En la noche del 4 de mayo de 1840, seis hombres, liderados por Juan Merlo, traman una fuga de Buenos Aires para unirse al ejército del general Lavalle en resistencia al gobierno de Rosas. Sin embargo, su plan se ve frustrado cuando, al llegar al Bajo, descubren que Merlo les ha hecho una emboscada. En un violento enfrentamiento contra los hombres de Rosas, Riglos, Lynch, Maisson y Oliden caen muertos. Eduardo Belgrano logra resistir hasta que aparece Daniel Bello, su amigo, quien salva a Eduardo y lo lleva herido hasta la casa de su prima, Amalia Sáenz de Olavarrieta. Aquella mujer acepta cuidar y proteger a Eduardo con la ayuda de sus criados de confianza, Pedro, Luisa y Teresa.
Daniel redacta una carta a sus aliados en el exterior para dar aviso de la emboscada y también otras misivas para personas del gobierno federal, pretendiendo ser uno de ellos con el fin de averiguar qué es lo que ellos saben. Paralelamente, se revela la complicada situación política de Rosas, que enfrenta las sublevaciones de algunas provincias y el bloqueo francés aliado con el gobierno de la República Oriental del Uruguay. Aquella noche, Rosas está en su residencia junto con su hija, Manuela Rosas, a la que humilla con el Padre Vaguá, un mulato bufón. Llega el comandante Cuitiño con la noticia de la muerte de los hombres que intentaron unirse a Lavalle y la fuga de uno de ellos. Rosas empieza a maquinar estrategias para descubrir la identidad del fugitivo, mostrándose autoritario y sanguinario.
En el amanecer del 5 de mayo, Buenos Aires se sume en un silencio ominoso, marcado por un velo lúgubre que anuncia el terror que se cierne sobre las familias porteñas. Al mediodía, Florencia Dupasquier, enamorada de Daniel, se dirige a la casa de María Josefa Ezcurra, cuñada de Rosas. Con astucia, Florencia obtiene información sobre la estrategia de María Josefa para descubrir al fugitivo de la noche anterior, de quien sabe que tiene una herida en el muslo izquierdo. Inadvertidamente, Florencia cae en la trampa de los celos cuando María Josefa insinúa una posible infidelidad de Daniel con su prima Amalia.
La narración retrocede a las 9 de la mañana, cuando Daniel recibe en su casa a Doña Marcelina, a quien involucra en sus planes conspirativos. Después hace pasar a Don Cándido Rodríguez, su maestro de primeras letras, quien le revela sus temores de ser víctima de la furia popular y le cuenta sobre la sublevación de La Madrid contra Rosas. Daniel protege a Don Cándido al hacerlo secretario del ministro de relaciones exteriores, Don Felipe Arana. Cuando va a visitar a Florencia, Daniel se entera de los planes de María Josefa y logra reconciliarse con su amada aplacando sus celos. Posteriormente, lo vemos en la reunión de la Sociedad Popular Restauradora, colaborando en el discurso de su presidente, Salomón, y arengando a los federales para que se peleen entre ellos.
En la segunda parte de la novela, se describe a Amalia Sáenz de Olavarrieta como una joven viuda de 22 años cuya belleza se compara con la de su provincia natal, Tucumán. Amalia es una mujer supersticiosa porque ha vivido siempre cerca de la desgracia. La encontramos la mañana del 24 de mayo junto su criada, Luisa, que le pregunta sobre un baile que tendrá aquella noche, al que Amalia preferiría no asistir. Unos días antes, Daniel y Don Cándido entran en el prostíbulo de Doña Marcelina, en el que Daniel le pide a su maestro que realice un plano de los alrededores. De improviso, se topan en la oscuridad con el cura Gaete, de quien logran escapar sin revelar su identidad. Luego Daniel instruye a Don Cándido para que anote un número y una dirección en un papel, sin explicar de qué se trata. La narración vuelve al 24 de mayo para mostrarnos a Eduardo confesando su amor a Amalia. Ella también está enamorada, pero un horrible presentimiento sobre una posible desgracia no la deja tranquila.
