Emma Bovary
Madame Bovary es la protagonista de la novela. Educada en un convento y criada en el campo, Emma se casa muy joven con Carlos Bovary. A lo largo de su vida, Emma se nutre de historias y lecturas que alimentan su imaginación y sus sueños. A partir de ello, fantasea con una vida romántica, sofisticada y apasionada, cayendo a menudo en el aburrimiento extremo y la depresión ante la vida que lleva. Emma tiene una hija, Berta, pero no tiene ningún instinto maternal y deja que la niña sea criada por sus sirvientas.
Emma oscila, a lo largo de la novela, entre el deseo desenfrenado de que su vida sea grandiosa y el remordimiento por menospreciar su vida real. Un ocasional sentimiento de culpa o los recuerdos de su sencilla infancia y de su bondadoso padre hacen que Emma, en contadas ocasiones, se replantee su vida. Emma se vuelve religiosa y resuelve convertirse en una mejor esposa y madre, pero estas etapas también son generalmente breves. Su profundo deseo de pasión y extravagancia llevan a Emma al adulterio. Tiene aventuras con Rodolfo y con León y, en paralelo, en la ilusión de mejorar su estatus social, contrae enormes deudas con los bienes de su marido. Cuando se da cuenta de que no puede escapar de su falta de honradez y de sus problemas financieros, Emma se suicida; prefiere la muerte antes que aceptar la realidad de la vida que lleva.
Carlos Bovary
Carlos es el esposo de Emma, y un médico rural con poco talento, incapaz de realizar operaciones difíciles, lo cual irrita mucho a su esposa. A lo largo de la novela, Carlos se caracteriza por su pasividad, lo que lo lleva a quedar sometido por las distintas mujeres de su vida: su madre, su primera esposa, Eloísa, y Emma.
Ciego a la infelicidad y las infidelidades de Emma, Carlos la ama y la cuida ciegamente, creyendo que es la esposa perfecta, pero sin llegar jamás a comprenderla. Cautivado por ella, no detecta sus mal disimuladas aventuras adúlteras, ni siquiera cuando todos a su alrededor las notan. Su ingenuidad también queda expuesta cuando Emma comienza a hacer estragos con sus finanzas, sin que él se entere. Las deudas de Emma comienzan a acumularse, y Carlos, lejos de prevenirlo, le otorga un poder sobre todas sus propiedades, lo que acaba provocando la ruina financiera de la familia.
Recién cuando Emma se suicida, Carlos descubre su infidelidad y muere desilusionado y solo.
León
Es un abogado que vive Yonville y que, avanzada la novela, se convierte en el segundo amante de Emma.
León y Emma comparten una visión romántica del mundo. Aunque se enamora de ella, León se traslada a París para terminar sus estudios en Derecho, en parte porque cree que no puede tener a Emma mientras esté casada. Cuando Emma se encuentra a León en Ruán, por casualidad, él ha adquirido en la ciudad mayor sofisticación y seguridad, y se muestra más firme en sus deseos. El narrador lo retrata como torpe y orgulloso, pero Emma lo ve como un hombre cosmopolita y moderno. Atraída por este concepto de sofisticación urbana, Emma comienza el romance. Al principio son felices, pero finalmente se aburren el uno del otro. Además, León se cansa de la obsesión con la que Emma encara la relación. Cuando ella acude a él pidiéndole dinero para pagar sus deudas, León no puede ayudarla y pone excusas mientras se aleja de ella. Tras la muerte de Emma, León no tarda en casarse.
Rodolfo Boulanger
Rodolfo es un hombre rico que vive en un castillo, cerca de Yonville. Rodolfo es extremadamente egoísta, narcisista y manipulador, pero imposta una personalidad romántica y sensible, con el fin de lograr sus objetivos de seducción. Ha tenido muchas amantes y considera a Emma como una conquista más, pero le hace creer que ella es especial, para lograr el encuentro sexual. Planea cuidadosamente su seducción a Emma, prodigando falsas palabras de romance y amor. Pero luego de saciar su deseo, y harto de la disposición cada vez más exigente y obsesiva de Emma, termina abandonándola, el día en que Emma creía que iban a fugarse.
