Es importante, ante todo, destacar que La Nueva Atlántida es un texto inconcluso. La historia comienza con un grupo de exploradores europeos que parten desde el Perú rumbo a China y Japón. Una tormenta los desvía de su ruta y los lleva hasta una isla desconocida llamada Bensalem, cuyo nombre en hebreo significa “Hijo de la Paz” o “Hijo de la Plenitud”. Allí descubren una sociedad utópica en la que la ciencia ocupa el lugar más alto, incluso por encima de la religión y la filosofía política.
El centro de esta civilización es la Casa de Salomón, una institución dedicada a la investigación científica, al estudio de la naturaleza y a la búsqueda constante de nuevos conocimientos. Los habitantes de Bensalem profesan la fe cristiana desde antes de tener contacto con el mundo exterior, gracias a un milagro divino que les hizo llegar una Biblia y una carta del apóstol Bartolomé. La isla parece haber sido fundada por voluntad directa de Jesucristo.
Los isleños son presentados como hospitalarios, virtuosos y moralmente rectos. Sus funcionarios rechazan todo soborno, y el pueblo es descrito como casto, lo que refuerza la imagen de una cultura piadosa y amable. En la Casa de los Extranjeros, donde se alojan los viajeros, el Gobernador les explica cómo la isla ha permanecido aislada durante siglos, y les relata las leyes impuestas por un antiguo rey sabio llamado Salomona, que permitió ese equilibrio entre aislamiento y apertura al conocimiento externo.
El narrador entabla conversación con Joabin, un comerciante judío que le habla sobre la integridad moral del pueblo de Bensalem. Poco después, uno de los padres de la Casa de Salomón visita la ciudad y el narrador consigue entrevistarlo de forma privada.
Este sabio le ofrece una extensa descripción de la geografía, la cultura, la organización del trabajo y la filosofía de la isla. También detalla varios de los experimentos que llevan a cabo para comprender y transformar la naturaleza. Le revela que el propósito fundamental de la Casa de Salomón es “la ampliación de los límites del imperio humano” (p. 38). Al finalizar, le entrega dinero para su tripulación y le concede permiso para publicar todo lo que ha aprendido al regresar a Europa.