcla sus ideas sobre la literatura, la cultura mestiza latinoamericana y el Perú como nación y como pueblo, con sus experiencias de vida, sus relaciones con otros escritores y, sobre todo, el estado de depresión profunda en el que se encuentra, motivo por el cual planea suicidarse. Él mismo sostiene que escribe El zorro de arriba y el zorro de abajo peleándose contra la muerte. Tal como leemos al final del libro, la muerte gana la pelea y Arguedas se suicida en 1969 antes de ver la obra publicada. A su vez, la muerte del autor interrumpe la escritura de la novela, que queda inconclusa. Ese es uno de los motivos por los cuales se trata de un texto difícil y confuso. Pero no es el único: la mezcla de elementos extraños, la serie de escenas disímiles intercaladas, las voces y lenguas raras de sus personajes son parte de la búsqueda del autor. En otras palabras, la sensación de confusión que nos genera al leerla es parte del proyecto literario de Arguedas.
Por su parte, los capítulos puramente ficcionales de la novela están narrados por una voz en tercera persona que les otorga muchísimos espacios a las voces de diversos personajes. Una característica fundamental de la obra radica en los modos de expresarse de los personajes, la lengua de cada personaje refleja su historia y su identidad. Así, por ejemplo, muchos de ellos hablan un castellano intervenido por el quechua y el aymara, lenguas originarias andinas, muy extendidas en Perú. Toda la narración se desarrolla en una ciudad portuaria llamada Chimbote, en el departamento de Ancash, sobre la costa peruana. Chimbote se ve afectada por un crecimiento estrepitoso a mediados del siglo XX, ya que crece la industria pesquera de la mano de la fabricación de harina y aceite de pescado. El zorro de arriba y el zorro de abajo se inspira en ese proceso histórico y lo aprovecha para retratar la compleja sociedad peruana de la época, compuesta por figuras diversas y heterogéneas.
En el Capítulo I conocemos a Chaucato, patrón de un barco pesquero, y a algunos de los pescadores que trabajan con él. Desde el comienzo observamos que la lengua de los personajes es muy distinta a la lengua del narrador. Estos hombres conversan sobre temas vulgares y usan expresiones informales, coloquiales y hasta groseras. Tras la jornada de trabajo se dirigen a una zona de burdeles donde trabajan varias prostitutas. Allí también se presentan otros personajes principales, como el gringo Maxwell que acaba de renunciar al Cuerpo de Paz y baila un rock and roll con una prostituta. Estas primeras escenas muestran las complejas relaciones sociales y étnicas entre los personajes: usan palabras que describen sus características raciales como insulto ("serrano", "negro", "indio"). Además, esas diferencias se observan en las mujeres: la "Argentina" es una prostituta muy codiciada porque es blanca y rubia, mientras que las mujeres indígenas (o "chuchumecas") trabajan en los burdeles más baratos.
Hacia el final de este primer capítulo encontramos un diálogo entre el zorro de arriba y el zorro de abajo, figuras que el autor retoma de la mitología andina. Los zorros mismos narran brevemente la leyenda del dios Pariacaca, que funciona como marco general de toda esta novela, aunque las conexiones son intrincadas. Uno de los elementos fundamentales del mito es la división del Perú en "arriba" (la sierra) y "abajo" (la costa). Esta división y combinación de regiones caracteriza la cultura peruana hasta el presente y se plasma en todo el proyecto literario de Arguedas.
El Capítulo II se dedica sobre todo a seguir el recorrido del loco Moncada por diversas partes de Chimbote. Primero, transita por el mercado de la plaza Modelo cargando una cruz de madera. Moncada es pescador en sus días cuerdos y en sus días locos predica en las plazas y mercados disfrazado de diferentes personajes. Luego se dirige hacia el mercado de La Línea, ubicado a lo largo de las vías del tren. Allí se cruza fugazmente con Esteban de la Cruz, cuya historia se amplía en el Capítulo IV. Allí también se encuentra Antolín Crispín, tocando la guitarra. En su trayecto hacia el barrio La Esperanza, Moncada encuentra casualmente una procesión y se suma a ella. Se trata de una multitud de personas pobres que mudan las cruces de sus muertos desde el cementerio principal de Chimbote hasta un nuevo terreno que les han asignado. Los dirige Gregorio Bazalar, chanchero que también conoceremos en mayor detalle más adelante.
