El libro comienza en St. Petersburgo, Missouri, un pequeño pueblo a orillas del río Mississippi a mediados de 1800. Tom, un niño travieso, se esconde de su tía Polly, mientras roba jamón de la despensa. Cuando es atrapado, escapa y se va nadar en vez de ir a la escuela.
Al día siguiente, la tía Polly lo castiga por faltar a clases ordenándole que blanquee toda su cerca. Tom en cambio convence a los demás niños en la ciudad que el blanqueo es divertido y hace que hagan todo el trabajo por él. La Tía Polly le permite salir y se va a jugar con su amigo Joe. Los dos niños tienen una gran imaginación y un gusto por meterse en problemas. En su camino de vuelta a casa luego de jugar, Tom ve una bella niña y se enamora de ella.
Ese domingo, toda la familia debe ir a la iglesia. En la escuela dominical, Tom intercambia con los otros niños vales con los que se puede ganar una Biblia gratis. Para ganar realmente la Biblia, los niños deben juntar vales aprendiéndose dos mil versos de la Biblia. El nuevo amor de Tom, Becky Thatcher, llega a la escuela dominical con su padre, un juez. Tom orgullosamente reclama su Biblia delante de todos, pero no puede nombrar a los dos primeros discípulos cuando es interrogado por el juez Thatcher. En la iglesia, se entretiene jugando con un insecto, que muerde un perro y causa un gran alboroto.
En su camino a la escuela el lunes, Tom se topa con Huckleberry Finn, el hijo del borracho del pueblo. Huck no tiene hogar, no sabe leer y vive una vida salvaje. Tom llega tarde a la escuela, y como castigo es obligado a sentarse junto a Becky, de lo cual se alegra. Durante el almuerzo, Tom y Becky se reúnen y Tom la convence de que deben comprometerse y besarse. Ella lo besa, pero Tom deja escapar que él ya ha estado comprometido con otra persona, y ella lo rechaza. Tom se escapa del resto de las clases en la escuela y se reúne con Joe en el bosque para jugar a Robin Hood.
A la medianoche, Tom y Huck ingresan a escondidas al cementerio. Una vez allí, escuchan que se acerca gente y se ocultan. El Dr. Robinson llega con el indio Joe, un criminal, y Muff Potter. Ellos están robando cadáveres de las tumbas. Los hombres discuten. Muff Potter es derribado y queda inconsciente, y el indio Joe asesina al Dr. Robinson, Tom y Huck huyen, temiendo por sus vidas. Cuando despierta Muff Potter, el indio Joe le dice que él, no el indio Joe, asesinó al Doctor.
Tom y Huck, atemorizados, juran no decirle nunca a nadie lo que vieron. Sin embargo, Tom se inquieta por la experiencia y comienza a tener pesadillas. Becky se enferma y él se deprime mucho. Cuando Becky vuelve a la escuela, ella lo rechaza de nuevo y Tom decide huir.
Él convence a Joe y Huck que deben convertirse en piratas, robar una barcaza y navegar a la Isla de Jackson, río abajo de St. Petersburgo. Allí ellos juegan y hablan de lo que van a hacer como piratas. Ven a las personas del pueblo buscándolos en el río, y se dan cuenta de que los habitantes del pueblo creen que se han ahogado. Empiezan a extrañar su casa, pero Tom los convence de que deben permanecer en la isla. Esa noche, sin embargo, él escapa a hurtadillas y regresa a St. Petersburgo.
Tom tiene la intención de dejar una nota a la tía Polly diciendo que ellos están vivos y se encuentran bien. Cuando ingresa sigilosamente a su casa, se esconde y escucha a la tía Polly, la madre de Joe, su hermano Sid, y su prima Mary llorando y hablando de los planes del funeral para los muchachos. Tom espera hasta que la tía Polly se duerme y vuelve a salir sigilosamente, sin dejar la nota.