Amalia y Florencia llegan al baile dedicado a Rosas y a su hija. Allí se ve a los federales incómodos con la vestimenta y los protocolos de un ritual que les es ajeno, y a las damas unitarias, despreciando a las esposas de sus rivales federales. Amalia conversa con una unitaria intransigente que le advierte de la mirada acosadora de Mariño, el redactor de la Gazeta Mercantil, periódico oficial de la Federación.
Mientras esto sucede, Daniel y Eduardo se reúnen clandestinamente con otros jóvenes en la casa de Doña Marcelina. Allí, Daniel aboga por la asociación y por la resistencia interna contra Rosas, por oposición a la idea de exiliarse. Cuando termina la reunión, Daniel se alista y va al encuentro de su amada y su prima en el baile. Amalia es presentada ante Manuela Rosas y luego conoce a sus dos tías, Agustina y Mercedes. En la cena, Daniel participa en los brindis en honor a Rosas, ganándose la admiración de los federales. De regreso a Barracas, el coche de Amalia es intercedido por Mariño, que solicita acompañarla. Desde dentro del coche y sin mostrarse, Eduardo le pide que se retire y lo mismo hace Amalia. Mariño se va ofendido.
En la tercera parte, Daniel Bello llega a Montevideo para entrevistarse con el cónsul francés Martigny. Allí también se encuentra con dos unitarios exiliados, Varela y Agüero, y se desilusiona al ver que ellos están convencidos de que Lavalle ha salido victorioso en la batalla de Sauce Grande, cuando en realidad fue derrotado. También se desengaña al conocer que el presidente del Estado Oriental, Rivera, no quiere apoyar a Lavalle, y que el gobierno francés no se va a involucrar en el ataque. A pesar de esto, Daniel insiste en la necesidad de que Lavalle realice un ataque rápido a Buenos Aires, donde se concentra todo el poder de Rosas.
La narración se desplaza a la casa de Doña María Josefa Ezcurra, cuñada de Rosas, quien recopila información sobre la casa de Barracas, donde sospecha que se esconde el que escapó de la emboscada del 4 de mayo. Una joven negra que trabaja en la pulpería cercana a la casa de Barracas asegura haber visto a un hombre que rengueaba paseando con la dueña de casa en su jardín.
Son los últimos días de julio, tiempo en el que Eduardo y Amalia han consolidado su amor. Un día en que Daniel, Florencia, su madre, Eduardo y Amalia se encuentran reunidos en Barracas, reciben la visita inesperada de Agustina Rosas y María Josefa Ezcurra. La siniestra cuñada de Rosas se sienta cerca de Eduardo y se apoya en su muslo izquierdo para levantarse, provocando que Eduardo lance un grito de dolor. En ese momento, todos se dan cuenta de que Ezcurra ha confirmado sus sospechas de que Eduardo es el hombre que escapó la noche del 4 de mayo. Cuando María Josefa se va, Daniel decide esconder a Eduardo en la casa de Don Cándido. Ese mismo día Amalia recibe una visita de la Mazorca, comandada por Cuitiño. Daniel llega a tiempo para dar crédito de pertenecer a la Sociedad Popular y despistar a Cuitiño, asegurando que Ezcurra está equivocada y que no es Eduardo el hombre al que busca.
Al día siguiente, Rosas hace y deshace órdenes para la organización militar en la campaña. Recibe a Mandeville y lo presiona para tener lista una ballenera para exiliarse en el caso de ser derrotado. Llega María Josefa Ezcurra y le cuenta lo que se ha descubierto en la casa de Barracas. El mismo día Daniel va a visitar a Eduardo a la casa de Don Cándido. Su maestro de primeras letras no quiere que Eduardo se esconda en su casa, pero Daniel lo convence de que ayudar a un unitario lo pondrá en buenos términos con Lavalle cuando este ingrese a la ciudad.
