La muerte
Desde el comienzo, se hace evidente que la muerte es una presencia constante en esta novela. De hecho, las figuras humanas que ocupan el pueblo ya en las primeras líneas del "Acto preparatorio" son las mujeres enlutadas, es decir, mujeres vestidas de negro para expresar que están en proceso de duelo.
El mismo texto inicial determina que este es un "pueblo de ánimas" (22), es decir, de fantasmas, como si todos sus habitantes estuvieran muertos, y muchas veces se hace mención al cementerio, un lugar destacado del pueblo. Por otra parte, en el lugar se le da mucha importancia a la Semana Santa, que conmemora la muerte de Jesús, y casi no se le presta atención a la Navidad, cuando se recuerda su nacimiento.
Finalmente, muchos personajes mueren a lo largo de la narración, entre los que se destacan Micaela y Timoteo Limón, asesinados por Damián, pero también Anastasia y Martinita, que mueren por enfermedades, o Lucas Macías, que muere de anciano.
La religión
La religión, y específicamente el catolicismo, es un tema central de Al filo del agua. Las dinámicas sociales, culturales y afectivas del pueblo están determinadas por los mandamientos y las costumbres católicas, puestos en práctica de manera extremadamente rigurosa. Así, por ejemplo, el único espacio de reunión es la iglesia, y los pocos momentos de celebración colectiva son los festejos religiosos. El cura y los sacerdotes son las máximas autoridades del pueblo, gobernado por ellos mismos más que por los políticos. Los sacerdotes controlan el pueblo, entre otras cosas, mediante la confesión, ya que así se enteran de todo lo que ocurre en el lugar.
El catolicismo en el lugar es tan poderoso que los habitantes han internalizado el pensamiento religioso de modo obsesivo y exagerado: viven con miedo constante porque creen que todo lo que hacen o piensan puede llegar a ser un pecado. Incluso la temporalidad está marcada por el catolicismo. Las actividades cotidianas se organizan de acuerdo con los horarios de misa y el calendario religioso organiza el transcurso del año: los días y los meses son identificados a partir de las celebraciones cristianas. Así, por ejemplo, durante la Semana Santa nadie trabaja y todos se dedican exclusivamente a las actividades de la iglesia, mientras que en noviembre se visita el cementerio por ser el mes de los muertos.
La novela plantea una visión negativa de la religión católica tal como es vivida en este pueblo. Las costumbres son conservadoras y rígidas, e impiden el desarrollo del pensamiento individual de los personajes. Además, los sacerdotes tienden a defender métodos crueles, como la flagelación, y reprimen la sexualidad, la alegría y la creatividad, imponiendo sufrimiento y sensación de ahogo en el pueblo.
El temor vs. el deseo
Los habitantes del pueblo viven atemorizados, mortificados por una sensación de miedo constante. Esto se debe a que han internalizado el pensamiento católico rígido impuesto por el cura Martínez y todo el tiempo temen pensar o actuar de manera pecaminosa, lo cual los llevaría a recibir alguna forma de castigo divino. Ahora bien, el miedo se produce casi siempre como reacción ante el deseo que, a pesar de todo, los personajes no pueden dejar de sentir.
Estos deseos se relacionan, sobre todo, con la sexualidad y el erotismo. Por ejemplo, Timoteo Limón, en la primera secuencia de la novela, tiene la fantasía de casarse con una mujer más joven y de inmediato siente temor de ser castigado por tener malos pensamientos. El conflicto interno por sentir temor y deseo al mismo tiempo lo lleva a rezar y decide hacer los ejercicios espirituales para purificarse. Del mismo modo, cuando Merceditas recibe una carta de Julián, siente miedo porque cree que interactuar de ese modo con un varón es pecado, pero al mismo tiempo siente deseo y no puede dejar de pensar en el muchacho. Esto la lleva a pasar la noche sin dormir, tan afiebrada que la madre cree que está enferma.
La hipocresía
La hipocresía es otro gran tema de esta novela. Esto se debe a que, al desplegarse, la historia revela que en realidad los personajes aparentan llevar vidas acordes a los estrictos mandamientos católicos pero, en realidad, cometen pecados constantemente. Por ejemplo, casi todos los hombres casados frecuentan el barrio de las prostitutas. Además, durante el velorio de Anastasia queda clara la falsedad general de la gente del pueblo, ya que todos tienen pensamientos maliciosos sobre la muerta y su familia, pero fingen y se muestran amables y cariñosos, elogiando sin parar las virtudes de los Limón.