El capítulo finaliza con pasajes breves sobre Tinoco, Asto y Florinda, por un lado, y Maxe, Solano, Haro, Zavala y Chaucato, los sindicalistas, por el otro. La secuencia termina en el puerto, en un momento activo de trabajo para los pescadores, envueltos en el humo rosado que echan las fábricas.
El Capítulo III se centra en una extensa conversación entre don Ángel Rincón Jaramillo, jefe de planta de la fábrica "Nautilus Fishing", y don Diego, un supervisor enviado por Braschi para controlar la fábrica. El diálogo entre ambos se produce mientras recorren las instalaciones y don Ángel le muestra el proceso de producción de harina. Con orgullo, defendiendo la industria capitalista como modo de progreso para Perú, Rincón Jaramillo cuenta cómo han reducido enormemente la cantidad de obreros y aumentado la producción y las ganancias al máximo. Don Diego, por su parte, es excéntrico, extravagante: se viste a la moda europea, pero comparte un caldo de anchoveta con los obreros como uno más.
El Capítulo IV, por su parte, tiene como núcleo la historia de Esteban de la Cruz, hombre de origen andino que tiene los pulmones llenos de carbón por haber trabajado como minero en Cocalón. Vive en Chimbote y vende helados con un triciclo. Está casado con Jesusa, que trabaja en el mercado de La Línea. Esteban escupe flemas llenas de carbón y las junta en papeles de diario porque un brujo le ha dicho que si logra expulsar 5 onzas estará salvado. Su esposa cree que va a morir y le ruega que se confiese con el Hermano, un evangelista, pero el hombre rechaza esa idea, cree que su comunicación con dios es directa. Esteban es más cercano a las creencias originarias andinas. Es amigo de Moncada y leemos una larga conversación entre ellos en este capítulo.
Tal como Arguedas explica en el Tercer diario no logra dar continuidad a la ficción en capítulos, sino que escribe una Segunda Parte, conformada por tres "Hervores". El proyecto inicial era continuar la novela más allá de esos tres segmentos, pero, como se ha mencionado, el autor se suicida y queda inconclusa. Los "Hervores" componen tres núcleos narrativos. Los dos primeros son semejantes: la visita de "Mantequilla" a Chaucato y la visita de "Doble Jeta" a Hilario Caullama narran cómo Braschi quiere vengarse de algunos pequeños patrones de lanchas pesqueras que han contribuido con dinero para los sindicatos.
El tercer "Hervor" es más extenso y complejo. Se trata de una serie de conversaciones alojadas en la casa y oficina del padre Michael Cardozo, sacerdote estadounidense con ideas revolucionarias. En primer lugar, seis curas comparten una cena con un joven maestro. Luego Cardozo se reúne en su oficina con Gregorio Bazalar, que expone sus dificultades como líder barrial y solicita ayuda del sacerdote. Finalmente, se extiende una larga conversación entre Cecilio Ramírez, un albañil, Maxwell, el norteamericano que ha abandonado el Cuerpo de Paz en el primer capítulo y que ahora trabaja como ayudante de Ramírez y el propio padre Cardozo. La secuencia finaliza con el sacerdote leyendo un pasaje de la Biblia dedicado al amor, sentado en una mesa donde guarda una imagen del Che Guevara junto a un Crucifijo. Tras la lectura, el cura se pregunta por la potencia de las acciones estimuladas por el odio. Dado que Arguedas no logra continuar escribiendo las historias de sus personajes, esta escena funciona como cierre de la ficción.
Sin embargo, no es ese el final de la obra, ya que volvemos a encontrar la voz del autor en un ¿Último diario? y en una serie de cartas, notas e instrucciones que conforman el epílogo. Allí también se reproduce el discurso "No soy un aculturado..." que Arguedas pronuncia al recibir el Premio Inca Garcilaso de la Vega. Todos estos apartados retoman el tono y las temáticas ya planteadas en los tres primeros diarios de la obra. El autor continúa peleando entre la vida y la muerte a través de la escritura y cuando percibe que definitivamente ya no podrá escribir, también decide de manera definitiva ejecutar el suicidio. En el Último diario menciona rápidamente algunas ideas sobre cómo finalizarían las historias de algunos personajes principales, aunque no puede narrarlas con detenimiento. Como lo ha hecho a lo largo de toda la obra, reafirma su proyecto literario: retratar la complejidad social del Perú, que entrelaza individuos diversos a partir del choque difícil y violento de las culturas originarias con los españoles. Enfatiza su interés por la lengua y por la infinita riqueza y diversidad de Perú como materia creativa.