Aunque José Rizal no estuvo directamente involucrado en la revolución filipina, sus escritos a menudo se citan como una inspiración fundamental de la misma. Noli me tangere está ambientada antes de la revolución, pero comprender este hecho histórico ayuda a entender los temas principales de la novela.
Los historiadores afirman que los movimientos independentistas filipinos comenzaron a aparecer luego de la construcción del Canal de Suez en 1869. Gracias al canal, los filipinos podían llegar a España en menos de treinta días de navegación. Esto generó que, año tras año, cada vez más filipinos, como José Rizal (y también su personaje Crisóstomo Ibarra), se familiarizaran con las ideas liberales que regían en Europa.
Para 1872, ya se habían conformado diferentes grupos rebeldes, aunque aún no tenían la fortaleza necesaria para enfrentarse al poder de España. Durante ese año, sucedió un hecho significativo: el llamado "Motín de Cavite". Este motín ocurrió en un arsenal. Allí, doscientos trabajadores y soldados filipinos se levantaron contra España con la idea de generar un sublevamiento nacional. Sin embargo, el pequeño motín fue rápidamente aplastado por los españoles y se utilizó como excusa para aumentar la represión en contra de los "subversivos". Esta represión solo fortaleció la causa revolucionaria. Tres sacerdotes, José Burgos, Jacinto Zamora y Mariano Gómez, fueron acusados de trabajar con los amotinados y, luego, ejecutados. De inmediato, se convirtieron en los primeros mártires de la revolución.
En 1892, Andrés Bonifacio fundó una sociedad revolucionaria clandestina, Katipunan, en Manila, y en los siguientes cuatro años, sus filas aumentaron considerablemente. En 1896, Katipunan tenía más de cien mil soldados. Ese año, Bonifacio llamó a la rebelión armada. Mientras tanto, Rizal regresó a Filipinas, preocupado por el bienestar de su familia. Al poco tiempo de regresar comenzó a ser perseguido, tal como le sucede a su personaje Crisóstomo Ibarra en la novela. La Iglesia católica y el Estado lo acusaban de conspirar junto a los revolucionarios. Lo cierto es que los revolucionarios habían tomado como bandera Noli me tangere y otros escritos del autor, pero este se opuso a la revolución, ya que, nuevamente como Crisóstomo Ibarra, consideraba que el cambio no debía lograrse por la fuerza. Rizal fue apresado y ejecutado ese mismo año. Las coincidencias entre su historia personal y la de Crisóstomo Ibarra son llamativas, tanto que parece increíble que Rizal haya escrito Noli me tangere antes de que le sucedieran estos hechos en su propia vida.
A principios de 1897, el liderazgo de la revolución pasó a manos de Emilio Aguinaldo, quien mandó a fusilar a Bonifacio por supuesta sedición. Aguinaldo no pudo derrotar militarmente a los españoles. A fines de ese año, el pacto de Biak-na-Bato puso fin temporalmente al conflicto. Aguinaldo y otros líderes revolucionarios se exiliaron a Hong Kong a cambio de que España realizara importantes reformas que favorecerían a los filipinos. Tras el exilio, España desestimó su promesa.
En 1898, Estados Unidos, potencia inminente a nivel mundial, aprovechó la debilidad del dominio colonial por parte de España e invadió las Islas Filipinas. Derrotó a la nación ibérica y se hizo con el poder. Esto fue aprovechado por Aguinaldo y los otros revolucionarios, quienes regresaron de Hong Konk y se enfrentaron a sus nuevos colonos. Esta vez salieron victoriosos, y las Islas Filipinas conquistaron su independencia.
En relación con la participación de Rizal, hemos dicho que este no apoyó activamente a los revolucionarios. Sin embargo, eso no quiere decir que Rizal se mantuviera al margen de lo que ocurría en su país natal. De hecho, desde sus diecinueve años, Rizal militó en diferentes organizaciones que luchaban contra la opresión colonial. En 1892, fundó la Liga Filipina, que pretendía que España dejara de considerar a las Islas Filipinas como una colonia y la integrara a su nación como si fuera una provincia más. Durante los años previos al comienzo de la revolución filipina, Rizal, quien vivía en Madrid, fue el líder del movimiento "Propaganda". Dicho movimiento estaba integrado por escritores de ascendencia filipina que vivían en Europa, quienes utilizaron la literatura para criticar el colonialismo que azotaba su país nativo. Además de Noli me tangere, cabe destacar su novela El filibusterismo, escrita en 1888, que también fue tomada como bandera por los revolucionarios.