Dos personajes destacados tienen una conciencia aguda de la condición hipócrita del pueblo. Uno es el Padre Reyes, quien está convencido de que la rigidez no es un buen método de dirección espiritual porque lleva a las personas a conectarse con Dios a partir del miedo y no del amor. Así, el sacerdote afirma que la religiosidad acaba por ser precaria, falsa e hipócrita. El otro es el norteño anónimo (que podría ser Damián) que habla con un sacerdote, también anónimo, en el capítulo "Los Norteños". El hombre afirma: "No, padrecito, yo creo que el mal está en el abuso y hay más peligro cuando todo se hace a escondidas, con hipocresía; porque no me vaya a decir que los hombres dejan de ser hombres y de sentir que les corre la sangre, no más porque de fuera se hacen los moscas muertas; ni menos todavía las hembras" (152). En otras palabras, este norteño da cuenta de que los habitantes del pueblo fingen obedecer el recato sexual impuesto por la iglesia, pero en realidad no lo cumplen.
El punto más drástico de la hipocresía con respecto a lo sexual está sugerido brevemente en relación con dos sacerdotes. En el capítulo "El Día de la Santa Cruz" se menciona que el cura Martínez es el padre biológico de Gabriel, y en "El Padre Director" se recuerda la historia de una mujer que acusa al Padre Islas de haberla dejado embarazada. Si bien la novela no profundiza en estas cuestiones, se trata de un punto muy fuerte, ya que los sacerdotes católicos deben ser célibes y, justamente, estos dos hombres se muestran muy estrictos con respecto a la sexualidad en general.
La tradición vs. el progreso
Toda la novela está atravesada por un debate en torno a dos posturas contrapuestas: la defensa de la tradición, por un lado, y el estímulo del progreso, por el otro. Esta discusión tiene lugar en sintonía con el período histórico que se retrata: la etapa previa a la Revolución mexicana. El pueblo y sus habitantes representan los valores tradicionales, tienen costumbres antiguas y están fuertemente sometidos a la doctrina católica, que procura mantener una rutina repetitiva, ajena a los cambios. Tanto para los sacerdotes como para los fieles, resultan amenazantes todos los elementos que proponen cualquier alteración de los hábitos, o una modernización general. Así, desconfían de la política liberal y se espantan ante la idea de que llegue la Revolución. El pueblo es hermético porque está cerrado a la posibilidad de que existan otras ideas y otros modos de vida. En la misma línea, los habitantes suelen desconfiar de aquellos que vienen de afuera. En general, quienes defienden el progreso han tenido alguna experiencia afuera del pueblo. El caso más claro de ello son los norteños, que se han mudado a Estados Unidos y creen que es necesario modernizar las costumbres locales.
La pérdida
Al filo del agua narra muchas secuencias que derivan en alguna forma de la pérdida. En primer lugar, muchos personajes pierden a seres queridos. Algunos ejemplos son Timoteo Limón, que pierde a su esposa Anastasia y también ha perdido a su hija Rosalía; Pedrito, que pierde a su madre, Martina, e Inocencio y Lola Rodríguez, que pierden a su hija Micaela. En segundo lugar, también son múltiples los personajes que pierden su hogar y su lugar de pertenencia en el pueblo. En general, se trata de personajes que asumen perspectivas críticas con respecto a las costumbres rígidas del lugar, como Damián Limón, Gabriel y María. Sin embargo, también se destaca el desarraigo de Alfredo Pérez, padre de Luis, que debe abandonar el pueblo para trabajar y poder pagar los tratamientos médicos de su hijo. El hombre se siente completamente devastado por tener que dejar el hogar donde han vivido varias generaciones de su familia, y donde él mismo y su hijo han nacido.
El encierro
El encierro es otro gran tema de Al filo del agua. De hecho, los personajes viven como prisioneros de este pueblo que es cerrado, hermético. Esto no se debe a que tenga rejas o una muralla física, sino que las tradiciones son tan fuertes y estrictas que, para los habitantes, solo es posible salir del lugar si comienzan a actuar y pensar diferente. Además, hay una tendencia general a mantenerse adentro de las casas. Por ejemplo, Marta y María siempre están en el curato. Por orden de los sacerdotes, las calles casi siempre están vacías y las casas tienen las puertas y ventanas cerradas.
Por otra parte, el encierro aparece como un modo de corregir los comportamientos de muchos personajes. Merceditas Toledo piensa en irse a vivir a un convento de clausura para evitar caer en la tentación de desear a Julián; Luis Gonzaga es encerrado en un manicomio cuando pierde la cordura; Damián es encarcelado tras asesinar a Timoteo y Micaela. El encierro como solución a los problemas está incluso ritualizado en el lugar: cada año, para purificar las almas antes de la Semana Santa, los habitantes pasan una semana encerrados en la Casa de Ejercicios Espirituales.
