Le passage à l'âge adulte
Anne Frank a écrit son journal pendant son adolescence. Elle raconte des problèmes typiques de cette période : la quête de sa propre identité, sa sexualité naissante, le tout dans un espace clos et sans intimité. Anne se remet continuellement en question et essaie de comprendre quel type de personne elle est. Elle se reproche son égoïsme, s'inquiète du sort de ses amis et s'efforce d'être comme ses parents le souhaiteraient. Vers la fin du Journal, elle arrive à la conclusion que même si elle ne répond pas aux attentes des autres, elle est une personne à part entière qui se respecte et mérite du respect. Ces réflexions font du Journal d'Anne Frank un ouvrage qui s’inscrit dans la tradition des grands romans de passage à l'âge adulte, comme le Portrait de l'artiste en jeune homme de James Joyce et Les Aventures de Huckleberry Finn de Mark Twain.
L’identité
Anne ne cesse de se poser des questions sur le type de personne qu'elle est : que dois-je penser de ceux qui souffrent à l'extérieur ? Suis-je vertueuse ? Suis-je trop égoïste et puérile ? Bien qu'Anne ne trouve pas de réponses faciles à ces questions, elle les utilise pour définir qui elle est et qui elle veut être. La quête d'identité d'Anne et le passage à l'âge adulte sont les thèmes les plus importants du livre.
La conscience juive et l’antisémitisme
Pour Anne, la question de la conscience juive est surtout abordée lors de ses discussions avec Peter Van Daan. Celui-ci dit à Anne qu'une fois la guerre terminée, il a l'intention de garder sa foi secrète. Anne se situe quelque part entre ces deux positions, mais n’accorde pas explicitement beaucoup d'importance à son héritage juif. Elle s’interroge à plusieurs reprises contre l'antisémitisme qui a contraint sa famille à se cacher et dénonce sa violence et son absurdité. Certains critiques affirment que la persistance de l’antisémitisme actuel aurait limité l’impact du Journal si Anne avait accordé une plus grande place au judaïsme dans le livre.
La vertu
Tout au long du livre, Anne est confrontée à la question de la vertu. Ses parents veulent qu'elle imite sa sœur Margot, silencieuse et effacée. Anne admire son père, qui sait s’affirmer et qu’elle trouve exigeant et juste. Lorsqu’Anne décide de suivre le modèle de son père, qu’elle considère comme un modèle de vertu, ses sentiments pour Peter Van Daan s’estompent.
La guerre
Bien qu'Anne prétende mépriser la politique, elle ne peut s'empêcher de s'intéresser à la guerre, qui influence le destin de sa famille. Dans l’Annexe, les adultes parlent constamment de la guerre et de leurs perspectives d’avenir. Tout au long du journal, la phrase " après la guerre… ” apparaît, traduisant l’espoir et les vies en suspens des résidents de l'Annexe. Vers la fin du journal, lorsque les Alliés commencent à remporter quelques batailles, Anne documente chaque affrontement – ce qui reflète l’excitation qu’elle éprouve à l'idée de quitter l'Annexe pour de bon.
Le devoir
Tous les membres de l'Annexe sont confrontés à la notion de devoir : envers son pays, envers ses amis et, surtout, envers les autres habitants cachés. La vie à l'Annexe est une série de petites querelles dont beaucoup sont liées à des sentiments conflictuels de devoir des uns envers les autres. Anne s'efforce d'être obéissante et de s'entendre avec tous les habitants de l'Annexe.
La culpabilité
Tout comme l'expression " après la guerre ”, l'expression “ ceux de l'extérieur ” apparaît à de nombreuses reprises. Tous les résidents de l'Annexe se sentent coupables d'avoir laissé derrière eux des proches qui ont subi les persécutions des nazis. Certains d'entre eux, comme Mme Van Daan, tentent de refouler ces sentiments de souffrance et de culpabilité. D'autres, comme Anne, reconnaissent ces émotions mais s'efforcent de rester optimistes. La gestion de la culpabilité des habitants est intimement liée à leur peur d’être arrêtés et déportés.