Madame Bovary, la mayor
Es la madre de Carlos Bovary. Es una mujer amargada y mandona que controla la vida de su hijo, lo insta a dedicarse a la medicina y desaprueba su matrimonio con Emma. Ve la falta de honradez de Emma, pero intenta sin éxito obligar a Carlos a rectificar la conducta de su mujer, a supervisar sus lecturas y sus tendencias imaginativas, y a controlar los gastos que ella hace.
A diferencia de Carlos, que ignora las aventuras de Emma y las deudas que ella contrae, la madre de Carlos descubre los secretos de Emma.
Berta
Es la hija de Emma y de Carlos. Es criada por el servicio doméstico de los Bovary, dado que Emma, ocupada con sus ensoñaciones, no le presta atención.
Berta queda huérfana luego de que Emma se suicida y de que Carlos muere sorpresivamente, y se ve obligada a vivir con una tía pobre y a trabajar desde chica en una fábrica de algodón.
Lheureux
Es un comerciante y prestamista de Yonville. Lheureux lleva a Emma a un grave endeudamiento manipulando el deseo incontenible de la mujer al lujo y los excesos. Con actitud calculadora, tienta a Emma y a otros clientes con lujos que no pueden permitirse, y luego aparece exigiendo el pago. Ante la dificultad para pagar que tienen sus clientes, el hombre les ofrece un préstamo, como si se tratara de un favor, pero se abusa de los intereses y, finalmente, los lleva a la ruina financiera. En el caso de Emma, el alto endeudamiento y la deshonestidad que Lheureux termina revelando llevan a la mujer a suicidarse.
Hipólito
Es un sirviente de la posada de Yonville. Debido a una deformidad que tiene en un pie, accede a someterse a una operación quirúrgica ejecutada por Carlos Bovary, que trágicamente le hace perder la pierna.
Bournisien
Es el cura del pueblo de Yonville. A menudo discute con Homais sobre el valor de la religión. Aunque es religioso, Bournisien no parece comprender realmente los problemas espirituales profundos, como lo demuestra su incapacidad para comprender la petición de ayuda de Emma. En su figura, Flaubert despliega una crítica a la superficialidad que hay en la religión burguesa, más preocupada por cuestiones materiales o cotidianas que por la espiritualidad.
Rouault
Es el padre de Emma, un sencillo y amable agricultor dedicado a su hija y a la memoria de su primera esposa.
Binet
Es el recaudador de Yonville. Emma recurre a él para pedirle dinero para pagar sus deudas, incluso le sugiere la posibilidad de brindarle favores sexuales a cambio, pero el hombre la rechaza.
Guillaumin
Es el primer empleador de León y un exitoso abogado de Yonville. Cuando Emma está desesperada por obtener ayuda financiera y busca su ayuda, él le pide favores sexuales a cambio. En respuesta, Emma abandona su casa enfadada.
Justino
Es el asistente del farmacéutico Homais. Es un chico joven e impresionable, que se enamora profundamente de Emma. Al intentar complacerla, sometiéndose a sus órdenes, es quien la ayuda a buscar el arsénico con el que ella acaba suicidándose. Tras la muerte de Emma, Justino se ve afectado por la culpa, la vergüenza y la tristeza, y no es capaz de presenciar el funeral.
Homais
Es el farmacéutico de Yonville, dueño de la botica en la que se guarda el arsénico con el que Emma se quita la vida. Es un hombre burgués y engreído, que ayuda a Carlos a establecerse como médico del pueblo. A lo largo de la novela, Homais hace largos comentarios sobre temas diversos, simplemente porque disfruta de oírse a sí mismo. Preocupado por el ascenso económico y por alcanzar el renombre, propone a Carlos que ensaye una operación difícil e imprudente con Hipólito, que si sale bien podría garantizarle la fama.
En su figura, la novela construye una crítica a las pretensiones y los valores burguesas, aquellos que Flaubert consideraba repugnantes y que su protagonista, Emma, repudia por aburridos.
Larivière
Es un médico exitoso de Ruán que es llamado para tratar a Emma después de que ella toma el arsénico. Larivière es muy competente en su labor y contrasta por eso fuertemente con la mediocridad de Carlos y de Homais.
Madame Lefrançois
Es la patrona de la posada El León de Oro en Yonville, viuda del señor Lefrançois.
Canivet
Es un médico de renombre que asiste a Hipólito luego de que la operación que le hace Carlos fracasa.
Rollet
Es la nodriza que cuida a Berta.
Vincart
Es el cobrador que va a pedirle a Emma que pague su deuda con Lheureux.