Après avoir réaffirmé son amour pour Fatima, Santiago traverse le désert avec l’Alchimiste. Ils voyagent en silence, se nourrissant du gibier que le faucon de l’Alchimiste leur rapporte. Santiago devient agité, avide de découvrir d'autres secrets de l’Alchimiste. Ce dernier lui explique que Santiago a beaucoup appris, mais qu’il lui reste une chose essentielle à comprendre. Ceci, il devra le découvrir par lui-même. L’Alchimiste raconte qu’au commencement, les secrets de l’Univers étaient connus de tous, mais que les hommes ont compliqué les choses en cherchant le trésor de leurs Légendes Personnelles sans vouloir véritablement vivre leur Légendes Personnelles. L’Alchimiste conseille à Santiago d’écouter son cœur.
Les deux voyageurs avancent prudemment, car ils approchent des zones où les tribus sont en guerre. Santiago écoute son cœur, mais il le sent agité. Celui-ci lui raconte des histoires sur l'Âme du Monde et sur ceux qui ont échoué à trouver leur fortune. Il a peur et veut retourner auprès de Fatima. Santiago dit à l’Alchimiste que son cœur est traître, car il ne veut pas qu’il continue son chemin. « La trahison, c'est le coup auquel tu ne t'attends pas. " Si tu connais bien ton cœur, répond l’Alchimiste, il n'arrivera jamais à te surprendre ainsi. " (L’Alchimiste, Coelho) ".
En voyageant, Santiago écoute son cœur et finit par faire la paix avec lui. À l'approche de la fin de leur périple, Santiago dit à l'Alchimiste qu'il souhaite connaître certains secrets de l'alchimie. L'Alchimiste lui répond qu'il connaît déjà les secrets les plus importants ; il sait qu'il doit écouter l'Âme du Monde pour trouver son trésor. Tout sur la Terre a une Légende Personnelle, même les minéraux. C'est pour cela que les alchimistes sont capables de transformer n'importe quel métal en or : ils aident simplement les métaux à accomplir leurs Légendes Personnelles.
Les voyageurs finissent par être capturés par une tribu en guerre. Les membres de la tribu les prennent pour des espions et menacent de les tuer. Afin de sauver leur vie, l'Alchimiste donne aux guerriers tout l'argent de Santiago et explique que Santiago est un puissant sorcier capable de se transformer en vent et de les détruire. Les guerriers ne le croient pas, mais donnent à Santiago trois jours pour prouver ce dont il est capable.
Santiago panique car il ignore comment se transformer en vent. L'Alchimiste, lui, ne semble pas inquiet. Pendant trois jours, Santiago monte sur une falaise et contemple le désert, afin d’écouter son cœur. Finalement, le troisième jour, il se rend tout en haut de la falaise et se sert de son cœur pour parler au Désert : puisqu'ils parlent tous les deux le Langage du Monde. Il demande au Désert de l'aider à se transformer en vent, car il est amoureux d'une fille et souhaite désespérément retourner auprès d'elle, mais le Désert ne sait pas comment. Ensuite, il demande au Vent, mais le Vent ne sait pas ce qu’est l’amour. Enfin, il s’adresse au Soleil, qui connaît l’amour, mais ne peut pas aider Santiago. Le Soleil suggère alors que Santiago s’adresse à la Main qui a tout créé. Santiago commence à prier. Il reçoit alors la profonde certitude que son cœur et l'Âme du Monde ne font qu’un. Au moment de cette réalisation, le vent commence à souffler avec fureur, et les membres de la tribu découvrent que Santiago a disparu. Il réapparaît de l'autre côté du camp. Les chefs de la tribu sont tellement impressionnés qu'ils laissent les voyageurs continuer leur voyage et leur fournissent un guide pour qu’ils puissent atteindre leur destination sains et saufs.
