Mary Lennox
Es la protagonista de la historia. Se trata de una niña de nueve años que atraviesa una enorme transformación a lo largo del relato. Hija de un matrimonio rico, al comienzo es maleducada, caprichosa, autoritaria y amargada. Está acostumbrada a que hagan todo por ella y trata mal a los que la rodean. Sin embargo, la repentina muerte de su niñera y de sus padres provoca un gran cambio en su vida. Al mudarse a Inglaterra, se ve obligada a enfrentar su propia soledad y su egoísmo. En el proceso, se hace amigos, descubre lo que es sentir afecto por otros y se conecta con la naturaleza. De ese modo, se convierte en una niña sana, alegre y amorosa.
El señor y la señora Lennox
Son los padres de Mary. Tienen mucho dinero y viven en India, donde el hombre trabaja como funcionario del Estado británico. Ninguno de los dos le presta mucha atención a la hija, quien crece al cuidado de los sirvientes. Su repentina muerte en un brote de cólera hace que la hija deba mudarse a Inglaterra.
La señora Medlock
Es el ama de llaves de Misselthwaithe Manor, la enorme propiedad de Archibald Craven, y se encarga de organizar todos los asuntos domésticos. Al principio, tiene una actitud distante con respecto a Mary, pero le toma cariño cuando la ve interactuar con Colin.
Martha Sowerby
Es una muchacha que trabaja en Misselthwaithe Manor, al servicio de la señora Medlock. Martha es la cuidadora principal de Mary desde que la niña llega al lugar. Su actitud afectuosa pero firme influye muchísimo en la gran transformación que atraviesa la protagonista a lo largo de la narración. Martha conversa con Mary, le pone límites y le enseña a hacer muchas cosas de manera autónoma. Gracias a ella, la niña sale a descubrir los jardines y termina conociendo tanto a Ben como a Dickon, hermano de Martha.
Susan Sowerby
Es la madre de Martha, Dickon y otros diez niños. La narración la menciona varias veces como una mujer amable y amorosa. Su familia es pobre, pero la mujer cuida a sus hijos muy bien. De hecho, estos son sanos, buenos y generosos. La señora Sowerby también tiene una actitud maternal hacia Mary y Colin. Si bien participa poco de la historia, su rol es fundamental: guarda el secreto de los chicos, pero también le indica al señor Craven cómo actuar para cuidar a Mary y Colin.
Dickon Sowerby
Es hermano menor de Martha e hijo de Susan Sowerby. Antes de conocerlo personalmente, Mary ya está interesada en él gracias a las anécdotas que le cuenta Martha. El chico tiene doce años; es tranquilo, amable y, sobre todo, tiene un don para relacionarse con los elementos de la naturaleza. Se pasa todo el día en el páramo respirando aire puro, sabe mucho sobre cuidar plantas y se relaciona con los animales como si fueran sus amigos. Tanto es así que parece comunicarse con ellos como si hablara el mismo idioma. La actitud solidaria y generosa de Dickon surte una enorme influencia en Mary a medida que ella se convierte en una mejor persona. A su vez, el chico se compromete en ayudar a Colin a fortalecerse y convertirse en un niño sano.
Ben Weatherstaff
Es un jardinero de Misselthwaithe Manor. Al principio es un poco amargado y cascarrabias, pero pronto simpatiza con Mary y le enseña a cuidar las plantas. El hombre era el encargado del jardín secreto cuando la madre de Colin estaba viva, y lo mantuvo cuidado durante varios años, pero se encuentra enfermo y ya no puede hacerlo.
Archibald Craven
Es el tío de Mary y dueño de Misselthwaithe Manor. Si bien recibe a Mary en su casa de manera generosa, se niega a verla y a relacionarse con ella. El hombre ha nacido con un problema en la espalda, por lo que ha sido maltratado desde pequeño. Pasa un tiempo de felicidad en su vida, cuando se casa con una joven bella y amable, pero esta muere y el señor Craven se sumerge en una tremenda depresión. Al morir, la mujer estaba embarazada y logran salvar a su hijo, Colin, pero Archibald lo mantiene constantemente en cama y aislado por miedo a que se enferme. Además, ha decidido cerrar el jardín de su esposa y ha hecho enterrar la llave. Al final de la historia, sin embargo, vuelve a sentirse vivo y se reconecta con su hijo, ahora fortalecido y sano.
Lilias Craven
Es la esposa de Archibald y la madre de Colin. Ha muerto hace diez años por un accidente en el jardín, que era su lugar favorito. Se dice que era muy hermosa y amable. Al fallecer, estaba embarazada de Colin y logran salvar al niño. La narración repite varias veces que, de alguna manera, la mujer sigue viva en el jardín, como si el lugar y las plantas mantuvieran vivo su espíritu. Es por eso que el jardín es mágico para los niños, y por eso se sienten tan a gusto estando allí.
Colin Craven
Es el hijo de Archibald Craven y el primo de Mary. Es un niño malhumorado y malcriado. Su madre muere cuando él era todavía un bebé, y el padre teme que se enferme y muera. El señor Craven evita relacionarse con su hijo porque le recuerda a la mujer. Por eso lo crían aislado, encerrado en su habitación. Nunca sale de la cama y, aunque tiene diez años, no sabe caminar. El niño está convencido de que puede morir en cualquier momento y de que tiene muchas enfermedades graves. Sin embargo, desde que Mary conoce a Colin, lo acompaña para que atraviese una transformación similar a la suya: poco a poco, le indica que debe cambiar su actitud y tratar mejor a los demás. A su vez, gracias a la ayuda de Mary y Dickon, Colin sale de la cama, comienza a entrenar y a comer mejor y se convierte en un chico saludable.
El doctor Craven
Es un primo de Archibald Craven que, como es médico, cuida de la salud de Colin. Se trata de un hombre con una actitud confusa. Por un lado, varias veces la narración afirma que este hombre espera heredar las propiedades de su primo y por eso desea que Colin muera. Por el otro, sin embargo, se dice que no está dispuesto a comprometer la salud del chico.
