Yo el Supremo está inspirada en la figura de Gaspar Francia, dirigente paraguayo que gobernó entre 1814 y 1840. La novela se inicia cuando Patiño, el secretario del Dictador Perpetuo, le muestra a este último un pasquín que parodia sus decretos supremos y que pide, simulando la voz del Dictador, que cuando muera exhiban su cabeza en la plaza y ejecuten a todos sus funcionarios. Se ha corrido la noticia de que el Dictador ha muerto y han hecho exequias en su nombre. Indignado, El Supremo ordena a Patiño que desmienta esa noticia y encuentre al autor de ese documento difamatorio.
Temeroso de que luego de veinte años de paz y acatamiento a su poder absoluto se planee una nueva conspiración en su contra, El Supremo comienza a dictar a Patiño una circular dirigida a sus funcionarios. El objetivo de esta circular es defender su figura reconstruyendo la historia de Paraguay, sus padecimientos como colonia española, su sometimiento por parte de Buenos Aires y el camino revolucionario que él, Gaspar Francia, impulsó para llegar a instaurar la presente Dictadura Perpetua. Dice en la circular que desde 1814, cuando llegó al poder, se dedicó a gobernar por la igualdad y la justicia social, por los derechos de los pueblos originarios y por garantizar la independencia y la soberanía de Paraguay. También se desliga de las críticas sobre la violencia y el terror de su gobierno, y justifica su accionar en los objetivos de liberar a la República del acecho de enemigos extranjeros.
A lo largo de toda la novela, se extiende el dictado de una ‘circular perpetua’ dirigida a sus funcionarios en la que el Dictador recorre los pormenores de la experiencia histórica paraguaya, desde la dependencia colonial hasta la independencia nacional. A la par, se introducen fragmentos de un cuaderno privado, escrito por el líder, en el que vuelca ideas y reflexiones, muchas veces maniáticas y alucinatorias, y en el que menciona las dificultades de salud que empieza a padecer, como la falta de memoria y la dificultad para pensar y escribir.
En paralelo, se presenta la figura del Compilador, el encargado de recopilar todos los textos que, yuxtapuestos, configuran la totalidad de la novela: decretos, pasquines, cartas, testimonios anónimos, la circular, fragmentos del cuaderno de El Supremo y sus diálogos con Patiño. Rescatadas luego del incendio que se produjo en el despacho del Dictador, días antes de su muerte, todas esas fuentes son ordenadas y puestas en diálogo por el Compilador, quien muchas veces las comenta a través de notas al pie.
En las primeras secciones, la condición del Dictador es ambigua, se describen escenas alucinatorias y su discurso presenta anacronismos que quiebran el curso de la temporalidad y la espacialidad realistas. Hacia el final, el lector confirma que El Supremo ya está muerto y habla desde la muerte. Efectivamente, los documentos que dan inicio a la novela, y que El Supremo quiere desmentir, están fechados en octubre de 1840, mientras que el dictador Gaspar Francia murió en septiembre de ese año.
La novela desarrolla la insistencia del Dictador en defender su revolución y enaltecer su figura, como pieza clave para la República, frente a la denuncia de una voz anónima. En segunda persona, esta voz le reprocha la violencia del régimen y el fracaso de su revolución, consecuencia de confundir al Estado con su persona. Mientras el Dictador se resiste a abandonar su mandato, se evidencia paulatinamente, a través de distintas situaciones y personajes, que él ya está muerto.
Finalmente, queda en evidencia que el pasquín anónimo del comienzo de la novela fue escrito por el mismo Dictador, quien, aquejado por una apoplejía, es incapaz de reconocer su propio designio. La novela se cierra con el detalle de su descomposición cadavérica y su descenso a la muerte. En un epílogo, el Compilador concluye la historia, reconstruyendo el dudoso derrotero de los restos de El Supremo.
