El alma
Desde el inicio del relato Pereira se preocupa por el tema del alma. Siendo viudo y viviendo proyectado en los recuerdos, siente que vive como si estuviera muerto, y el único futuro en el cual puede pensar es aquel que le sigue a la muerte.
Sin embargo, el tema del alma adquiere otra tonalidad a partir de determinado momento en la novela, en tanto Pereira confiesa al doctor Cardoso que por nuevos pensamientos que aparecen en él siente deseos de arrepentirse de su vida, como si esta no hubiera tenido ningún sentido, como si él fuera otra persona. A raíz de ese planteo, Cardoso postula la teoría de la confederación de las almas, según la cual es ilusorio pensar el alma como un todo único, indivisible, permanente. Dentro de esta perspectiva, el alma (o la personalidad) se compone de múltiples "yoes", de una pluralidad sobre la cual un "yo" hegemónico se posiciona a la cabeza. Ese "yo" hegemónico puede ser destronado en cualquier momento, por otro, al cual hay que dejarle lugar. Frente a un Pereira educado en el catolicismo, y que siente que su vida es inútil y quiere arrepentirse de ella, Cardoso propone entonces otra perspectiva que no considera traumático ese "desacuerdo" con la versión anterior de uno mismo -el viejo yo hegemónico-, sino un simple empujón que abre las puertas a la emergencia de un nuevo yo hegemónico, que será entonces la cabeza de la confederación de las almas.
El totalitarismo
La trama de la novela se desarrolla en un contexto histórico determinado por el auge de los totalitarismos europeos: el salazarismo en Portugal, el fascismo en Italia, el nazismo en Alemania, el franquismo en España. Dicho contexto es de suma importancia en la novela, en tanto los personajes conviven con las implicancias de estar bajo un régimen totalitario. Esto se manifiesta de diferentes maneras en el relato. Por un lado, se evidencian los crímenes cometidos con complicidad policial contra aquellos que no coinciden con el perfil de ciudadano ideal según el criterio conservador, católico y nacionalista de la dictadura: los espacios usualmente habitados por artistas están vacíos, en tanto estos deben ocultarse o exiliarse; los comercios donde trabajan minorías religiosas como los judíos son atacados; los militantes políticos antifascistas son asesinados con la supuesta justificación de estar dando lecciones de "patriotismo". Por otro lado, el totalitarismo se ejerce en la censura que impide la expresión de ideas distintas a las expresadas por el régimen.
La cultura y la política
Uno de los temas importantes en la novela es el del vínculo entre la cultura y la política. Si bien al inicio del relato Pereira prefiere pensar ambos asuntos como separados uno del otro, y censura los artículos de Monteiro Rossi por considerarlos impublicables debido al fervor de su contenido, hacia el final termina comprendiendo que toda expresión cultural guarda en sí un contenido ideológico, político. Es por eso que acaba decidiendo publicar en su periódico traducciones de relatos cuyos autores expresaron, en sus letras, un compromiso con la libertad y en contra del fascismo, a la vez que arriesga su vida al engañar a la censura para publicar en su periódico una denuncia contra los crímenes del régimen.
La postura opuesta se encarna en aquellos que son cultores de los regímenes totalitarios que avanzan sobre Europa y que se enarbolan en el culto al nacionalismo. Uno de ellos es el director del periódico en el que trabaja Pereira, quien deja al periodista total libertad en su página cultural puesto que la cultura "no es lo suyo", hasta que comienza exigirle al periodista que abandone a los escritores franceses (defensores de los ideales de libertad y pertenecientes a una nación que se ubica políticamente, en ese momento histórico, en las antípodas de Portugal) para concentrarse exclusivamente en los portugueses que celebran la tradición nacional, la pureza de la raza.
La censura
En tanto la trama de la novela se enmarca en Lisboa en un período histórico caracterizado por el apogeo de los totalitarismos europeos, la censura es un tema presente a lo largo de todo el relato. El protagonista del relato, a pesar de ser periodista, debe recurrir al camarero de un café o a su amigo sacerdote para enterarse de los crímenes que se ejecutan en el país, puesto que los periódicos no hablan de ellos. La censura aparece explícitamente en diálogos entre los personajes, en tanto problematizan el hecho de que toda nota periodística debe pasar por el imprimátur de la censura antes de ser publicada, y los múltiples espacios en blanco en los periódicos registran la cantidad de artículos que, por no ser aprobados por el criterio oficial, simplemente no han salido a la luz.
