Après un mois de travail dans la boutique de cristaux, Santiago propose au propriétaire d’aménager la vitrine pour attirer de nouveaux clients. Celui-ci semble réticent, comme s'il avait peur du succès. Il confie à Santiago que, bien qu'il ait toujours rêvé de faire le pèlerinage à La Mecque, il sait qu’il ne le fera jamais. Il avoue qu'il a peur qu’après avoir accompli son rêve, il n'ait plus de raison de vivre. Au cours de l’année qu’il passe à travailler dans la boutique, Santiago réussit à convaincre le propriétaire de faire quelques changements dans la boutique, ce qui encourage les affaires. À la fin de l'année, Santiago décide d'utiliser l'argent qu'il a économisé pour acheter un troupeau de moutons et retourner en Espagne. Avant de partir, il demande sa bénédiction au commerçant ; celui-ci la lui accorde, mais lui dit qu'il sait qu'il ne retournera pas en Espagne. Le commerçant, quant à lui, répète qu'il ne se rendra jamais à La Mecque. Il affirme que cela est maktub - ou écrit par Dieu. Santiago réalise que bien qu'il soit loin de chez lui, il est en fait plus proche que jamais des Pyramides et de son trésor. Il décide de tenter sa chance et de rejoindre une caravane qui s’apprête à traverser le désert.
Lorsqu'il se rend aux écuries pour rejoindre la caravane, Santiago rencontre un Anglais qui est à la recherche d’un célèbre alchimiste vivant dans l’oasis de Fayoum. L'Anglais est obsédé par la découverte du " Langage de Dieu " et a dépensé la majeure partie de son héritage à voyager et à étudier la science, la religion, puis finalement l'alchimie.
Alors que Santiago et l’Anglais attendent le départ de la caravane, le jeune homme sort Urim et Thummim, et l’Anglais les reconnaît immédiatement. Il porte des pierres identiques dans sa propre poche. Il explique à Santiago que leur rencontre n’est pas le fruit du hasard. Les coïncidences et les présages sont le Langage Universel que tout le monde peut comprendre. Le but de l’alchimie est de déchiffrer ce langage. Santiago comprend alors que la série d'évènements qui l’ont mené jusqu’ici - la rencontre avec Melchisédek, le vol dont il a été victime, la rencontre avec le marchand de cristaux - n'était ni accidentelle, ni aléatoire, mais des signes qui l’ont rapproché de sa Légende Personnelle.
La caravane commence à avancer à travers le désert, et Santiago apprend beaucoup de choses de l'alchimiste anglais et des guides de la caravane. Le désert est immense et dangereux, et les guides apprennent à Santiago comment écouter ses présages. L'Anglais parle de l'Âme du Monde et la décrit comme le principe qui régit toutes choses. Lorsque nous avons une intuition ou désirons ardemment quelque chose, nous nous immergeons dans l'Âme du Monde. Les humains ne sont pas les seuls à avoir cette capacité; tout ce qui existe sur terre a une Âme et une Légende Personnelle. Santiago demande à emprunter les livres d'alchimie de l'Anglais pour en apprendre plus.
Il découvre que le but de l'alchimie est le Grand Œuvre. Le Grand Œuvre est en partie liquide et en partie solide ; le liquide s'appelle l'Élixir de Vie et le solide est la Pierre Philosophale. Les livres de l'Anglais racontent les histoires de tous les grands alchimistes qui ont consacré leur vie à réaliser leur Légende Personnelle. Au fur et à mesure qu'il lit, Santiago réalise que lui et l'alchimiste anglais poursuivent le même but, mais que lui préfère lire les présages du monde dans sa vie quotidienne plutôt que dans de vieux livres poussiéreux.
Alors que la caravane traverse le désert, une guerre se prépare entre les tribus de la région. Chaque jour devient de plus en plus dangereux, mais la caravane n’a d'autre choix que de continuer. Grâce aux guides stoïques de la caravane, Santiago apprend l'importance de se concentrer sur le présent.
Analyse
Dans la deuxième partie de L'Alchimiste, Santiago fait face à deux nouveaux obstacles. Une partie du génie narratif de Coelho réside dans sa manière de rendre les épreuves de Santiago de plus en plus complexes. Bien que sa première mésaventure - tout se faire voler à Tanger - soit sérieuse, elle reste relativement banale. En revanche, la deuxième épreuve, l'amour de Santiago pour Fatima, est plus complexe car l’amour n'est généralement pas présenté comme un obstacle. Santiago envisage pourtant de suspendre sa quête afin de rester avec Fatima, ce que même le vol subi dans un pays étranger n’avait pas réussi à provoquer chez lui. Bien que Fatima souhaite qu'il poursuive son chemin, Santiago reste indécis. Il s’appuie, une fois de plus, sur une intervention extérieure pour prendre sa décision. Le destin intervient à travers l'Alchimiste qui lui montre son avenir rempli de ressentiments et de regrets s’il n’accomplit pas son rêve. C’est ainsi qu’une fois de plus, Santiago reprend sa route.
La dernière épreuve, où Santiago doit se transformer en vent, est différente sur plusieurs plans. Tout d’abord, c’est de loin la plus radicale. Alors que les deux premières étaient essentiellement des obstacles physiques et personnels, cette dernière est d'ordre spirituel. Santiago réalise qu'il est uni à Dieu, et que son âme est une petite partie de la grande Âme du Monde. Ensuite, cette épreuve finale se distingue car Santiago la surmonte entièrement seul, sans intervention de quiconque. Cela reflète la double structure narrative de L'Alchimiste : un récit physique et une quête spirituelle. La scène où Santiago se transforme en vent est le point culminant de sa quête spirituelle, tout comme la découverte du trésor est celui de son parcours physique.
En travaillant dans la boutique de cristaux, Santiago apprend plusieurs leçons importantes. L'une des plus marquantes est qu’aucune force extérieure n’empêche d’accomplir ses rêves. Le commerçant évite intentionnellement de réaliser le sien car il pense qu'une fois accompli, il n'aura plus rien à désirer. Santiago décide malgré tout de continuer sa quête.
Le thème du destin réapparaît dans la rencontre entre l'Anglais et Santiago. Ces deux personnages incarnent, à bien des égards, deux facettes d'un même personnage : le chercheur de savoirs. Tous deux sont en quête d'un trésor : l'Anglais souhaite apprendre à transformer le plomb en or, tandis que Santiago cherche un trésor enfoui. Cependant, tous deux réalisent qu'il y a bien plus en jeu que la simple richesse matérielle. Ils diffèrent dans leur méthode d’apprentissage, puisque l'Anglais insiste pour apprendre uniquement dans les livres, à tel point que le monde réel passe au second plan. Santiago, en revanche, apprend constamment en observant le monde, le désert, et les présages de la vie. Malgré leurs différences, les deux personnages sont intimement liés par le destin.