Le jour suivant, l'Alchimiste et Santiago arrivent dans un monastère. L'Alchimiste utilise un morceau de la Pierre Philosophale pour transformer un bout de plomb en or. Il en donne une part à Santiago et une autre à un moine. (Il donne également un morceau supplémentaire au moine. Celui-ci devra le garder pour Santiago si jamais il en avait besoin plus tard). L'Alchimiste prend congé de Santiago, qui poursuit son voyage et arrive enfin aux Pyramides. Une fois arrivé, il est soudain comblé de joie ; il comprend soudain qu’il est prêt à rentrer chez lui. En effet, le vrai trésor n'est ni l'or ni les bijoux, mais la sagesse qu'il a acquise ainsi que son amour pour Fatima.
Cependant, l'Alchimiste lui a dit d'écouter son cœur. Son cœur lui dit de commencer à creuser à l’endroit où il aperçoit un scarabée. Alors qu'il commence à creuser, un groupe d'hommes s’approche de lui et le frappe violemment, puis lui vole tout son argent. Lorsque Santiago tente d'expliquer ce qu'il fait, l'un des hommes lui dit qu'il est idiot. Il raconte à Santiago qu'il a lui aussi eu un rêve récurrent, illustrant la même situation - mais en Espagne. Cependant, il n'a pas été assez stupide pour partir à sa recherche, remarque-t-il. Après le départ des voleurs, Santiago se relève, euphorique. Il sait désormais où se trouve son trésor.
Analyse
En voyageant avec l'Alchimiste, Santiago apprend beaucoup de choses qui n'étaient qu'évoquées lorsqu'il voyageait seul. C'est aux côtés de l'alchimiste qu'il prend pleinement conscience que son cœur et son âme ne sont que de modestes fragments de l'Âme du Monde. Cela s'accorde avec le panthéisme souligné tout au long du livre : Dieu est une grande âme, l'Âme du Monde. Toutes les religions qui reconnaissent cette vérité n’en forment finalement qu’une seule. C'est ce raisonnement qui sous-tend le thème œcuménique du roman.
Cette section contient également le point culminant de la narration, pendant lequel le réalisme magique du roman se manifeste pleinement. À cet instant précis, Santiago dialogue avec les éléments : le Désert, le Vent, le Soleil, et enfin l'Âme du Monde. Quelques aspects de cette scène méritent d'être soulignés. Tout d'abord, la communication de Santiago avec ces forces naturelles confirme les propos de l'alchimiste : toutes choses, même les pierres et les animaux, ont une âme. Cela remet en question le dualisme que nous tenons pour acquis au quotidien : il n’existe pas de réelle séparation entre les choses et les êtres. Même si nous sommes tous différents, nous faisons tous partie du vivant, chacun avec une âme.
Deuxièmement, il est important de noter que si Santiago utilise des mots pour parler au Vent, au Désert et au Soleil, il ne peut en revanche s'exprimer de la même manière avec l'Âme du Monde. Cela ne signifie pas son incapacité à communiquer, mais plutôt que les mots sont insuffisants. Communiquer avec l'Âme du Monde devient alors une question d'ouvrir son cœur. Cette idée de l’insuffisance des mots s’accorde avec d’autres passages du roman, où l’humanité est décrite comme fondamentalement déchue. Le problème n’est pas que les secrets de la vie soient compliqués, mais que l'humanité les a compliqués en ayant recours au langage. La dernière étape du cheminement spirituel de Santiago ne consiste donc pas à parler, mais à écouter.
Le rebondissement final, la découverte que le trésor se trouvait en réalité tout près de Santiago depuis le début, vient réaffirmer les enseignements de l’Alchimiste. Comme le souligne l'Alchimiste, ses secrets sont simples et à la portée de tous, le trésor a toujours été près de lui. Ainsi, les clés d'une vie plus heureuse et épanouie ne sont ni lointaines ni exotiques : elles sont souvent toutes proches et parfois même sous notre nez. Le paradoxe est qu'il nous faut souvent parcourir un long chemin pour nous en apercevoir.