Los ríos profundos es la tercera novela de José María Arguedas. Algo de su trama y, sobre todo, su personaje principal y narrador Ernesto, ya estaban esbozados en un cuento escrito en 1935: "Warma kuyay". Publicada por la editorial Losada en 1958, Los ríos profundos recibe en Perú el Premio Nacional de Fomento a la Cultura Ricardo Palma. Se trata de un relato de corte autobiográfico, en el que Arguedas narra los viajes con su padre por los diversos pueblos de las sierras peruanas y, sobre todo, sus años como estudiante en el colegio de Abancay. La novela indaga en las raíces culturales del pueblo peruano; la “profundidad” de los ríos en el título tiene también este valor metafórico, en relación a la profundidad de los orígenes de la cultura peruana, de su verdadera identidad, según Arguedas, que es la identidad andina.
En Los ríos profundos, como en todo el trabajo de Arguedas, su rol de literato no está nunca completamente disociado del de etnólogo. Como contrapartida también podemos decir que en su trabajo de etnólogo se encuentra siempre presente su faceta de literato: encontramos en sus estudios académicos el lenguaje lírico de sus narraciones.
Considerada como la obra maestra de Arguedas, Los ríos profundos inaugura, junto con el escritor Juan Rulfo y su Pedro Páramo, las bases para el movimiento neoindigenista en la literatura. El indigenismo propiamente dicho ya venía pisando fuerte en la literatura peruana y sus luchas contra la discriminación, y ganaba terreno en la literatura internacional. Por un lado, el neoindigenismo se propone, además de describir los usos y costumbres, comprender desde dentro al indio y representar su mirada. Por otra parte, pretendía darle más espacio a las transformaciones que la cultura indígena atravesaba en la modernidad. En Los ríos profundos, el indio no es una entidad abstracta y aislada para ser estudiada por catedráticos, sino que es una realidad material y objetiva, factible de ser localizada social y culturalmente.
Los ríos profundos es bien recibida por la crítica por su proyecto literario de identificar y ahondar en la cultura andina, pero también por su importante trabajo estético al intentar develar el componente mítico de la cultura indígena. Es una novela de una carga poética muy fuerte, plagada de pasajes de una imaginería muy compleja. En el año 1963 es nominada al premio norteamericano William Faulkner y, a partir de ahí, consigue una buena proyección internacional. Es de las pocas novelas con fuerte presencia de la lengua quechua que es traducida a varios idiomas.