Después que Tom regresa a la isla, les dice a Joe y Huck de un gran plan que ha ideado. Huck les enseña a fumar, aunque se enferman al hacerlo. Esa noche, hay una terrible tormenta, y los niños pasan la mayor parte de la noche empapándose y tratando de encontrar un lugar en el que refugiarse. El día del funeral, actúan de acuerdo al plan de Tom: regresan al pueblo y se esconden en la galería de la iglesia para observar su propio funeral. En el medio de los funerales, ellos salen de su escondite y todo el pueblo se alegra.
De regreso en la escuela, Tom y Becky siguen enojados. Becky accidentalmente rasga una página en el libro del maestro, pero Tom dice que él lo hizo y recibe el castigo por ella. Ella está agradecida y cesan sus peleas.
La escuela termina con los muchachos jugándole una broma al maestro delante de todo el pueblo. Becky deja la ciudad durante el verano, y Tom está triste y aburrido. Tom contrae sarampión y está enfermo por dos semanas. Un movimiento de avivamiento llega a la ciudad y todo el mundo, incluso Huck, se pone muy religioso por un corto tiempo.
Muy pronto, ello termina, justo a tiempo para que se inicie el juicio de Muff Potter. Tom seguía agobiado con el sentimiento de culpa por dejar que se culpe a Muff Potter por el asesinato del indio Joe. Él va contra su juramento y confiesa lo que sabe al abogado defensor. El testifica en la corte, y liberan a Muff Potter, pero no antes de que el indio Joe escape.
Tom y Huck van en busca de tesoros enterrados. En lugar de ello, encuentran al indio Joe nuevamente. Mientras se esconden de él, descubren que él tiene un gran tesoro. Deciden espiarlo y tratar de robarlo. Becky vuelve a la ciudad, y todos los niños (con excepción de Huck) van a una merienda campestre en la Cueva de McDougal. Mientras exploran, Tom y Becky se extravían y se quedan rezagados.
La misma noche que Tom y Becky se pierden, Huck sigue al indio Joe y a otro hombre a la casa de la viuda Douglas. Él alcanza a oír el plan del indio Joe de causar daño a la viuda Douglas, y corre a la casa del Sr. Jones, el galés, para obtener ayuda. El Sr. Jones y sus hijos persiguen y echan fuera al indio Joe. Al día siguiente, Huck está agotado y se pone muy enfermo. Esa mañana en la iglesia la tía Polly se da cuenta de que Tom y Becky se encuentran desaparecidos, y la ciudad empieza a buscar en los laberintos de la cueva para encontrarlos.
En el interior de la cueva, Tom y Becky dan cuenta de que se han perdido y tratan de encontrar una salida. En un punto, Tom cree que ha encontrado a alguien, pero todo lo que descubre es al indio Joe escondido en la cueva. Después de muchos días, cuando ya habían perdido toda esperanza, Tom ve luz y conduce a Becky al exterior. Los habitantes se alegran mucho cuando regresan. El Juez Thatcher manda sellar la puerta de la cueva. Cuando Tom lo averigua, le dice al juez que el indio Joe está dentro, pero llegan demasiado tarde, el indio Joe ha muerto de hambre.
Después del funeral del indio Joe, Tom se da cuenta que el tesoro está escondido en la cueva. Él y Huck vuelven allá y encuentran el tesoro. Cuando regresan, son llamados a la casa de la viuda Douglas, donde el Sr. Jones les dice a todos que Huck es el que salvó la vida de la viuda. La viuda, muy agradecida, anuncia que va a adoptar a Huck. Tom revela que han encontrado el tesoro del indio Joe. Ahora ambos son ricos.
Huck pasa dificultades viviendo en la casa de la viuda Douglas y se escapa. Tom lo convence para que vuelva y sea parte de una sociedad respetable con la promesa de que van a iniciar una peligrosa banda de ladrones. Huck acepta y retornan al pueblo.
