Ceremonia secreta narra la misteriosa relación entre Leonides Arrufat, una solitaria solterona de 58 años, y Cecilia Engelhard, una joven huérfana que la confunde con su madre. Ambas se conocen al cruzarse en el tranvía, cuando Cecilia clava la mirada en la señorita Leonides y decide seguirla. Leonides, por su parte, se deja llevar y acompaña a la muchacha a su casa, guiada por una mezcla de curiosidad y lástima. Allí, descubre el motivo por el que la muchacha la sigue y la trata con tanto cariño: la confunde con su madre fallecida, Guirlanda Santos, con quien Leonides guarda un parecido notable. De aquí en adelante se desatan una serie de enredos propiciados por las distintas identidades que asume el personaje de Leonides y las transformaciones que va sufriendo a medida que avanza la trama.
En un ambiente oscuro y asfixiante, dentro de la mansión en ruinas de Cecilia -escenario típico de la novela gótica-, Leonides se va alienando al punto de la locura, creyendo realmente ser la madre de la chica. Pero poco después irrumpen dos desconocidas que desequilibran la ficción autoimpuesta de las dos mujeres solitarias. Al entrar abruptamente en sus vidas, estos personajes, Mercedes y Encarnación, desbaratan ese mundo, y Leonides se ve obligada a salir de la casa y enfrentarlas. Para eso, debe adquirir una nueva identidad: Anabelí Santos, la supuesta prima de Guirlanda. Pero, al hacerlo, descubre oscuros secretos de familia y un misterio que involucra a una tal Belena, prima de Cecilia.
En este punto, Leonides se decide a investigar y encontrar la verdad. La novela da un leve vuelco, intercalando con el estilo gótico general varios tópicos del género policial. Así, Leonides se convierte en una suerte de investigadora que sigue pistas y reconstruye los hechos. De esta manera, descubre que el episodio traumático que enloqueció a Cecilia no fue la muerte de su madre, sino otro. Belena, quien se había mudado con ella luego de la muerte de Guirlanda, la había mandado a matar para quedarse con la herencia. Pero los jóvenes a los que envío no cumplieron con su parte del trato: en lugar de matar a la joven, robaron todo lo que había en la casa y la violaron. Cecilia quedó embarazada y enloqueció.
Todos estos hechos se terminan de rebelar por boca de la propia Cecilia, que, como despertando de un largo letargo, recupera su lucidez poco antes de morir. Leonides, conmovida, decide que el destino la ha puesto en ese lugar, y que tiene un rol que cumplir en esa "ceremonia secreta". Así es que decide vengarse y matar a Belena, luego de lo cual recupera su identidad.
