Livre cinquième : La descente
Un mystérieux étranger arrive dans la ville de Montreuil-sur-mer. Il révolutionne l'industrie de verroterie locale et fait fortune. Il fait don de la majorité de son argent à des œuvres caritatives et crée des hôpitaux et des écoles. Lors de sa première nuit au village, il se précipite dans un immeuble en feu pour sauver deux enfants qui s'avèrent être les fils du chef de la police, si bien que personne ne lui demande ses papiers d'identité. Il se fait appeler Monsieur Madeleine, mais il s’agit en réalité de Jean Valjean.
Charitable, il propose des emplois et de l’argent aux pauvres dans tout le quartier. On lui offre un poste de maire en raison de sa grande richesse et de ses services. Il n’accepte que lorsqu'une vieille femme lui confie tout le bien qu'il peut faire en occupant un tel poste.
Tout le monde n’accepte cependant pas sa présence. Il est poursuivi par Javert, un officier de police qui pense que Madeleine n'est pas celui qu’il prétend. Javert, né en prison, a une conception étroite de la justice. Il ne croit pas que quiconque soit capable de s'amender. Il n'est pas tout à fait certain de reconnaître Valjean mais il le surveille de près. Un jour, un vieil homme nommé Fauchelevent est pris au piège lorsque sa charrette renverse. Monsieur Madeleine se précipite pour le sauver. Javert n’a jamais vu qu'une personne avec la force nécessaire pour soulever une charrette : un forçat du bagne de Toulon du nom de Jean Valjean. Javert devient de plus en plus certain de la véritable identité du maire.
Fantine revient en ville et trouve un travail dans une usine appartenant à Monsieur Madeleine. Elle doit envoyer la majeure partie de son salaire aux Thénardiers en échange de la garde de Cosette. Une femme finit cependant par découvrir la fille illégitime de Fantine. En l’apprenant, les Thénardiers demandent plus d’argent à Fantine, qui est rapidement licenciée. Elle devient alors raccommodeuse de chemises et est obligée de vendre tous ses meubles. Elle ne mange et ne dort presque plus. Les Thénardiers demandent encore plus d’argent pour acheter des médicaments pour Cosette. Fantine vend ses longs cheveux blonds pour en obtenir mais les Thénardiers dépensent l'argent à d'autres fins. Fantine finit par vendre plusieurs de ses dents – elles sont arrachées par un dentiste ambulant pour être transformées en dentier.
Les Thénardiers exigent cent francs pour la garde de Cosette et Fantine décide de se prostituer. Elle souffre terriblement. Une nuit, un jeune homme l’agresse et enfonce de la neige dans sa robe. Fantine se jette sur lui, lui griffe le visage et crie. Javert arrête Fantine et la traîne jusqu’au poste de police. Elle implore sa pitié et lui explique sa situation. Javert reste impassible et la condamne à six mois de prison. Fantine pleure de désespoir.
À ce moment-là, Monsieur Madeleine entre dans la maison. Fantine, désespérée et confuse, lui hurle qu’il est responsable de sa situation actuelle et lui crache au visage. Madeleine essuie calmement sa salive et dit à Javert, stupéfait, qu'elle doit être libérée. Javert proteste mais Madeleine utilise son pouvoir de maire pour la libérer. Fantine, stupéfaite, raconte sa vie à Monsieur Madeleine. Il lui promet de lui fournir une rente pour lui permettre de vivre avec sa fille. Fantine s'évanouit.
Livre sixième : Javert
Fantine est emmenée à l'infirmerie ; elle a développé une toux terrible suite à son agression et a une forte fièvre. Une religieuse bienveillante, Sœur Simplice, s'occupe d'elle. Monsieur Madeleine la surveille régulièrement. Il envoie de l’argent aux Thénardier pour qu’ils amènent Cosette rendre visite à sa mère, mais ceux-ci se contentent d'empocher l'argent.
Le lendemain, Javert rencontre Monsieur Madeleine et lui explique qu’il démissionne. Javert explique qu'il a informé les autorités que Monsieur Madeleine est en réalité Jean Valjean déguisé ; il a ensuite appris que Valjean avait été récemment arrêté à Arras. Javert est horrifié par sa prétendue erreur. Madeleine (qui, comme le lecteur le sait, est vraiment Jean Valjean) est stupéfait de cette nouvelle et demande plus d'informations sur l’arrestation. Javert explique qu'un homme nommé Champmathieu a été arrêté pour avoir volé des pommes. Champmathieu ressemble fortement à Jean Valjean : ils ont le même âge, viennent de la même ville natale et portent des noms similaires (le nom de jeune fille de la mère de Valjean était Mathieu). Un policier a témoigné que Champmathieu était Valjean.
Livre septième : L'affaire Champmathieu
Madeleine/Valjean fait face à un dilemme terrible. Si Champmathieu est un ancien détenu, il sera encore plus sévèrement condamné car il sera jugé en état de récidive. Toutefois, Valjean est enfin devenu une personne respectée et respectable, alors que Champmathieu, quant à lui, a bel et bien commis une infraction.
Cependant, si Valjean se tait, un innocent sera condamné à sa place. Valjean/Madeleine ne veut pas que quelqu'un d'autre souffre à sa place. Il réfléchit jusqu'à tard dans la nuit. Il sait que s'il se rend, ses œuvres de charité seront abandonnées. Fantine ne retrouvera jamais sa fille. Il ne peut toutefois pas continuer à vivre en sachant que sa liberté repose sur la condamnation d'un homme innocent. Une voix mystérieuse le pousse à faire ce qu'il sait être juste.
