La novela trata sobre la vida del joven Cándido, un muchacho de buen corazón que vive en el castillo del barón de Thunder-ten-tronck, en Westfalia, Alemania. Allí aprende a vivir bajo la doctrina del optimismo gracias a su tutor, Pangloss. Un día, el joven es desterrado por besar a la hija del barón, Cunegunda, de quien está enamorado. A partir de este momento, se enfrenta a todo tipo de desgracias que ponen a prueba su convicción sobre el optimismo.
Al principio, Cándido vagabundea sin rumbo hasta que dos hombres lo incorporan por la fuerza al ejército búlgaro. El muchacho aprende rápido el oficio, pero durante la guerra aprovecha para desertar e irse a Holanda. En su nuevo destino, se reencuentra con Pangloss, que ahora está enfermo y maltrecho. Su tutor le cuenta que el castillo de Westfalia fue invadido por los búlgaros y que toda la familia del barón de Thunder-ten-tronck fue mascarada.
El protagonista y su tutor se dirigen a Lisboa. Antes de llegar, el barco naufraga frente a la costa debido a la tempestad causada por un terremoto que acaba de destruir media ciudad. Cándido y Pangloss logran escapar, pero en Lisboa son apresados por la Inquisición debido a sus posturas filosóficas, y se los juzga en un auto de fe organizado con el objetivo de poner fin a las tempestades que azotan el lugar. Pangloss es ahorcado y a Cándido lo azotan hasta dejarlo agonizante. Sin embargo, una vieja lo rescata y lo lleva a reencontrarse con su amada Cunegunda, que está viva y en las afueras de Lisboa. La muchacha le cuenta cómo se salva del ataque de los búlgaros y cómo actualmente pertenece a dos hombres: Don Isacar —un judío— y el inquisidor católico. Mientras están hablando, los amos de Cunegunda llegan a la casa y la encuentran con Cándido. Desesperado, el joven mata a ambos con su espada y, para evitar el castigo por los asesinatos, los jóvenes y la vieja escapan y se embarcan con destino a América.
En el nuevo continente, el gobernador de Buenos Aires se enamora de Cunegunda. Como las autoridades españolas los persiguen hasta el Nuevo Mundo, la joven acepta el matrimonio para que el poderoso gobernador la proteja. Mientras tanto, Cándido escapa a Paraguay con su ayuda de cámara, Cacambo. En Paraguay, el joven se encuentra con el hijo del barón, quien también se salvó del ataque de los búlgaros y es ahora un importante jesuita dentro del gobierno, constituido por dicha orden monacal. Sin embargo, Cándido termina por matarlo cuando el monje le prohíbe que se case con su hermana. Así, el joven y su ayuda de cámara vuelven a escapar para evitar el castigo de la ley. Después de mucho vagar, llegan a un paraíso oculto entre las montañas llamado Eldorado, en donde abundan el oro y las joyas, y la gente vive tranquila y feliz. Luego de un tiempo, parten hacia Surinam, aprovisionados de joyas y carneros, con la intención de comprarle al gobernador a Cunegunda. Cacambo va con las joyas a Buenos Aires para luego encontrarse con Cándido en Venecia. Por su parte, el protagonista intenta llegar a Venecia, pero luego de que le roben la mayoría de sus riquezas, termina en un barco francés, acompañado de Martín, un desgraciado hombre al que le paga para que le haga compañía.
Cándido y su compañero llegan a París, en donde son víctimas de diferentes estafas. En un momento terminan apresados y se ven obligados a sobornar al jefe de policía para que los libere. Así, vuelven a embarcarse para abandonar París e ir a Venecia. En su nuevo destino, Cándido busca a su ayuda de cámara por todos lados, hasta que inesperadamente lo encuentra en una taberna. Cacambo es ahora esclavo, al igual que Cunegunda, que está en Constantinopla sirviendo al rey Ragotsky.
Valiéndose de sus joyas, Cándido libera a Cacambo, y se embarca con él y Martín en otra galera para ir a rescatar a Cunegunda. En esa galera encuentran a Pangloss y el hijo del barón, que son prisioneros obligados a remar. Aunque se los daba por muertos, ambos han sobrevivido milagrosamente. El protagonista paga por su liberación, aunque luego devuelve al hijo del barón a su condición de esclavo, ya que este continúa oponiéndose a su matrimonio con Cunegunda.
Cándido rescata a su amada, y con todo el grupo de amigos —Martín, Cacambo, la vieja y Pangloss— se instalan en una finca, en la que pronto se aburren por la monotonía. Un día, hablan con un anciano que vive junto a su familia de manera apacible, ocupándose de su huerto. Este les explica que el trabajo es la clave para llevar adelante una buena vida, y Cándido y sus compañeros reflexionan sobre esta idea. Al final del relato, el protagonista comprende que trabajar es la clave para llevar una vida tranquila y apacible. Entonces, todos los integrantes de la familia se ponen a trabajar en la finca.
