“La cautiva” tiene lugar en una zona de frontera, al sur de la ciudad de Buenos Aires, a principios del siglo XIX. La historia se centra en una pareja de criollos que son tomados como cautivos por una tribu de indios, pero que luego escapan e intentan volver a su lugar de origen.
Al principio del poema se describe el paisaje del desierto, que es el ambiente donde las acciones están situadas. Este ambiente es una llanura amplia y desolada, delimitada por la cordillera de los Andes al oeste y el mar al este.
Al caer la noche, aparece en el desierto una tribu de indios, cabalgando velozmente de vuelta de los poblados criollos. Ellos realizaron un malón allí, es decir, atacaron un pueblo, robaron caballos y yeguas, y secuestraron mujeres y niños. Para festejar el éxito del malón, los indios celebran un banquete. Prenden hogueras para calentarse y para cocinar. Algunos degüellan una yegua y beben la sangre que sale a borbotones de su cuello. Luego de comer, comienzan a beber alcohol. Los indios se emborrachan y empiezan a atacarse entre ellos. En eso, aparece Brián, uno de los cautivos criollos, que logra matar a varios de los indios durante la pelea, pero cae de su caballo herido por un golpe de boleadoras. Las mujeres de los indios lloran a los muertos y las cautivas están horrorizadas por lo que ha sucedido. A continuación, la tribu se acuesta a descansar entre los muertos y los restos del festín.
Poco tiempo después, antes de que se haga de día, una sombra se incorpora entre los cuerpos que están acostados en el suelo. Es María, una de las cautivas, que logra liberarse usando un puñal. En silencio y con mucho cuidado para que nadie la note, busca a Brián, su marido, entre la muchedumbre. Lo encuentra atado de pies y manos, malherido. Lo libera de las ataduras con el puñal, él despierta y la reconoce. Ella le propone huir juntos del cautiverio. Brián no está muy seguro de que podrán volver a casa, pues está muy débil de salud y no confía en que puedan atravesar el desierto a pie. Finalmente ella lo convence y escapan.
Una vez que María y Brián se van del campamento de los indios, una tropa de soldados sorprende a la tribu que todavía dormía. Los soldados asesinan a todos los indios y liberan a los cautivos.
Se hace de día y la pareja se esconde en un pajonal, para refugiarse del sol y de los indios que salgan a buscarlos. Brián cada vez está más debilitado pero María está muy motivada y confía en que saldrán adelante. Ella encuentra un arroyo, moja a Brián y él vuelve en sí. Brián le sugiere que siga ella sola, pero María le dice que si él muere, ella también moriría.
Anochece y el estado de salud de Brián empeora. Se les acerca un tigre y María lo mata con el puñal para defenderse. Al día siguiente, comienza un incendio o “quemazón” en la llanura. El viento aviva las llamas y el incendio se va extendiendo hacia donde están María y Brián. Él ya no puede moverse, entonces María lo levanta en brazos, con una fuerza extraordinaria. Ella se tira al arroyo y lo cruza a nado, avanzando con un brazo y sosteniendo a flote a su marido con el otro. Logran llegar a la otra orilla a salvo. Finalmente el fuego va disminuyendo en intensidad y se extingue totalmente al llegar al agua, dejando un camino de destrucción.
Brián está muy afiebrado y herido. Se da cuenta de que su muerte es inevitable y está cerca. María va perdiendo su esperanza a medida que pasan los días. En los momentos de espera y tranquilidad, tiene malos presentimientos sobre el futuro. Teje a mano un techo de juncos para proteger a Brián del sol. De repente, aparece un tigre cerca de ellos. María toma su puñal y protege a su marido interponiéndose entre él y el tigre. Finalmente, el animal no los ataca, como compadeciéndose de la situación de la pareja, y se echa a nadar en el arroyo.
Luego del sobresalto, María se desmaya de cansancio y Brián vuelve en sí. Él pronuncia un largo monólogo en el que recuerda sus épocas de soldado, expresa que no hay que confiar en los indios porque son ladrones y traicioneros, y dice que no teme a la muerte. Solamente le hubiera gustado morir con el honor de ser un héroe de guerra. También lamenta dejar sola a María, pero le da confianza para que siga camino y sea fuerte por su hijo. Finalmente, él muere y ella lo entierra en el pajonal.
María continúa su escape por la llanura, vagando sin rumbo durante días. Se encuentra con un grupo de soldados, que habían sido compañeros de Brián. Ella les pregunta si saben dónde está su hijo. Uno de ellos le responde que los indios lo han degollado. Al escuchar esto, ella cae muerta instantáneamente. Los soldados le celebran un funeral y entierran su cuerpo en el desierto. Sobre su tumba, hay una cruz y un ombú. Cuando pasan por el lugar, los cautivos rezan en memoria de la heroica María, cuya historia se hizo famosa. Los indios, en cambio, evitan pasar por allí porque creen que el fantasma de Brián ronda el lugar. Los habitantes de la zona cuentan que por las noches se pueden ver dos luces que aparecen y erran por la llanura. Se cree que son los espíritus de María y Brián.