Après un court sommeil troublé par des rêves inquiétants, Valjean monte dans un carrosse qui l'emmène à Arras au procès de Champmathieu. Valjean est soulagé lorsqu'un essieu de sa voiture se brise – peut-être est-ce un signe de Dieu. Cet espoir est anéanti lorsqu'un jeune garçon arrive pour lui dire qu'une autre voiture est disponible.
De retour à Montreuil-sur-mer, la fièvre de Fantine s'aggrave. Elle délire et appelle Monsieur Madeleine et son enfant. Sœur Simplice lui dit que Monsieur Madeleine est sorti de la ville ; Fantine s’apaise, pensant qu'il va retrouver sa fille.
Monsieur Madeleine arrive au palais de justice à temps. Il est frappé par sa ressemblance avec Champmathieu. Champmathieu tente en vain de plaider son innocence, mais son discours approximatif et sa confusion ne lui valent pas la sympathie du jury. Ses codétenus attestent qu'il s'agit bien de Jean Valjean, un dangereux récidiviste.
Au moment où le juge s'apprête à prononcer la sentence, Madeleine/Valjean se lève et proclame sa véritable identité. Le juge demande immédiatement si un médecin est présent pour raccompagner l'estimé maire chez lui, car il semble être profondément confus. Cependant, Valjean plaide sa cause de manière convaincante et mentionne des détails sur ses compagnons de détention que seul lui connaît. Le jury est stupéfait. Personne n'arrête Valjean lorsqu'il sort de la salle d'audience mais Champmathieu est acquitté et libéré.
Chapitre huitième : Contre-coup
A son retour à Montreuil-sur-mer, Valjean se rend à l'hôpital pour rendre visite à Fantine et découvre que ses cheveux sont devenus complètement blancs. Il apprend que Fantine est extrêmement malade et qu'elle ne vit que dans l'attente de revoir sa fille. Fantine s'éveille brièvement de son sommeil fiévreux pour demander des nouvelles de sa fille. Valjean lui ment en lui disant que Cosette est là et qu’elle doit reprendre un peu de forces avant de pouvoir la voir. Fantine est heureuse à l’idée des retrouvailles prochaines avec sa fille. Valjean et Fantine sont alors surpris par l'apparition soudaine de Javert.
Javert a reçu l'ordre d'emmener Monsieur Madeleine en garde à vue. Javert pense ainsi commettre un acte juste qui contribuera à lutter contre la criminalité. Jean Valjean supplie Javert de lui donner trois jours pour récupérer l'enfant de Fantine, après quoi il se soumettra volontairement à l'arrestation. Fantine pousse un cri de protestation lorsque Javert refuse. Javert s'en prend à elle en expliquant que Monsieur Madeleine est en réalité un forçat. Fantine meurt sous le choc de cette révélation.
Javert emmène Valjean à la prison locale mais celui-ci s’évade et retourne dans son ancienne maison. Il remet une note à Sœur Simplice, la religieuse qui s'est occupée de Fantine, lui expliquant qu'il a mis de côté des fonds pour l'enterrement.
Javert monte les escaliers, intrigué par la lumière dans l'ancienne chambre de Valjean. Valjean se cache et Sœur Simplice confronte l'officier de police. Javert lui demande si elle a vu un prisonnier évadé, un homme nommé Jean Valjean. Sœur Simplice (qui n'a jamais menti de sa vie, quelle que soit la situation) répond qu'elle est seule dans la pièce et qu'elle n'a pas vu Valjean. Javert disparaît et Valjean s'en va à travers les bois.
Analyse
Pour débuter sa nouvelle vie à Montreuil-sur-mer, Valjean adopte le nom d'une pénitente célèbre, Marie-Madeleine, longtemps considérée comme une prostituée qui aurait abandonné sa vie de péché pour devenir l'une des plus fidèles disciples de Jésus. De la même manière, Valjean met de côté sa vie passée d'ancien détenu pour devenir un homme respecté qui répand la charité partout. Cette nouvelle vie n'aurait pas été possible sans un accident fortuit (le sauvetage par Valjean des enfants du chef de la police) et l'occultation permanente de sa véritable identité.
Valjean doit décider de révéler son identité et de mettre fin à sa nouvelle vie lorsqu'il apprend que Champmathieu a été confondu avec lui. Valjean réfléchit longtemps à sa décision. Les raisons pour lesquelles il souhaite se taire ne sont pas toutes égoïstes – il a peur que Montreuil-sur-mer retombe dans la pauvreté en son absence et craint que Fantine ne retrouve jamais sa fille. Il finit par témoigner pour Champmathieu, tout en espérant sans cesse que le hasard l'empêchera de le faire.
Fantine incarne les plus grandes souffrances liées à la pauvreté. Elle perd progressivement tout ce qui lui est cher : sa vie parisienne, son amant, sa fille, ses belles dents et ses beaux cheveux, sa dignité, sa vie. Hugo est critique du choix de Fantine de se prostituer mais souligne que la véritable faute incombe à la société qui prive les femmes d'un emploi honnête. Hugo soutient que la prostitution est le produit de la pauvreté et du capitalisme.
Cette section présente également au lecteur le personnage de Javert, principal antagoniste du roman. Javert est un parangon de justice, mais il est antipathique ; il n'a aucun sens de la pitié, comme le montre sa promptitude à punir Fantine. Sa conception rigide du bien et du mal le rend caricatural.