La novela está compuesta por una serie de 65 capítulos breves. Todos ellos están narrados en primera persona por Efraín, su protagonista. Él relata las memorias de su juventud en la hacienda de su padre en el Valle del Cauca. El eje principal de estas memorias es la historia de amor idílico y trágico entre el joven y su prima, María. El primer capítulo cuenta que siendo muy pequeño se aleja de la casa paterna para estudiar en una escuela prestigiosa de Bogotá. Recuerda cuán triste fue despedirse de sus hermanas, de su madre y de su tierra natal. Desde esta primera página, María tiene un lugar protagónico en la novela junto a Efraín.
En el segundo capítulo, Efraín regresa a la hacienda seis años más tarde. María y sus hermanas ya no son niñas; con el tiempo se han convertido en mujeres. Toda la familia recibe al chico con alegría. Desde su llegada, María le promete dejar flores frescas en su habitación a diario. Estas flores representan el amor que sienten el uno por la otra. Desde el comienzo conocemos la personalidad, los sentimientos y reflexiones del narrador-protagonista a través de sus descripciones de la naturaleza, de la casa y de los miembros de su familia. También percibimos el tono nostálgico que caracteriza toda la novela.
Tras algunos días tranquilos y felices, Efraín emprende viajes cortos junto a su padre para conocer el estado de los negocios familiares. Se trata de producciones agrícolas y ganaderas, ya que el padre es dueño de varias tierras en la zona. En esos viajes, la narración nos presenta diferentes trabajadores de las haciendas que, de modo general, tienen una relación cercana y afectuosa con la familia. Del mismo modo, se presenta al padre como un hombre poderoso, aristocrático pero honesto y amable con sus empleados y esclavos. Efraín quiere continuar trabajando junto a su padre, pero este le ordena que viaje a Europa para terminar sus estudios de medicina. Ese viaje sucederá pocos meses más tarde. El muchacho se apena por la idea de estar lejos de María.
La joven es prima de Efraín, pero la han criado en la misma casa, como si fuera una hermana más. Esto, al comienzo, genera algunas inquietudes en el protagonista, pero el parentesco no se define como un impedimento para el amor entre ambos. Poco tiempo después del regreso de Efraín, con cierta vergüenza y mucha sutileza, se confiesan su amor. Más tarde, María sufre un ataque nervioso y pasa un tiempo enferma. El médico de la familia la atiende y diagnostica que se trata de la misma enfermedad que ha matado a su madre. Indica que la joven debe llevar una vida tranquila, sin exaltaciones emocionales. Por ese motivo, el padre le dice a Efraín que no puede seguir manifestándole su amor. Esto le genera mucho sufrimiento. Sin embargo, se ponen de acuerdo para que, cuando regrese de Europa después de sus estudios, pueda casarse con María.
Algunas semanas más tarde, Carlos, amigo de Efraín, pretende casarse con María y esto genera un fugaz obstáculo para el amor de los protagonistas. Efraín siente cierta rivalidad con su amigo. Luego, en complicidad con su madre, desobedece el pedido del padre y le cuenta a María que podrán casarse cuando él vuelva de Europa. La muchacha decide rechazar elegantemente la propuesta de Carlos, que recupera la amistad plena del protagonista. A partir de este punto, los enamorados pasan algunos días tranquilos y felices.
Luego, Efraín y su padre realizan otro recorrido por las estancias y toman conocimiento de que los negocios van mal; un hombre poco honesto ha estafado al padre. Tras recibir esta noticia, el hombre se enferma, pero después de algunos días se recupera. Un tiempo después fallece Feliciana, sirvienta de la familia que ha sido niñera de María desde que era muy pequeña.
Se acerca el viaje de Efraín y María planta un rosal y una mata de azucenas, que representan su amor. Mientras Efraín esté lejos, estas plantas darán flores que mantendrán vivo el amor que se tienen, tal como la joven le ha pedido a la Virgen. Cuando el chico parte, se sienten muy angustiados y tienen malos presentimientos.
Efraín pasa cerca de un año en Londres hasta que recibe una carta en la que le dicen que María está enferma de nuevo. Rápidamente emprende el regreso a la hacienda paterna, pero cuando llega, la joven ya ha muerto. Se siente destrozado. Pasa un tiempo enfermo y luego comienza a conversar con su hermana Emma sobre los últimos días de vida de María. Tras dos meses, debe emprender el regreso a Europa para terminar sus estudios. Antes de hacerlo, pasa por la tumba de María para despedirla. Finaliza su narración con la triste y melancólica imagen de sí mismo montando a caballo hacia el horizonte, mientras anochece.
