La flor púrpura transcurre en Enugu, una ciudad de la Nigeria poscolonial, y es narrada por su protagonista, Kambili Achike. Kambili vive con su hermano mayor, Jaja (Chukwuku Achike), un adolescente que, como su hermana, sobresale en la escuela, pero es reservado e introvertido. El padre de Kambili, Eugene Achike, es un hombre autoritario cuya estricta adhesión al catolicismo eclipsa su amor paterno. Castiga a su esposa, Beatrice Achike (un personaje que es llamado "madre" durante toda la novela), y a sus hijos cuando no cumplen con sus estándares, que son inalcanzables.
La novela comienza el Domingo de Ramos. Durante la misa, Jaja se niega a recibir la comunión y, de regreso a su casa, el padre le lanza su pesado misal. El libro golpea un estante que contiene las amadas figuras de porcelana de su esposa, que caen al piso y se hacen añicos. Este acto desafiante y la violencia resultante marcan el comienzo del fin de la familia Achike. Kambili luego explica los eventos que llevaron al Domingo de Ramos y detalla cómo se gestan en ellos los cambios que los empujan a la rebelión contra su padre.
Eugene Achike es una figura prominente en Enugu. Es propietario de varias fábricas y publica el periódico prodemocrático el Standard. Es elogiado por el sacerdote de su capellanía, el padre Benedict, y su editor, Ade Coker, por todas las obras de caridad que realiza. Su periódico, además, publica artículos que critican la desenfrenada corrupción gubernamental. Dado que el Standard dice la verdad, tanto Ade Coker como Eugene están bajo constante presión por parte del Jefe de Estado, el líder militar que asume la presidencia tras un golpe de Estado. Cuando arrestan a Ade Coker, la valentía y la posición de Eugene en su comunidad ayudan a liberarlo.
Kambili es una niña tranquila y extremadamente tímida. Cuando intenta hablar, a menudo tartamudea o tiene un ataque de tos. La rígida vida a la que la somete su padre la deja muda. Cada día, sigue un horario en el que solo tiene tiempo para estudiar, comer, dormir, orar y sentarse con su familia. Kambili es una buena estudiante, pero las chicas de la escuela asumen que es una snob porque no socializa y siempre corre directamente al coche de su padre después de clase. Cuando Kambili ocupa el segundo lugar en el trimestre, su padre le dice que debe sobresalir porque Dios espera más de ella, y la castiga con violencia. Kambili no es una snob, es una chica sometida a muchísima presión que no puede desarrollar su propia identidad porque está siempre aterrorizada de lo que su padre puede hacerle.
En Navidad, la familia regresa al pueblo ancestral del padre, Abba, donde realiza una fiesta para toda la umunna, es decir, la comunidad a la que pertenecen. Eugene también es célebre por su generosidad en Abba. Sin embargo, no permite que sus hijos visiten a su propio padre, Papa-Nnukwu, durante más de quince minutos cada Navidad, ya que es un pagano que no se ha convertido al catolicismo y sostiene las tradiciones de su pueblo igbo. Cuando tía Ifeoma viene de visita desde la ciudad universitaria de Nsukka, ella discute con Eugene por el trato que le profesa a Papa-Nnukwu, pero Eugen se muestra inflexible al respecto. Tía Ifeoma invita a Kambili y Jaja a visitarlos para que puedan ir en peregrinación a Aokpe, un lugar donde se aparece la Virgen María, y Eugene acepta a regañadientes.
Nsukka es un mundo totalmente diferente a la realidad que conocen Kambili y Jaja. La Universidad sufre escasez de combustible, paros salariales, huelgas en clínicas médicas, apagones y aumento de los precios de los alimentos. Tía Ifeoma, viuda de su marido Ifedora, cría con éxito a sus tres hijos, Amaka, Obiora y Chima, con lo poco que tiene. Sin embargo, su familia es feliz. A diferencia del padre de Kambili, la tía Ifeoma anima a sus hijos a cuestionar la autoridad, criándolos con fe pero también con pensamiento crítico y curiosidad intelectual. Amaka y Kambili son chicas muy diferentes. Amaka, como los compañeros de clase de Kambili, asume que su prima es una esnob privilegiada, ya que no sabe cómo contribuir en las tareas del hogar. Como respuesta a las agresiones de su prima, Kambili solo atina a guardar silencio. Jaja, en cambio, florece. Sigue el ejemplo de su primo menor, Obiora, y comienza a dar sus primeros pasos hacia la adultez. En Nsukka ayuda a su familia, cuida el jardín y hasta mata y despluma un pollo. Kambili comienza a abrirse cuando conoce al padre Amadi, un sacerdote amable y solidario nacido en Nigeria que la anima a decir lo que piensa. A través del Padre Amadi, Kambili aprende que es posible pensar por uno mismo y, sin embargo, ser devoto. Incluso comienza a encontrar su voz y a hablar con Amaka hasta generar un vínculo con ella.
