Pereira es un periodista encargado de la página cultural del periódico Lisboa. Es un hombre viudo, con deteriorado estado físico y obsesionado con el tema de la muerte. Su día a día es más bien solitario; habla con el retrato de su esposa fallecida y está desinteresado de temas políticos y la realidad que lo rodea.
Un día lee un ensayo sobre la muerte en una revista católica de un joven llamado Monteiro Rossi, y decide contratarlo para que colabore escribiendo necrológicas en su página cultural. El muchacho lo hace, pero sus artículos expresan su ideología antifascista y Pereira considera estos escritos impublicables. A pesar de eso, continúa pagándole de su bolsillo y ayudándolo cuando el joven le pide ayuda. Lo hace, en principio, por un instinto protector (de algún modo ve al muchacho como al hijo que nunca tuvo), y se mantiene firme en su posición de desinterés por la causa por la que luchan el joven y su novia, Marta. Pereira desprecia por fanática cualquier expresión política, sea cual sea su naturaleza.
Poco a poco, Pereira se interioriza en la situación del país. No logra esquivar el tema cuando se reúne con su amigo de la juventud Silva, con quien discute a causa de la posición conservadora de este. También conoce en un tren a una mujer judía que persigue el exilio a causa del antisemitismo en Europa, y que le dice a Pereira que, como intelectual, debería hacer frente a la situación. Por otra parte, el protagonista continúa colaborando con Monteiro Rossi, a cuyo primo (ligado al movimiento revolucionario en España) ayuda a esconder.
En una clínica de terapias naturales Pereira conoce al doctor Cardoso. Ambos comparten intereses culturales y literarios. En un momento, Pereira le confiesa una nueva preocupación naciente en él: piensa que quizás Monteiro Rossi y Marta tengan razón, y eso le hace sentir que su vida no tiene sentido y que debe arrepentirse de todo. Cardoso expone ante él una teoría sobre la confederación de las almas según al cual Pereira estaría mudando el "yo hegemónico" que dirige su personalidad. El doctor, quien también planea abandonar el país para irse a Francia, incentiva a Pereira a soltar el pasado y dejar emerger a su nuevo yo.
El director del Lisboa, quien hasta entonces había dejado total libertad a Pereira en cuanto a la sección cultural del periódico, comienza a advertir una tendencia en la literatura que elige publicar su empleado que considera inconveniente, y exige que este se limite a un perfil más nacionalista. Al mismo tiempo, las llamadas y cartas que Pereira recibe en su oficina son controladas por la portera, confidente de la policía.
Hacia el final de la novela, Monteiro Rossi llega a la casa de Pereira anunciando que está siendo perseguido por la policía. Pereira lo hospeda en su casa hasta que irrumpe violentamente la "policía política" y asesina al joven. Pereira entonces decide escribir una última necrológica sobre Monteiro Rossi, donde denuncia el crimen, y logra publicarla sorteando la censura gracias a la ayuda de Cardoso. Luego, adquiere una identidad falsa (con uno de los pasaportes que había hecho Monteiro Rossi) y emprende su exilio a Francia.
