L’Alchimiste dépeint l’histoire d’un jeune berger nommé Santiago, qui entreprend un long voyage afin de trouver un trésor qui dépasse ses rêves les plus fous. En cours de route, il apprend à écouter son cœur et, plus important encore, il réalise que ses rêves, ou sa " Légende Personnelle ", ne sont pas seulement les siens, mais font partie de l’Âme de l’Univers.
Santiago est un humble berger avec peu de désirs : il veut être libre de se promener avec ses moutons, d’avoir du vin dans son outre et un livre dans son sac. Cependant, le destin intervient sous la forme du rêve récurrent d’un grand trésor caché à des milliers de kilomètres au pied des pyramides égyptiennes. Lorsque Santiago rencontre Melchisédech, un étrange sage qui prétend être le roi d’un pays lointain, il décide de se mettre à chercher son trésor. Le lendemain, Santiago vend ses moutons et embarque vers l’Afrique pour poursuivre son rêve. À son arrivée en Afrique, le jeune homme se rend compte que rien ne sera aussi simple qu’il le pensait. Lors de son premier jour à Tanger, le protagoniste se fait voler toutes ses possessions et il se retrouve complètement seul, en plus de ne pas savoir parler un seul mot d’arabe. Au début, Santiago envisage d’abandonner et de faire demi-tour. Mais il finit par se souvenir des paroles du sage et décide de poursuivre son aventure : il se met à travailler dans un magasin de pierres précieuses. Après avoir travaillé dans ce magasin pendant un an, (et avoir appris beaucoup sur la vie et sur sa légende personnelle) Santiago gagne assez d’argent pour acheter un nouveau troupeau de moutons et rentrer chez lui. Cependant, au dernier moment, il décide de tout risquer et se joindre à une caravane en direction de l’Égypte. Une fois dans la caravane, Santiago rencontre un Anglais, venu en Afrique à la recherche d' un alchimiste renommé. Alors qu’ils traversent le désert, l’Anglais partage avec Santiago les secrets de l’Alchimie. Santiago trouve les idées de l’Anglais très similaires à celles de Melchisédech. Ils parlent tous deux d’une " Âme du Monde " à laquelle nous sommes tous connectés ainsi que de la nécessité de suivre les vrais désirs de notre cœur ou notre Légende Personnelle. Santiago, cependant, préfère apprendre ces secrets en observant le monde, tandis que l’Anglais préfère apprendre à travers des livres complexes.
Pendant qu’ils voyagent, ils commencent à entendre des rumeurs qu’une guerre tribale imminente. Quand ils arrivent enfin à l’oasis d’Al-Fayoum, où vit l'Alchimiste, Santiago rencontre une belle fille nommée Fatima dont il tombe immédiatement amoureux. Il découvre que l’amour, comme la Légende Personnelle, vient directement de l’Âme du Monde. En marchant dans le désert, Santiago a une vision d’une bataille à venir. Il se précipite pour avertir les aînés du village, et, lorsque sa vision devient réalité, ces derniers lui offrent un poste de conseiller. Le protagoniste envisage de rester à l’oasis avec Fatima, mais l’Alchimiste trouve Santiago et lui dit qu’il va le conduire à son trésor. Sur la route, l’Alchimiste enseigne à Santiago comment écouter son cœur. Les cœurs peuvent être perfides, mais la meilleure façon de les empêcher de vous tromper est de les écouter attentivement. Presque arrivés aux pyramides, Santiago et l’Alchimiste sont faits prisonniers par une tribu en guerre. L’Alchimiste dit aux membres de la tribu que Santiago est un puissant magicien qui peut se transformer en vent. Les membres de la tribu sont impressionnés et proclament épargner la vie des deux hommes si Santiago en est réellement capable. Le seul problème est que Santiago ne sait pas comment s’y prendre. Après trois jours de méditation, Santiago utilise sa connaissance de l’Âme du Monde pour demander aux éléments de l’aider. D’abord il demande au désert, puis il demande au vent, puis il demande au soleil et, enfin, il demande à l’Âme du Monde. Immédiatement, le vent se lève, et Santiago disparaît et réapparaît de l’autre côté du camp.
Les chemins de l’Alchimiste et de Santiago se séparent, et Santiago continue vers les pyramides. Une fois sur place, Santiago est attaqué par des voleurs. Interrogé sur ce qu’il y fait, Santiago raconte son rêve du trésor enterré à la base des pyramides. Un des voleurs se moque de lui en disant qu’il a eu exactement le même rêve, sauf que son trésor est enterré en Espagne. Santiago se rend compte que le trésor était en fait en Espagne depuis le début.L’histoire fait un saut dans le temps. On trouve Santiago creusant un trou à la base de l’arbre où il avait fait son premier rêve. Bien sûr, il trouve une malle pleine d’or : assez pour une longue vie heureuse avec Fatima.