Es también Pereira quien, durante gran parte de la novela, ejerce cierto tipo de censura, en tanto decide no publicar los artículos de Monteiro Rossi a causa de su contenido expresamente político y de denuncia. El protagonista incluso llega a autocensurarse al decidir no firmar ciertas publicaciones. El director del periódico Lisboa, por su parte, también censura a Pereira cuando considera que los cuentos que publica no son convenientes según los criterios del oficialismo dictatorial. En este sentido, el tema de la censura aparece en la novela directamente ligado a la temática de la cultura y su relación con la política.
La muerte
Lo que define a Pereira desde el inicio de la novela es su obsesión con el tema de la muerte. Él es un hombre viudo, de salud deteriorada, desinteresado por su presente y atado a los recuerdos de su vida pasada. Habla diariamente con el retrato de su esposa fallecida y convierte la página cultural que dirige en el periódico en una especie de oda a la muerte o al pasado: publica necrológicas, efemérides y literatura del siglo XIX. Pereira llega a pensar, incluso, que vive como si estuviera muerto. Sus preocupaciones filosóficas y religiosas se limitan a temáticas relacionadas con la vida después de la muerte, como el alma y la resurrección de la carne. Es también la muerte lo que lo lleva en primera instancia a contactar a Monteiro Rossi, puesto que lee un artículo del joven licenciado acerca de esa temática.
El tema está presente en la novela, además, por el contexto histórico en el que se enmarca la trama: la situación de los países europeos previa al estallido de la Segunda Guerra Mundial, caracterizada por el avance de los totalitarismos, como el ascenso de Mussolini en Italia, de Hitler en Alemania, la dictadura de Salazar en Portugal y el sangriento desenvolvimiento de la Guerra Civil Española.
La nostalgia
Uno de los temas que definen el carácter de Pereira es la nostalgia. Estando en el presente viudo, siendo solitario y teniendo problemas de salud, el protagonista de la novela suele refugiarse en sus recuerdos. La plenitud pareciera encontrarla únicamente en la memoria de su juventud en Coimbra, cuando gozaba de un buen estado físico, nadaba durante horas en el mar y se divertía junto a sus compañeros, a la vez que se conocía con su novia, la mujer que luego fue su esposa. Ese es el escenario constante de sus sueños, ese momento de felicidad pasada. Y es ese mismo pasado el que ata a Pereira durante gran parte de la novela y le impide tomar decisiones como la de abandonar un país invadido por el fascismo. Por este tipo de razones, personajes como Cardoso consideran problemática la dimensión de la nostalgia en Pereira: el doctor llega a aconsejarle que elabore el luto, que deje de proyectarse en el pasado, que comience a conectarse con su presente y a frecuentar el futuro.
La identidad
El tema de la identidad aparece de forma subyacente a lo largo de toda la novela. Enmarcada en el contexto histórico de una dictadura, toda acción, en la novela, que manifieste algún tipo de ideología no considerada aceptable por parte del régimen puede ser sancionada, lo cual resulta en que varios personajes escondan o disfracen su identidad para proteger su vida. Tal es el caso de Marta, cuyas transformaciones físicas presencia Pereira: la muchacha, obligada por circunstancias relacionadas con su militancia política, modifica en extremo su cabello, su peso, incluso su nombre, nacionalidad y su identidad entera. Pereira también atiende a la falsa identidad de Bruno Rossi y a la de Monteiro Rossi, así como se convierte en cómplice al esconder en su propia casa los pasaportes falsos que los jóvenes llevaban consigo. Finalmente, a su vez, es Pereira quien compromete su identidad al punto de tener que disfrazarla: por un lado, deja de esconder su autoría en los artículos y firma "Pereira" al final de su denuncia a los crímenes oficiales y, por el otro, se ve obligado a adoptar una nueva identidad y exiliarse del país siendo un hombre nuevo.