Amalia recibe la visita de la policía en su casa. Victorica, el jefe de policía, no encuentra rastros del fugitivo, pero sospecha de Amalia al ver tantos colores unitarios en la casa. Mariño, que está presente durante la pesquisa, quiere convencer a Amalia de que él la puede proteger, pero la joven rechaza sus pretensiones. Mariño se enfurece y le dice a Victorica que también tienen que vigilar a Daniel. Este intenta llegar a Barracas antes que la policía, pero no lo consigue. Más tarde visita a Florencia y se entera de que por allí también pasó Victorica. Cuando sale de la casa de su amada, se topa con el cura Gaete, que reconoce la voz de quien lo asaltó en el prostíbulo de Marcelina.
En el comienzo de la parte cuarta, vemos que la casa de Barracas es vigilada por Mariño, pero Amalia ya no se encuentra allí. Mientras Rosas se prepara para enfrentar a Lavalle en el campamento de Santos Lugares, Arana ocupa el cargo de gobernador delegado. Daniel lo visita junto con Mandeville y logra insinuar lo que el cónsul inglés debe hacer sin levantar las sospechas de Arana. El gobernador delegado recibe también la visita de Victorica, en la que se refiere a la casa de Barracas y a las sospechas que caen sobre Daniel, pero Arana confía y responde por él. Después llega el cura Gaete que le cuenta del ataque que sufrió en la casa de Doña Marcelina y cuando reconoce la voz de Don Cándido le dice a Arana que el maestro también estaba aquella noche. Arana desestima el relato diciendo que Gaete padece sonambulismo.
Don Cándido va a visitar a unas monjas que tienen cartas de buenos deseos para Rosas. Al salir del convento se cruza con Doña Marcelina, que le advierte del plan del cura Gaete de perseguirlos a los dos y asesinarlos. Desesperado, Don Cándido hace un intento ridículo por exiliarse yendo a pie por el río hasta una ballenera. Cuando es detenido, finge que fue a ver si había gente escondida en el fondo del barco.
En la residencia de Rosas, Manuelita recibe a gente de todos los estratos del federalismo. Allí se encuentran María Josefa Ezcurra y Cuitiño, a quien la cuñada de Rosas acusa de no haber hecho lo suficiente por atrapar al unitario fugitivo. Daniel llega al salón y se sienta junto a Manuelita para hablar con ella sin que los oigan los demás. La hija de Rosas admite que le desagrada toda la gente que está allí, a la que solo le interesa darse valimiento federal frente a sus ojos. Daniel le habla de Amalia y de las calumnias que ha recibido en el último tiempo. Manuela se conmueve y accede a escribir una carta para impedir que ingrese a la casa de Amalia sin autorización del gobernador.
Don Cándido le cuenta a Daniel sobre los planes del cura Gaete de perseguirlos y asesinarlos. A Daniel se le ocurre un plan para impedir que esto ocurra: va con Don Cándido hasta lo de Marcelina mientras el cura se encuentra allí durmiendo la siesta. Lo atan a la cama y le hablan fingiendo que son dos espíritus que han venido a condenar su alma al infierno. Así provocan que el cura padezca una brusca conmoción que le hace perder la cabeza.
Amalia se ha instalado en una casa antigua y solitaria en los Olivos, de camino a San Isidro, que se conoce como la Casa Sola. Una noche Eduardo va a visitarla y la encuentra mirando la luna al pie de una barranca. Los enamorados intercambian expresiones de afecto, pero el sonido de un trueno despierta en Amalia pensamientos funestos. Daniel llega a la casa para llevarse de nuevo a Eduardo a la ciudad. Están por salir cuando oyen un grito de Amalia desde otra habitación: ha visto a Mariño espiando desde la ventana. Daniel cree que Mariño lo ha seguido desde la ciudad. Más tarde aquella noche, Daniel acompaña al general Mansilla en su inspección de los cuarteles que están en guardia por la llegada de Lavalle. Allí se cruza con Mariño, a quien logra despistar insinuando que estuvo toda la noche con Mansilla, así Mariño se confunde pensando que tal vez siguió a otra persona hasta la casa en los Olivos.