En Nsukka, Kambili y Jaja aprenden a ser más tolerantes. Cuando Papa-Nnukwu se enferma, tía Ifeoma lo lleva a su departamento. Kambili y Jaja deciden no decirle nada a su padre, puesto que este los castigaría por compartir el techo con un pagano. Kambili es testigo del ritual matutino de inocencia de su abuelo, en el que da gracias a sus dioses y proclama sus buenas obras. Ella ve la belleza en este ritual y comienza a comprender que la diferencia entre ella y Papa-Nnukwu no es tan grande. Cuando su padre se entera de que Kambili y Jaja han pasado tiempo con su abuelo, se los lleva a casa. Amaka le da una pintura de Papa-Nnukwu para llevársela a Enugu. El padre castiga a sus hijos vertiéndoles agua caliente sobre los pies por caminar hacia el pecado.
La presión aumenta sobre Eugene. Los soldados arrestan a Ade Coker nuevamente y lo torturan. También allanan las oficinas del Standard y cierran sus fábricas por violaciones al código de salud. Poco después, el gobierno asesina a Ade Coker con una carta bomba. Las tensiones también aumentan en el hogar. Kambili y Jaja se consuelan con la pintura de Papa-Nnukwu. Sin embargo, su padre los atrapa mientras la contemplan y castiga a Kambili tan severamente que termina en estado crítico en el hospital. Cuando está lo suficientemente bien como para ser liberada, Kambili se instala en Nsukka en lugar de su casa. Su enamoramiento por el padre Amadi se intensifica y comienza a salir más de su caparazón, aprendiendo a reír y a cantar en igbo junto a sus primos y al cura. Sin embargo, tía Ifeoma es despedida de la Universidad y decide mudarse a los Estados Unidos en busca de mejores oportunidades. Kambili está confundida, no sabe qué hará sin el refugio que le brindan su tía y sus primos. Amaka tampoco quiere ir a Estados Unidos porque sus raíces están en Nigeria.
La madre llega repentinamente a Nsukka y sale cojeando de un taxi. Su marido la ha vuelto a golpear, provocando otro aborto espontáneo. Aunque tanto Kambili como Jaja han visto que esto sucedió antes, esta vez es diferente. Tía Ifeoma la insta a que no regrese a Enugu, pero la madre no le hace caso y se lleva a sus hijos con ella. La semana siguiente es Domingo de Ramos, cuando Jaja se niega a ir a la iglesia. En la semana entre el Domingo de Ramos y Pascua, Jaja se vuelve cada vez más desafiante. Finalmente exige que él y Kambili pasen la Pascua con sus primos. Debilitado por un aparente caso de estrés, el padre les permite ir a Nsukka. Unos días después, la madre llama y les da la noticia de la muerte del padre. Cuando la madre regresó a Enugu desde Nsukka, comenzó a envenenar el té de su marido. Jaja asume la culpa del crimen y va a la cárcel.
El capítulo final del libro tiene lugar casi tres años después de la muerte de Eugene. Kambili y su madre visitan a un endurecido Jaja en prisión. El joven ha enfrentado severos castigos y condiciones miserables a lo largo de su condena. Sin embargo, ahora que el liderazgo en Nigeria está cambiando nuevamente, sus abogados confían en que Jaja será liberado a la semana siguiente. Aunque el joven ha aprendido a no esperar un resultado favorable para su condena, Kambili está encantada y llena de ilusiones sobre el futuro. Tanto ella como su madre sueñan que llevarán a Jaja a Estados Unidos para visitar a la tía Ifeoma, y que juntos plantarán naranjos en Abba y los hibiscos púrpuras volverán a florecer.
