María propone una organización racial de la sociedad rural colombiana y, además, muestra ciertas ideas relacionadas con la esclavitud. Se trata de dos cuestiones destacadas de la novela que, en principio, no parecen estar en el centro de la historia de amor de los protagonistas. Una parte de la crítica literaria especializada les ha prestado singular atención. Es importante señalar que raza, etnia, religión y nacionalidad se entrecruzan en esta novela.
En primer lugar, es preciso considerar el origen judío de la familia protagónica y su conversión al cristianismo. Esto se ve con particular fuerza en la figura de María. Tanto su madre como su padre son judíos, y su nombre de nacimiento es Esther. La convierten al cristianismo tras quedar huérfana, ya que creen que así tendrá una vida mejor. De ese modo, la novela parece señalar que la religión adecuada en América es el cristianismo. Esa idea se evidencia en los esfuerzos de la joven por demostrar sus creencias católicas, marcadas por la presencia de la Virgen en su vida. Al ofrecerle flores y pedirle favores, la chica se refugia en las creencias católicas para soportar sus desgracias. Sin embargo, a veces Efraín habla de la belleza de María como caracterísitica de "su raza", es decir, del judaísmo. Además, hay personajes que se refieren a ella como "la judía". Entonces, es posible afirmar que la protagonista combina características de las dos religiones en su identidad. Algunos críticos creen que esa doble identidad está relacionada con la "maldición" de María, o sea con su enfermedad y su muerte.
En segundo lugar, la organización racial de la novela genera un contraste entre personajes blancos y negros, es decir, personas de origen africano esclavizadas y llevadas a América. La familia protagónica y otros miembros de la clase privilegiada, dueños de las tierras, son blancos. Mientras tanto, muchos de los trabajadores son negros, morenos o mestizos. Algunos de estos trabajadores son peones y otros, esclavos. Hay personajes negros que son libres, pero trabajan como servidumbre en la casa o en las tierras. Algunos de ellos son niños. Los propios personajes reconocen una relación directa entre la blanquitud y la riqueza:
-¿Quién te ha dicho que no eres blanca? - pregunté a Tránsito-; y blanca como pocas.
La muchacha se puso colorada como una guinda al responderme:
- Las que yo digo son las gentes ricas, las señoras.
(Capítulo XXXI, p. 110)
En relación con esta organización racial y de clase, la novela se encarga de presentar a la familia protagónica como amable, afectuosa y cercana a todos los trabajadores. Los proyecta como "blancos/ricos buenos", sobre todo al padre de Efraín. No obstante, de acuerdo con Enrique Anderson Imbert, "Esa sociedad feudal, feliz, en la que patronos, peones y esclavos conviven sin sordidez, está tan idealizada como los amores de los dos señoritos" (298). Esa idealización puede relacionarse con el carácter de novela nacional de María. Es decir, con su intento de fundar una sociedad nacional basada en los valores rurales de convivencia pacífica y producción agrícolo-ganadera. Se borra el racismo de esa organización. Sin embargo, es indudable que históricamente las relaciones entre patrones y trabajadores no son nunca pacíficas, ya que denotan una desigualdad social. La esclavitud potencia todavía más esa desigualdad y es inverosímil que las personas esclavizadas estuvieran felices por su condición, por más simpático que fuera el patrón. La crítica literaria Doris Sommer asegura que la muerte de María, en realidad, representa la muerte de ese sistema de producción feudal y esclavista.
Aunque la novela se presenta como aparentemente no-histórica, es importante tener en cuenta el contexto para analizar las formas del racismo y la esclavitud planteadas en el texto. Este período del siglo XIX, en Colombia, se caracteriza por las guerras civiles entre liberales y conservadores tras la consolidación de la Independencia. Esto se debe a que diferentes sectores procuran sentar las bases políticas, económicas, sociales y culturales para la organización de la nación. En el aspecto social, están en discusión leyes relacionadas con la esclavitud y la servidumbre; en el aspecto económico, los modos de organizar la producción del país.
Por último, la historia de Nay/Feliciana es fundamental para analizar los temas raciales en la obra. Se trata de una mujer negra nacida en África que el padre de Efraín compra y libera en Jamaica al adoptar a María. El relato de la vida de Nay en África está cargado de lugares comunes sobre ese continente para presentarlo como exótico, distante y extraño. Las obras del romanticismo literario producidas en Europa suelen presentar elementos exóticos. Para hacerlo, muchas veces, aprovechan aspectos del continente americano. Por ejemplo, Chateaubriand aprovecha la descripción del paisaje americano para mostrar una naturaleza exótica. Tal como señala Anderson Imbert, Isaacs describe ese paisaje desde una conciencia americana y, por lo tanto, no es exótica para su punto de vista. "Solo que el exotismo era un rasgo tan típicamente romántico que Isaacs no quiso renunciar a él: y nos dio el cuento de Nay y Sinar en marco africano. África fue para Isaacs lo que América para Chateaubriand" (297).
A su vez, la historia de Nay se conecta con esa caracterización de la familia protagónica como "blancos/ricos buenos" y con la defensa de los valores criollos y cristianos. Nay se convierte al cristianismo para salvar su vida en América y, con ello, cambia su nombre por el de Feliciana, además de aprender español. Una vez más, la novela parece decirnos que las creencias católicas son lo adecuado en América. El paralelismo entre las historias de Nay y María es evidente. Por otra parte, de acuerdo con la narración, el padre de Efraín le salva la vida a esta mujer, y ella acepta con alegría trabajar como niñera. El hecho de que la narración destaque la bondad y humanidad del padre al otorgarle la libertad a Nay/Feliciana contrasta con el hecho de que en sus tierras haya tantos trabajadores en condición de esclavitud. En ese sentido, la novela muestra -tal vez sin querer- las contradicciones de ese sistema esclavista en decadencia.
