La injusticia social
El tema que más importante presencia tiene en Diarios de motocicleta es el de la injusticia social. Al recorrer Latinoamérica, a Ernesto y Alberto se les hace difícil encontrar tierras donde la injusta distribución de la riqueza no condene a la gran mayoría de la población a la miseria y la pobreza.
Viajando sin dinero ni (luego de abandonar la motocicleta) medio de transporte, los hombres coinciden en muchos momentos con personas de clase baja, cuya vida cotidiana en muy parecida a la situación de excepcional carencia en la que se sostienen Ernesto y Alberto en este período. Así, pasan noches junto a mineros que son explotados a costa de su salud sin llevarse a sus casas más que el pan de cada día, maestros que son echados de sus trabajos a causa de sus reclamos salariales, señoras gravemente enfermas a las que ninguna medicina puede ayudar, puesto que su mala salud es producto de una pobreza que las obligó a trabajar demasiado. Poco a poco, el narrador de los Diarios irá reflexionando acerca de estas situaciones, entendiendo que no se trata de casos particulares sino de un sistema social que se basa en la explotación de muchos para el beneficio de pocos.
Libertad vs. comodidad
Lo que motiva en un primer momento el viaje de los jóvenes es su sed de aventura y libertad, una libertad que en los Diarios aparece contrapuesta a la comodidad. Con su viaje, Ernesto procura abandonar, de alguna manera, las comodidades de la vida burguesa, para arrojarse a la aventura, a una libertad despojada de todo confort tal como antes lo conocía. Se establece a su vez una relación entre la libertad y la naturaleza: Ernesto se despide con esfuerzo de su novia, una muchacha que de algún modo lo "ata" a esa vida civilizada y burguesa, y lo único que logra separarlo de esos brazos es lo que él considera un llamado del mar. Así, los jóvenes se libran a una aventura que implicará pasar hambre, frío, noches de dormir a la intemperie y sin abrigos. Habrá momentos en que Ernesto se preguntará si lo que hacen vale la pena, y su confidente, la naturaleza, responderá rápidamente que sí.
Las diferencias culturales
Los jóvenes argentinos se cruzan en su camino con personas de culturas muy distintas, por lo que el tema de las diferencias culturales atraviesa varios pasajes de los Diarios. En más de una ocasión, Ernesto y Alberto tiene problemas para hacerse entender frente a aymaras o collas que no hablan casi el castellano, a la vez que se les hace difícil comprender ciertos rituales de personas pertenecientes a pueblos originarios. Los jóvenes también se sorprenden al ver las diferentes formas del trato en cada cultura: en Bolivia, Alberto defiende a una mujer aymara frente a la sorpresa de unos policías, en cuya cultura no es natural tratar a los nativos como personas.
El colonialismo
En los pasajes de los Diarios que tienen lugar en Bolivia y en Perú, Guevara es sorprendido por las consecuencias del colonialismo en esas tierras, por lo que este se convierte en un tema de reflexión en los escritos.
La conquista española iniciada en el siglo XVI en Latinoamérica destruyó las civilizaciones preexistentes, imponiendo por fuerza su propia cultura y expropiando las riquezas de la zona, a la vez que explotando a sus habitantes. En el presente en que Guevara escribe, accede a las consecuencias de este proceso, que siguen siendo visibles a pesar de que los países se han independizado: los descendientes de pueblos originarios tienen un lugar muy bajo en la sociedad, son discriminados y, temerosos y avergonzados, se limitan a vivir subordinados a los descendientes de europeos, cuyo criterio rige el entramado civil.
El imperialismo
A lo largo de todo el viaje, pero fundamentalmente durante su estadía en Chile, Ernesto se adentra en las visibles consecuencias del imperialismo en Latinoamérica. En Chuquicamata, por ejemplo, los obreros trabajan en la mina a costa de su salud y generan, por un salario demasiado bajo, millones de dólares de ganancias a la compañía norteamericana que los explota. En los Diarios se ofrecen reflexiones sobre esta temática, en tanto pareciera que muchos de los problemas económicos de los países latinoamericanos tiene que ver con una relación de dependencia desigual que los países más desarrollados establecen con los del llamado Tercer Mundo.
Guevara levantará toda su vida una bandera antiimperialista que encuentra su raíz precisamente en esta injusta relación económica y política que Estados Unidos y otros países imperialistas establecen con los países del Tercer Mundo, como, por ejemplo, los latinoamericanos. Aprovechando su fuerte capital económico y su poder político, los países del Primer Mundo históricamente se abocaron a explotar el suelo, los recursos y a las personas en países menos poderosos. Generalmente, en estos países la pobreza es demasiado avasallante como para que sus líderes políticos puedan rechazar fácilmente el capital extranjero, por más injusto que sea el contrato ofrecido. Así, el resultante es la extensión de la autoridad y el control de un Estado extranjero sobre las tierras latinoamericanas: los negociados, muchas veces basados en la explotación, repercuten en la economía del país de manera tal que acaba dominándola, poniendo en riesgo así la soberanía política y económica del país latinoamericano.
La salud
Un tema que aparece en los Diarios es el de la salud. Por un lado, el protagonista y su amigo son profesionales de la salud, con especial conocimiento sobre la lepra, enfermedad que les interesa, también, debido a la problemática social que representaba a mitad del siglo pasado: producto de la falta de información sobre el tema, las sociedades solían discriminar profundamente a los enfermos de lepra, obligándolos a aislarse como condenados a cadena perpetua. Ernesto y Alberto visitan un leprocomio y conviven con los pacientes durante quince días brindando sus servicios médicos, a la vez que intentan colaborar combatiendo el prejuicio contra los leprosos.
Por otra parte, la salud también aparece como un problema para el joven Ernesto, quien padece sucesivos ataques asmáticos. En más de una ocasión, el joven termina hospitalizado a causa de su condición.
Por último, es importante mencionar que el tema de la salud no se encuentra escindido en los Diarios del tema de la injusticia social: Guevara padece su impotencia, en más de una ocasión, al enfrentarse a pacientes que se enfermaron mortalmente debido a una condición de pobreza que los obligó a trabajar sin descanso, aun a costa de su propia salud.
El comunismo
Durante la gran mayoría de los pasajes de los Diarios, el comunismo es un tema que solo aparece con convencimiento en la boca de personajes que los jóvenes se cruzan en su camino, y no aún como una doctrina a la que Ernesto adhiere. Una pareja de obreros mineros comunistas conmueve al protagonista, pero menos por la doctrina que profesan que por el intento por encontrar en una militancia una mínima esperanza por la cual vivir. Este hombre también le cuenta a Ernesto las consecuencias de manifestar sus convicciones: sus compañeros desaparecieron, él no consigue ningún trabajo, es perseguido contantemente y condenado a trabajar en condiciones aún peores que las usuales para poder comer.
Recién en el último pasaje de los Diarios de motocicleta Ernesto se posiciona con firmeza en términos políticos, asegurando que, cuando llegue el momento, él luchará por la revolución comunista que libere de una vez al proletariado del mundo.
