El paraíso perdido comienza en el lago ardiente del Infierno, donde Satán y su ejército de ángeles caídos yacen encadenados. Satán y su segundo al mando, Belcebú, se levantan del lago y llaman a los demás a que se unan a ellos. La música suena y las banderas ondean mientras el ejército rebelde se pone en formación, atormentado y derrotado, pero aún fiel a su general. Construyen un gran y terrible templo, erigido sobre la cima de un volcán, y allí Satán convoca un consejo para decidir cuál será su próximo paso.
Los ángeles caídos dan distintas sugerencias. Finalmente, Belcebú propone trasladar la batalla a un nuevo campo de combate: un lugar llamado Tierra, donde, se rumorea, Dios ha creado un nuevo ser llamado “Hombre”. Esta criatura no posee el poder de los ángeles, pero es la predilecta de Dios. Belcebú sugiere vengarse de Dios corrompiendo a ese ser y atrayéndolo hacia su bando. Satán se ofrece a explorar por sí mismo ese nuevo mundo y averiguar más sobre el Hombre, para así lograr su perdición. Su ejército acepta unánimemente, golpeando sus espadas como señal de aprobación.
Satán parte hacia las puertas del Infierno, custodiadas por su hija Pecado y su horrible hijo Muerte. El Pecado accede a abrirle las puertas a su creador y violador, sabiendo que lo seguirá y dominará con él en cualquier reino que conquiste. Satán atraviesa entonces el Caos y llega finalmente a la Tierra, que está conectada al Cielo por una cadena dorada.
Dios observa todo esto y le muestra el viaje de Satán a su Hijo. Le dice que, en efecto, Satán corromperá a su creación más amada. Su Hijo se ofrece a sacrificarse como mortal para devolver al Hombre a la gracia divina. Dios acepta, y anuncia que su Hijo nacerá de una virgen. Luego lo consagra como rey de los hombres, hijo de Dios y del género humano.
Mientras tanto, Satán se disfraza de un hermoso querubín para engañar al ángel Uriel, guardián de la Tierra. Uriel, admirado de que un ángel haya bajado desde el Cielo para contemplar la creación divina, le señala el Jardín del Edén. Satán entra en el jardín y queda maravillado por su belleza y por la de Adán y Eva. Por un momento, lamenta su caída, pero pronto ese sentimiento se transforma en odio.
Uriel se da cuenta del engaño y le avisa al ángel Gabriel, quien encuentra a Satán en el jardín y lo expulsa. Viendo cómo se desarrollan los hechos, Dios envía al ángel Rafael para advertirles a Adán y Eva sobre Satán. Rafael desciende al Edén y es recibido para cenar con la pareja. Durante la cena, Rafael le narra a Adán la historia de la rebelión en el Cielo. Explica que el primer pecado de Satán fue el orgullo: no quiso inclinarse ante el Hijo de Dios. Como uno de los ángeles de mayor jerarquía, no comprendía por qué debía hacerlo. Convocó un consejo y convenció a muchos ángeles de menor rango de luchar contra Dios.
Siguió entonces una batalla cósmica entre las fuerzas del Mal y del Bien, que duró tres días. El primer día, el ejército de Satán fue repelido por los arcángeles Miguel y Gabriel. El segundo día, los rebeldes ganaron terreno al fabricar artillería y dispararla contra las fuerzas del Bien. Pero el tercer día, el Hijo de Dios enfrentó él solo al ejército enemigo, que huyó y cayó a través de una grieta en el Cielo, precipitándose al Infierno.
Rafael explica que por eso Dios creó al Hombre: para ocupar el lugar vacío que los ángeles caídos habían dejado en el Cielo. Luego cuenta cómo Dios creó el universo en siete días. Adán recuerda el momento de su creación, y también que le pidió a Dios una compañera, por lo que este creó a Eva. Después de esta conversación, Rafael se despide.
A la mañana siguiente, Eva se pone a trabajar separada de Adán. Satán, en forma de serpiente, la encuentra sola y comienza a halagarla. Ella le pregunta cómo ha aprendido a hablar y él le muestra el Árbol de la Ciencia. Eva sabe que Dios les prohibió comer de aquel árbol, pero Satán la convence de que esa prohibición solo existe porque Dios sabe que los convertirá en dioses. Eva come el fruto del árbol y luego decide compartirlo con Adán.
Adán, dolido por la desobediencia de Eva, no soporta la idea de perderla y también come el fruto. En ambos se despierta su deseo carnal y, tras consumarlo, sienten vergüenza: ahora conocen el Bien y el Mal, y por lo tanto pueden elegir el segundo. Pasan la tarde culpándose el uno al otro por la caída.
Dios envía a su Hijo a juzgar a las dos criaturas desobedientes. El Hijo condena a Eva –y a todas las mujeres– al dolor del parto y a la sumisión al Hombre. A Adán lo condena a una vida de trabajo y fatiga para obtener alimento de la Tierra. Por último, condena a la serpiente a arrastrarse por siempre sobre su vientre, enemistada con los hijos de Eva.
Satán, mientras tanto, regresa triunfante al Infierno. En el camino se encuentra con Pecado y Muerte, que han construido un puente entre el Infierno y la Tierra para dominar a la humanidad. Pero, al llegar, Satán descubre que sus seguidores no lo aclaman, sino que sisean. Pronto comprende la razón: todos los ángeles caídos se están transformando en monstruos y reptiles espantosos. El propio Satán se convierte en una serpiente.
Tras culparse entre sí, Adán y Eva finalmente le dirigen unas plegarias a Dios y piden perdón. Dios los escucha y, junto a su Hijo, decide no abandonar por completo a la humanidad en manos de Pecado, Muerte y Satán. Resuelve que enviará a su Hijo como Hombre para sacrificarse y derrotar así a la trinidad del Mal.
El arcángel Miguel es enviado para escoltar a Adán y Eva fuera del Edén. Antes de hacerlo, le revela a Adán el futuro de la humanidad (que es la historia del pueblo judío narrada en el Antiguo Testamento): una sucesión de caídas y redenciones, desde Caín y Abel hasta el Diluvio y el exilio de Babilonia.
Adán agradece saber que el Hijo de Dios vendrá a reparar lo que él y Eva han hecho. Toma la mano de su compañera mientras ambos son guiados fuera del Edén.