El 1 de septiembre de 1840, Buenos Aires está sumida en un clima oscuro y hostil. La Mazorca intensifica sus ataques, pegando con brea la divisa punzó en las mujeres y cortando la barba de los hombres que no siguen el estilo federal. Mientras tanto, en Santos Lugares, Juan Manuel de Rosas se muestra errante en su estrategia militar contra el Ejército Libertador de Lavalle. Una lista de clasificaciones muestra cómo tiene apuntado a quiénes son unitarios y quiénes federales. En casa de Rosas, Victorica le cuenta a Manuela las sospechas de María Josefa sobre Daniel, pero ella insiste en que Daniel es de confiar. Ezcurra decide relevar a Cuitiño por Santa Coloma en la persecución.
Don Cándido Rodríguez confronta a Daniel Bello por involucrarlo en sus conspiraciones, pero este le da a entender que le conviene seguir ayudándolo. Daniel está preocupado de que la atención de los unitarios esté puesta en las provincias y que se demore el ataque a Buenos Aires. Recibe a Mr. Douglas para coordinar la partida de Madama Dupasquier y de Florencia, que se exiliarán en Montevideo. El día de la partida, todos van a los Olivos para custodiar el embarque. Florencia y su madre suben al barco junto con Daniel, que las acompaña por un tramo. De camino a la Casa Sola, Eduardo y Amalia oyen unos disparos que se dirigen a la ballenera, pero que no la alcanzan por la distancia. Después de que ingresan a la casa, oyen el ruido de unos jinetes. Pedro y Eduardo se alistan para luchar. Cuando están por tirar la puerta abajo, Luisa recuerda la carta de Manuela Rosas. Amalia se la presenta a Santa Coloma y consigue que la partida se retire.
El 6 de septiembre, un día después del incidente en la Casa Sola, Daniel y Eduardo se reúnen con 10 hombres en un galpón. Daniel comunica que Lavalle ha emprendido la retirada y que con esa decisión se ha perdido la causa por la que han peleado. Ahora es tiempo de emigrar y luchar desde el exterior. Rosas no se demora en reforzar su victoria, dejando que la Mazorca confisque las propiedades de los unitarios y haciendo correr sangre por la ciudad.
Daniel busca asilo para Eduardo, y finalmente lo consigue en la casa del cónsul estadounidense, Mr. Slade. Cuitiño le comunica que la Mazorca sabe que en el consulado se esconden muchos unitarios, pero Daniel lo convence de esperar para realizar el ataque. La llegada de Mackau a Montevideo da indicios de que pronto habrá un pacto entre Francia y Buenos Aires y que será más seguro emigrar. Eduardo se irá cuanto antes, pero no partirá sin antes verse casado con Amalia. Ella se exiliará 15 días después, cuando se haya firmado el pacto Mackau-Arana.
La noche del 5 de octubre Amalia está vestida con un traje especial para su boda. Desde las 6 de la tarde, cada vez que oye dar la hora el reloj, Amalia es sacudida por un horrible presentimiento. Llegan Daniel y Eduardo con un sacerdote para hacer la ceremonia en menos de diez minutos. Los enamorados disfrutan un momento juntos mientras Daniel sale para terminar de coordinar el escape de Eduardo, que será aquella noche.
Daniel regresa a las 10 de la noche, justo cuando suena el reloj y Amalia se estremece una vez más. Los tres conversan gratamente cuando de repente oyen un grito desesperado de Luisa: la Mazorca ha entrado a la casa. Daniel, Eduardo y Pedro luchan contra los invasores. Amalia intenta proteger a Eduardo, pero este recibe una herida de muerte. En ese momento llega el padre de Daniel, que pone fin al enfrentamiento por orden del Restaurador. Daniel le pide que salve a Amalia y fallece en sus brazos.
En el epílogo, vemos que en la casa de Barracas solo han quedado los cuerpos de Pedro y de tres miembros de la Mazorca. Don Cándido es forzado a salir del consulado tras la muerte de Mr. Slade. Doña Marcelina le pide matrimonio a Don Cándido, pero este la rechaza horrorizado.
